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孝武皇帝諱曜，字昌明，簡文帝第三子也。興寧三年七月甲申，初封會稽王。咸安二年秋七月己未，立為皇太子。是日，簡文帝崩，太子即皇帝位。詔曰：「朕以不造，奄丁閔凶，號天扣地。靡知所訴。藐然幼沖，眇若綴旒，深惟社稷之重，大懼不克負荷。仰憑祖宗之靈，積德之祀。先帝淳風玄化，遺詠在民。宰輔英賢，勛隆德盛。顧命之托，實賴匡訓。群後率職，百僚勤政。冀孤弱之躬有寄，皇極之基不墜。先恩遺惠，播于四海，思弘余潤，以康黎庶。其大赦天下，與民更始。」九月甲寅，追尊皇妣會稽王妃曰順皇后。冬十月丁卯，葬簡文皇帝于高平陵。十一月甲午，妖賊盧悚晨人殿庭，游擊將軍毛安之等討擒之。是歲，三吳大旱，人多餓死，詔所在振給。苻堅陷仇池，執秦州刺史楊世。
寧康元年春正月己丑朔，改元。二月，大司馬桓溫來朝。三月癸丑，詔除丹陽竹格等四桁稅。夏五月，旱。秋七月己亥，使持節、侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書、大司馬、揚州牧、平北將軍、徐兗二州刺史、南郡公桓溫薨。庚戌，進右將軍桓豁為征西將軍。以江州刺史桓沖為中軍將軍、都督揚豫江三州諸軍事、揚州刺史，鎮姑孰。八月壬子，崇德太后臨朝攝政。九月，苻堅將楊安寇成都。丙申，以尚書仆射王彪之為尚書令，吏部尚書謝安為尚書仆射，吳國內史刁彞為北中郎將、徐兗二州刺史，鎮廣陵。復置光祿勛、大司農、少府官。冬十月，西平公張天錫貢方物。十一月，苻堅將楊安陷梓潼及梁、益二州，刺史周仲孫帥騎五千南遁。
二年春正月癸未朔，大赦。追封謚故會稽世子鬱為臨川獻王。己酉，北中郎將、徐兗二州刺史刁彞卒。二月癸丑，以丹陽尹王坦之為北中郎將、徐兗二州刺史。丁巳，有星孛于女虛。三月丙戌，彗星見于氐。夏四月壬戌，皇太后詔曰：「頃玄象忒愆，上天表異，仰觀斯變，震懼于懷。夫因變致休，自古之道，朕敢不克意復心，以思厥中？又三吳奧壤，股肱望郡，而水旱並臻，百姓失業，夙夜惟憂，不能忘懷，宜時拯恤，救其雕困。三吳義興、晉陵及會稽遭水之縣尤甚者，全除一年租布，其次聽除半年，受振貸者即以賜之。」五月，蜀人張育自號蜀王，帥眾圍成都，遣使稱籓。秋七月，涼州地震，山崩。苻堅將鄧羌攻張育，滅之。八月，以長秋將建，權停婚姻。九月丁丑，有星孛于天市。冬十一月己酉，天門蜑賊攻郡，太守王匪死之，征西將軍桓豁遣師討平之。長城人錢步射、錢弘等作亂，吳興太守硃序討平之。癸酉，鎮遠將軍桓石虔破苻堅將姚萇于墊江。
三年春正月辛亥，大赦。夏五月丙午，北中郎將、徐兗二州刺史、藍田侯王坦之卒。甲寅，以中軍將軍、揚州刺史桓沖為鎮北將軍、徐州刺史，鎮丹徒，尚書仆射謝安領揚州刺史。秋八月癸巳，立皇后王氏，大赦，加文武位一等。九月，帝講《孝經》。冬十月癸酉朔，日有蝕之。十二月癸未，神獸門災。甲申，皇太后詔曰：「頃日蝕告變，水旱不適，雖克己思救，未盡其方。其賜百姓窮者米，人五斛。」癸巳，帝釋奠于中堂，祠孔子，以顏回配。
太元元年春正月壬寅朔，帝加元服，見于太廟。皇太后歸政。甲辰，大赦，改元。丙午，帝始臨朝。以征西將軍桓豁為征西大將軍，領軍將軍郗愔為鎮軍大將軍，中軍將軍桓沖為車騎將軍，加尚書仆射謝安中書監、錄尚書事。甲子，謁建平等四陵。夏五月癸丑，地震。甲寅，詔曰：「頃者上天垂監，譴告屢彰，朕有懼焉，震惕於心。思所以議獄緩死，赦過宥罪，庶因大變，與之更始。」於是大赦，增文武位各一等。六月，封河間王欽子范之為章武王。秋七月，苻堅將苟萇陷涼州，虜刺史張天錫，盡有其地。乙巳，除度田收租之制，公王以下口稅米三斛，蠲在役之身。冬十月，移準北流人于淮南。十一月己巳朔，日有蝕之。詔太官撤膳。十二月，苻堅使其將苻洛攻代，執代王涉翼犍。
二年春正月，繼絶世，紹功臣。三月，以兗州刺史硃序為南中郎將、梁州刺史、監沔中諸軍，鎮襄陽。閏月壬午，地震。甲申，暴風，折木發屋。夏四月己酉，雨雹。五月丁丑，地震。六月己巳，暴風，揚沙石。林邑貢方物。秋七月乙卯，老人星見。八月壬辰，四騎將軍桓衝來朝。丁未，以尚書仆射謝安為司徒。丙辰，使持節、都督荊梁寧益交廣六州諸軍事、荊州刺史、征西大將軍桓豁卒。冬十月辛丑，以車騎將軍桓沖都督荊江梁益寧交廣七州諸軍事、領護南蠻校尉、荊州刺史，尚書王藴為徐州刺史、督江南晉陵諸軍，征西司馬謝玄為兗州刺史、廣陵相、監江北諸軍。壬寅。散騎常侍、左光祿大夫、尚書令王彪之卒。十二月庚寅，以尚書王劭為尚書仆射。
三年春二月乙巳，作新宮，帝移居會稽王邸。三月乙丑，雷雨，暴風，發屋折木。夏五月庚午，陳留王曹恢薨。六月，大水。秋七月辛巳，帝入新宮。乙酉，老人星見南方。
