舊磚石被完全清走，一個更宏偉的計劃已制訂下來，但由於必須得到某些地基所有者的同意，他們從這個急於求成而良心又十分不安的君王手中攫取到無比優惠的報酬。安特彌烏斯做出了計劃，他用他的天才指揮着一萬雙工人的手，而用雪白紋銀付給他們的工價從未遲過當天晚上。皇帝自己穿著一身亞麻布短裝，每天都親自去查看快速的工程進度，並隨時用他的關切、他的熱情和他的酬報鼓舞他們更勤奮地工作。這位大主教奉獻給聖索菲亞的新教堂，從奠基之日起僅花了
5年
11個月又
10天的時間便建成了；在莊嚴的慶祝大會上，查士丁尼以充滿激情的浮誇，高聲呼喊着說，「光榮歸於相信我能完成如此偉大工程的上帝；我超過了你，啊，所羅門！」但這位羅馬所羅門的驕傲沒等到
20年便被一場大地震摧毀；地震掀去了東邊的屋頂。這位堅韌不拔的皇帝又派人將它完全修復；在他統治的第
36年，查士丁尼又第二次奉獻了一座新的廟宇，這廟直到
12個世紀之後還仍然是一座為他揚名的豐碑。現已改建成最大清真寺的聖索菲亞教堂的建築形式曾被土耳其的蘇丹模仿，而且那堆令人敬仰的建築至今仍引起希臘人的滿懷欽羡和歐洲遊客的更為合理的好奇心。
觀光者看到半圓頂半偏頂的不規則情況不免感到失望：向西的門，入殿的正門，既不夠宏偉，也欠簡潔；大殿的跨度遠比好幾處拉丁教堂為小。但是，那建築師首先建起了一個高空的閣樓，這種大膽的設計和巧妙的施工，實在值得稱讚。聖索菲亞的圓屋頂，共有
24個窗子照明，其曲度是如此微小，頂的深度僅為其直徑的六分之一；頂的直徑是
115英呎，以一個月芽兒作為其尖頂的最高處和地面垂直的高度達
180英呎。整個包住那圓頂的圓箍輕輕落在四個拱頂上，拱頂由四個厚重的石垛支撐，石垛的南面和北面各有兩根埃及花崗岩石砫支撐着。
整個建築的形象，正像一個鑲嵌在一個正方形中央的希臘十字架；
243英呎為其確切寬度，從東邊的至聖所到通往走廊，從那裡又通往narthex，或最外邊的門廊的九個西門的最大長度可以說是
269英呎。門廊是悔罪人棲身的場所。教堂的中殿或主體建築則被虔誠的會眾佔據。不過男女有別，最裡面和最外邊廊子則作為更隱蔽的地點，專供婦女們禮拜之用。在南邊和北邊的高大建築之外是一段兩頭設有皇帝和大主教寶座的欄杆，把中殿從唱詩班所在地分為兩半；從這裡直到聖壇的階梯前的那片空地一般全由教士和唱詩人佔據。基督教徒們于不知不覺中對它的名稱都已十分熟悉的聖壇本身則修建在東頭一個小間裡，特意做成一個半圓柱形；從這個聖所有幾個門通往聖器室、法衣室、洗禮室和其它一些或者有助于表現禮拜的排場，或者專供高級教士私用的房屋相連接。對過去的災難的記憶使查士丁尼做出一個明智的決定，除了做門用，不得往新建築裡搬進任何木頭；各個部分使用的材料都按照堅實、輕巧，或氣派的標準加以仔細選擇。支撐頂樓的實心的石堆是用鑿成方形和三角形的軟石砌成，外加鐵箍，中間灌注溶鉛和生石灰；但頂樓的重量卻因採用一種可以浮在水面的浮石，或一種比普通磚輕五倍的羅德島磚砌成而使其重量大為減輕。整個建築的骨架都用磚砌成，不過在這類平凡的材料的外邊全都貼上一層大理石面；整個聖索菲亞殿堂、小閣樓、兩個巨大的和六個小些的半圓屋頂和牆壁的內部，以及那一百根大柱子和地面全都繪有各種各樣的富麗的圖畫，連一些野蠻人看到也會流連忘返。
