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興寧元年春二月己亥，大赦，改元。三月壬寅，皇太妃薨于琅邪第。癸卯，帝奔喪，詔司徒、會稽王昱總內外眾務。夏四月，慕容寇滎陽，太守劉遠奔魯陽。甲戌，揚州地震，湖瀆溢。五月，加征西大將軍桓溫侍中、大司馬、都督中外諸軍事、錄尚書事、假黃鉞。復以西中郎將袁真都督司、冀、並三州諸軍事，北中郎將瘦希都督青州諸軍事。癸卯，慕容陷密城，滎陽太守劉遠奔于江陵。秋七月，張天錫弒涼州刺史、西平公張玄靚，自稱大將軍、護羌校尉、涼州牧、西平公。丁酉，葬章皇太妃。八月，有星孛于角亢，入天市。九月壬戌，大司馬桓溫帥眾北伐。癸亥，以皇子生，大赦。冬十月甲申，立陳留王世子恢為王。十一月，姚襄故將張駿殺江州督護趙毗，焚武昌，略府藏以叛，江州刺史桓沖討斬之。是歲，慕容將慕容塵攻陳留太守袁披于長平。汝南太守硃斌承虛襲許昌，克之。
二年春二月庚寅，江陵地震。慕容將慕容評襲許昌，潁川太守李福死之。評遂侵汝南，太守硃斌遁于壽陽。又進圍陳郡，太守硃輔嬰城固守。桓溫遣江夏相劉岵擊退之。改左軍將軍為游擊將軍，罷右軍、前軍、後軍將軍五校三將官。癸卯，帝親耕藉田。三月庚戌朔，大閲戶人，嚴法禁，稱為庚戌制。辛未，帝不豫。帝雅好黃老，斷谷，餌長生藥，服食過多，遂中毒，不識萬機，崇德太后復臨朝攝政。夏四月甲申，慕容遣其將李洪侵許昌，王師敗績于懸瓠，硃斌奔于淮南，硃輔退保彭城。桓溫遣西中郎將袁真、江夏相劉岵等鑿陽儀道以通運，溫帥舟師次於合肥，慕容塵復屯許昌。五月，遷陳人于陸以避之。戊辰，以揚州刺史王述為尚書令、衛將軍。以桓溫為揚州牧、錄尚書事。壬申，遣使喻溫入相，溫不從。秋七月丁卯，復征溫入朝。八月，溫至赭圻，遂城而居之。苻堅別帥侵河南，慕容寇洛陽。九月，冠軍將軍陳祐留長史沈勁守洛陽，帥眾奔新城。
三年春正月庚申，皇后王氏崩。二月乙未，以右將軍桓豁監荊州揚州之義城雍州之京兆諸軍事、領南蠻校尉、荊州刺史；桓沖監江州荊州之江夏隨郡豫州之汝南西陽新蔡潁川六郡諸軍事、南中郎將、江州刺史，領南蠻校尉，並假節。
丙申，帝崩于西堂，時年二十五。葬安平陵。
廢帝諱奕，字延齡，哀帝之母弟也。咸康八年封為東海王。永和八年拜散騎常侍，尋加鎮軍將軍；昇平四年拜車騎將軍。五年，改封琅邪王。隆和初，轉侍中、驃騎大將軍、開府儀同三司。興寧三年二月丙申，哀帝崩，無嗣。丁酉，皇太后詔曰：「帝遂不救厥疾，艱禍仍臻，遺緒泯然，哀慟切心。琅邪王奕，明德茂親，屬當儲嗣，宜奉祖宗，纂承大統。便速正大禮，以寧人神。」於是百官奉迎于琅邪第。是日，即皇帝位，大赦。三月壬申，葬哀皇帝于安平陵。癸酉，散騎常侍、河間王欽薨。丙子，慕容將慕容恪陷洛陽，寧朔將軍竺瑤奔于襄陽，冠軍長史、揚武將軍沈勁死之。夏六月戊子，使持節、都督益寧二州諸軍事、鎮西將軍、益州刺史、建城公周撫卒。秋七月，匈奴左賢王衛辰、右賢王曹谷帥眾二萬侵苻堅杏城。己酉，改封會稽王昱為琅邪王。壬子，立皇后庾氏。封琅邪王昱子昌明為會稽王。冬十月，梁州刺史司馬勛反，自稱成都王。十一月，帥眾人劍閣，攻涪，西夷校尉毌丘棄城而遁。乙卯，圍益州刺史周楚于成都，桓溫遣江夏相硃序救之。十二月戊戌，以會稽內史王彪之為尚書仆射。
太和元年春二月己丑，以涼州刺史張天錫為大將軍、都督隴右關中諸軍事、西平郡公。丙申，以宣城內史桓秘為持節、監梁益二州征討諸軍事。三月辛亥，新蔡王邈薨。荊州刺史桓豁遣督護桓羆攻南鄭，魏興人畢欽舉兵以應羆。夏四月，旱。五月戊寅，皇后庾氏崩。硃序攻司馬勛于成都，眾潰，執勛，斬之。秋七月癸酉，葬孝皇后于敬平陵。九月甲午，曲赦梁、益二州。冬十月辛丑，苻堅將王猛、楊安攻南鄉，荊州刺史桓豁救之，師次新野而猛、安退。以會稽王昱為丞相。十二月，南陽人趙弘、趙憶等據宛城反，太守桓澹走保新野。慕容將慕容厲陷魯郡、高平。
二年春正月，北中郎將庾希有罪，走入于海。夏四月，慕容將慕容塵寇竟陵，太守羅崇擊破之。苻堅將王猛寇涼州，張天錫距之，猛師敗績。五月，右將軍桓豁擊趙憶，走之，進獲慕容將趙槃，送於京師。秋九月，以會稽內史郗愔為都督徐兗青幽四州諸軍事、平北將軍、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王玄薨。
三年春三月丁巳朔，日有蝕之。癸亥，大赦。夏四月癸巳，雨雹，大風折木。秋八月壬寅，尚書令、衛將軍、藍田侯王述卒。
四年夏四月庚戌，大司馬桓溫帥眾伐慕容。秋七月辛卯，將慕容垂帥眾距溫，溫擊敗之。九月戊寅，桓溫裨將鄧遐、硃序遇將傅末波于林渚，又大破之。戊子，溫至枋頭。丙申，以糧運不繼，焚舟而歸。辛丑，慕容垂追敗溫後軍于襄邑。冬十月，大星西流，有聲如雷。己巳，溫收散卒，屯于山陽。豫州刺史袁真以壽陽叛。十一月辛丑，桓溫自山陽及會稽王昱會于涂中，將謀後舉。十二月，遂城廣陵而居之。
