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達爾文沒有對自己提出低等動物的智能最初是怎樣發展起來的這個向題，就像他在《物種起源》中沒有對自己提出生命的起源和本能的由來這個問題一樣。因為他認為，「如果只是在某個時候，人們命中注定要解決這些問題的話」，那麼這些問題也是遙遠的未來的任務。但是他卻引用了人和低等動物同樣的感覺器官，引用了某些共同的本能，如自我保護、性愛、母愛、嬰兒吸吮奶汁的本能。達爾文在仔細研究本能和智慧的相互關係時，和往常一樣，列舉了能說明這種相互關係的不同意見的各式各樣的大量事實，他沒有對這些意見做出千篇一律的解答，相反，正如在《物種起源》裡所說的一樣，他認為大多數複雜的本能，是在自然選擇的影響下，從很簡單的本能發展而來的，並不取決於智慧的發展。
另一方面他認為，簡單的、下意識的機械的動作有可能被特別的、經過深思熟慮的、有毅力的動作所代替，反之，他也認為由於經常的反覆，深思熟慮過的動作也有可能變為本能的動作。
在《人類的起源及性選擇》中，有一個句子非常有趣，它談的是關於達爾文對當時複雜而又艱難的問題的唯物主義態度。對這個問題他在這裡作了細緻的研究。這句話是：「關於大腦的情況我們瞭解得很少，但是從智能能夠達到很大的發展這個情況來看，我們有權認為大腦各部分之間存在着很細的連接線，很可能，由於這一緣故，每一個單獨的部分，就能漸漸地喪失以某種單調的
即本能的方式來感覺和聯想做出回答的能力。」
看來，達爾文想用這一點來給自己解釋人的記憶、預見、思考和想象作為基礎而發出的動作同動物完全類似的本能動作之間的差別。他說，人應該學會自己的工作，例如造出船隻，製出石斧，如同蜘蛛能立刻巧妙地結出蛛網，海狸能構築屏障物，鳥能築巢一樣。
然而在把最接近人的動物，特別是猴子的行為進行比較時，達爾文斷定，不論在本能
母愛的表現方面，還是在智慧、情感、模仿、注意力、想象力、記憶力等等的表現方面，都有許多相似之處。
接着，達爾文極力反駁，或者至少減弱了各式各樣的作者談到的人和動物兩者在智能上存在分界線的意見；反駁了只有人才能得出抽象的概念的觀點；說明某些動物也能在各種情況下發出各種聲音來和同伴交流。也就類似人類的語言。他還反駁了只有人才有美的感覺的意見。對於宗教界作者認為人跟動物截然不同的特徵是信仰上帝，達爾文也做出了唯物的解釋。
最後，許多作者把道德感、責任感或良心的存在，當作人跟動物之間最明顯的差別。達爾文也討論了這一問題，並做了如下推論：一、任何社會動物都具有「共同的本能」，對同伴的同情心，並有給予他們幫助的熱烈願望和決心；二、在智能增強的情況下，如果其他的本能暫時妨礙共同本能的表露，那麼在共同本能得不到滿足的情況下，社會動物應該感到強烈的不滿，達爾文認為，良心就是由此而來；三、在言語的發展的情況下，社會輿論依靠對自己人的本能的同情，對公共福利來說，應該成為衡量行為的最強有力的尺度；四、這些共同本能和動機，為服從團體的願望和意見這一習慣所鞏固。
達爾文反對道德的基礎是利己主義的觀點，他認為不經考慮就以一定的方式為公共福利去行動的「共同本能」才是道德的基礎。
達爾文在
第六章 中，確定了人在動物體系中的位置。他認為，人按其身體特徵來說，是屬於舊大陸狹鼻猿類的，因此不應該把人歸為一個完整的亞目，而是較小的差級，即科，甚至是亞科。
關於人種起源的問題，達爾文對它做了完全獨創的解答。在這裡，他用「性選擇」原則做瞭解釋，而這一原則是他早就用來解釋動物的第二性徵的起源問題。他本人承認，這是一個一向引起他極大興趣的問題。
他把「性選擇」原則歸結為：性選擇的原因就是雄性在為佔有雌性而發生的爭鬥中的競爭，在這一競爭中取得勝利的，是在爭鬥中戰勝其他雄性的雄性，或者是對雌性更有吸引力的雄性。
他的結論是：「在所有對各人種之間以及在某些程度上對人和低等動物之間的外表差異起作用的因素之中，性選擇是最積極的因素。」
人類起源於某種低等生物，人類和其他哺乳動物的祖先是共同的，人類各種族也是有其共同起源的，這就是達爾文《人類的起源》的結論。
他在最後一章中概括道：「上述觀點中有許多觀點是很抽象的，有一些觀點無疑將是錯誤的。但我在每一個個別的場合下，都說出促使人在兩個看法中更贊成某一看法的原因。我認為：要下功夫研究，逐漸發展的原則究竟能在多大程度上闡明人類自然史中一些最複雜的任務。錯誤的事實對科學的成就極有害，因為它們有時能夠在人們的腦裡盤踞很長時間，但是，由一定數量的實際論據維持的錯誤觀點，帶來的害處就不多，因為每一個人都可以滿意地找到證明錯誤觀點的虛偽性那種有益的東西。
一旦錯誤觀點的虛偽性被證實，導致錯誤的道路也就常常被堵塞，而且有時通往真理之路也就同時被打開。」
達爾文以自己的畢生精力，打通了人類認識世界的進化的道路，通過對自然界的探討，認識了人類本身，在他身後，越來越多的事實補充、完善了他所創立的進化學說，時至今日連教皇也有條件地表示了接受進化的觀點。這已經是達爾文逝世
154年以後了。
第十二章