一位曾一睹聖索菲亞教堂原始風貌的詩人曾列舉出大自然彷彿一位多才多藝的畫家巧妙調製出的
10種或
20種大理石、碧玉石、斑石的不同色彩、光澤和花紋。最後一批得之於異教徒的擄掠品全用來裝點了基督的勝利，不過這些名貴石料中的大部分，卻是從小亞細亞、希臘的小島和大陸、埃及、非洲和高盧的採石場開採來的。
奧勒良曾經安置在太陽神廟的八根斑岩的巨柱原是一位虔誠的羅馬婦女捐贈的；另外八根綠色大理石砫是熱忱的以弗所行政官員們奉獻的；這些柱子都以其粗壯和美令人稱羡不置，但各種形式的建築都難以容納它們的奇特的柱頂。各種各樣的裝飾和人像離奇地拼接在一起；被土耳其的狂想加以歪曲的耶穌、聖母、聖徒和天使的形象，危險地暴露于希臘人的迷信的崇拜者之中。
根據每一件物體的神聖程度，有的使用金銀等貴重金屬的葉片包裹，有的用純金鑄成。唱詩班的欄杆、大柱子的柱頂、門上和廊子上的裝飾品也都是包銅的。
閣樓的金碧輝煌的外觀使參觀者眼花繚亂。至聖所用掉
4萬磅白銀，聖壇上的聖瓶和壇面都是用最純的黃金鑄成，上面還鑲着無價的珠寶。在教堂的建築剛離地兩腕尺時所花費用已達到了
4．
52萬鎊，整個費用是
32萬。每一位讀者，根據各自相信的程度，用黃金或白銀的價值來加以估算；但計算結果其總數決不下
100萬鎊。一座宏大的廟宇是一個民族的鑒賞力和宗教信仰的重要標誌，一位進入聖索菲亞教堂的熱心人也許不免會想到，這實在就是神的住處，甚至還是為神自己所造。然而拿這建築和在該廟的表面爬行的一個最卑下的小蟲子的構成相比起來，它又顯得是多麼平庸，為它花費許多勞力又是多麼毫無意義！對為時間所尊重的一個建築如此細緻的加以描繪，可能可以表明，這裡來對查士丁尼以較小的規模、以薄弱的基礎，在首都和各省市修建的其它許多工程，作一番描述，便不是完全無理和不可信的了。
僅在君士坦丁堡一地和它的近郊，他便修建了
25座奉獻給基督、聖母和一些聖徒的教堂。其中大多數都用大理石或黃金裝成；它們的不同的地點也都曾精心加以選擇，修在一片附近人口眾多的廣場上，或一片令人心曠神逸的樹林裡，或在海邊，或在一處可以俯看歐、亞大陸的高地上。君士坦丁堡的十二聖徒教堂和以弗所的聖約翰教堂，看上去是完全依照同樣的模式建成：屋頂儘量依照聖索菲亞教堂的樣子，但聖壇卻更為明智地安放在屋頂的正中央下方，在四個寬大門廊的交接處，這樣便更精確地表現出希臘十字架的形象。
耶路撒冷的聖母可能會因為安身在一座由她的皇帝信徒在一個既不肯提供地點，又不肯向建築師提供材料的最無情義的地方的神廟中，而感到無限欣喜。把部分河谷升高到與山同高的地位，使之形成一個高台。從附近採石場采來的石頭都被按尺寸鑿成一定形狀；每一塊石頭裝在一輛由
40頭最壯實的牛拉著的車上，為了能通過如此重載的車輛，道路都特意重新加寬了。
