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達爾文也確定了其他痕跡器官在特徵範圍上差異比較大的一些情況，例如智齒，對文明的種族來說，是無關緊要的，而對另一些人種來說，卻是非常發達的。他強調指出闌尾——人的盲腸縮短部分的殘餘——的變異性。他指出在兇猛的、有許多育兒袋的狐猴的肱骨下端，有一條發育得很好的管道
神經和動脈的通道，而人的這一管道，有時卻只有它的明顯的痕跡存在。他把人的尾骨看作是已經完全喪失功能的
第三節 尾椎骨早已形成的痕跡器官。
他把脊髓的末端纖維、男子的乳腺和所謂的前列腺囊——男子子宮的同系物都列入痕跡器官。達爾文不同於他的前輩，即使是在這裡，他也是以充分的事實來說明問題的。
達爾文用《物種起源》中我們所熟悉的一段結論來結束這一章：「不能把那種理論稱之為科學的解釋，根據這種理論，它們
同系物器官是按一個理想的計劃創造出來的。”他還用起源於共同的祖先來解釋同源說。“遵循另一觀點就意味着認為我們本身的結構和我們周圍所有動物的結構是預想出來以模糊我們理性的陷阱。」
從
第一章 最後一句話中，可以感覺到他自豪地認識到，他的理論在
10年的鬥爭過程中。在認識上有了很大的轉變。他說：「這一時刻即將來臨，那時大家會認為，熟悉比較解剖學，熟悉人及其他哺乳動物胚胎學的博物學家們，居然會容忍每一個動物都是上帝逐個創造出來的這種想法，這是不可思議的……」決定人類起源的因素和原因，也就是決定其他動物的起源的因素和原因，這是關於人類由某種低等生物發展來的方式這一章的基本思想。
人也是有動物那樣的特徵變異性和遺傳性。人的變化規律也就是達爾文已指出的家養動物和栽培植物所具有的變化規律。和動植物的變化一樣，達爾文很少把人類的變化歸之為受條件直接而又明顯的影響，只是容許這些條件能引起「數量几乎是無法確定的不穩定的變化」，使生物體達到一定程度的可塑性罷了。
這裡達爾文也詳細地研究了其他變化因素：器官的使用和不使用，發展的中斷，作為畸形返回到從前的類型，例如婦女和男子多餘的乳腺，雙角子宮或者甚至是頜上部分開的，裸露出來的獠牙等等。然後他又談到變化的相互關係，談到人類增殖的速度，最後談到自然選擇。靠自然選擇不僅得出身體構造上的特徵，而且還得出智能和共同的本能。智能使人的語言發展得越來越清晰，使人發明生產工具、交通工具
船、木筏和取火技術。
達爾文補充說：「我不明白為什麼華萊士先生主張通過自然選擇野人只能得到一個比猴子稍稍發達的腦子！」接着，達爾文以其非凡的智慧，發展了關於人的手和腿的構造在生存鬥爭中能取得勝利的作用的想法。他堅持這樣的看法，為了把石塊或梭鏢準確地拋出去，或者用石頭刻製出笨重的工具，必須做一些複雜而準確的動作，這就要求大量的肌肉有完全充分的適應力。緊接着他斷言，人的手對這些動作有驚人的適應能力，而且這種適應性人類的祖先也能做到，但是必須把手從行走、支撐身體和爬樹的動作中解脫出來，也就是說，過渡到只用兩條腿挺立，這就引起後肢也要有所變化，即後肢要發展站得穩的功能，失去抓東西的能力。人體直立的姿勢也就導致了一系列解剖學上的其他變化，導致了脊椎要有特殊構造，骨盆加寬，腦和顱骨的體積和重量的增加等等。
所有這一切，都是達爾文在細緻地比較了人和類人猿的四肢和牽動四肢的肌肉的構造，比較了他們這些器官的功能之後得出來的，因此毫無疑問，他駁斥了華萊士論據中說明人的手是按天意特殊發展起來的那個論據。但在這裡沒有提到華萊士的名字。然而當時達爾文在一些人的文章的影響下，對承認他的主要進化因素——自然選擇——在人的身體特徵形成時的作用範圍究竟有多大這一點有點猶豫不決。他承認，有許多形成物對有機體既無益也無害；誠然，他當時堅信，許多在我們看來是無用的形成物，將來可能是有用的，因此它們也將承受到選擇對它們所起的作用，但是不管怎樣，自然選擇原則，在該實例的應用範圍內，對他來說，仍然是模糊不清的。
最後，當談到自然選擇對人的關係時，他強調說，對人和對所有其他社會動物一樣，自然選擇也間接地影響了一些單獨的個體，保存下來的只是那些對全社會有益的變化物。
專門對人和動物的智能進行比較的那幾章的主要思想是什麼呢？達爾文證明說，他們之間儘管差別很大，但還只是數量上的，而不是質量上的差別，而且存在無數的過渡形態。
在這種情況下，達爾文主要不是要指出在人的心理和行為中存在的他在過去更低級狀態時所留下來的那些痕跡，而是要確認，動物的智能比人們所想象的要高。遺憾的是，達爾文在這裡沒有表現出他通常所有的謹慎態度，他也沒有對他列舉的事實和引自權威的資料作必要的審查和公正的分析。因此，達爾文在遵照普舍的觀點時說道：「具有最出色的本能的昆蟲自然是最聰明的。」當他引用「卓越的」觀察家胡伯爾的著作時，他認為，昆蟲是互相嬉戲的，因為胡伯爾看見過「螞蟻競跑，一邊玩，一邊像小狗似的互相咬着」。
下面我們將看到，達爾文本來還打算把無脊椎動物體系中比較低等的蚯蚓也說成是有智慧的。
