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在這個報告中，他本來要根據舊觀點證明，在分析不列顛的植物區系時，他具有一系列的觀察，這些觀察能證實物種的永恆性，並表明，偏離常規的和由於培植或者通過其他某些途徑形成的生物自然地返回到它最初的狀態。但是，邊沁聽了達爾文和華萊士的報告後，他對新觀點感到如此吃驚，以致他立即撤銷了自己的報告，決定重新審查他表示懷疑的那些觀點。
胡克在他的回憶裡提到的那個博物學家的「舊學派」是什麼意思呢？
索博利在他關於英美在這個時期內的情況饒有風趣的論文中說道：「可以十分清楚地想象到，絶大多數普通的大學『骨幹』，生物學家和其他專業的博物學家，直到達爾文的書發表以前，他們的思想趨向是什麼。當時的科學在他們看來是十分牢固地建立在林奈和居維葉所確定的不可動搖的理論基礎上的。這種科學同宗教毫無矛盾。相反，無論在理論上，還是在相當多的人員之中
我們主要指的是英國，當時那裡的很多博物學家都是牧師，都具有『聖』的稱號，官方的科學和教會都相互支持，好像是溶為一體的。」正因為如此，達爾文在朋友告訴他學會會議「進行得非常順利」時，他感到十分高興。對達爾文來說，極為重要的是：「英國最偉大的地質學家和植物學家
即賴爾和胡克」，向輿論界介紹了他的著作是十分重要的著作。此外，以素來批判拉馬克本人並反對拉馬克進化學說而聞名四方的賴爾發言表明，達爾文的思想和觀點是拉馬克無法相比的。
1858年
7月
1日林奈學會會議的全部記錄，賴爾和胡克給學會的信，以及達爾文和華萊士的整個報告，在
8月份的學會雜誌上發表了。
達爾文感到不安的是，整個事件的發起者華萊士，將怎樣對待林奈學會上發生的一切，因為在英國發生的事情的消息傳到華萊士那裡去是很慢的，當然華萊士就不能干預此事以維護自己的利益。而在這種情況下，胡克前來幫助達爾文。他以自己的名義給華萊士寫了一封非常客氣而明確的信，說明他們怎樣安排，為什麼這樣安排把達爾文著作的片斷和信同華萊士的論文一起提交林奈學會。達爾文在胡克的信上還附上自己的幾句話，並把信寄給華萊士。
使達爾文感到高興的是，正如他開玩笑說的那樣，自然選擇學說「像一劑瀉藥一樣對胡克的不可變化的腸子發生了作用」，也就是說，胡克在他的影響下，堅定地拋棄了「不可變性」和物種不變的信念，而轉向他這一邊。
就在
11月，達爾文還收到哲學家赫伯特、斯賓塞的一卷《試驗》。
赫·斯賓塞像達爾文一樣，在《實驗》中轉載了《發展的假說》和《進步、進步的規律和原因》的論文，堅持生物的進化學說，並抨擊關於「創造」生物的一般概念。的確，他認為，生物只不過是能直接「適應周圍環境」，而重要的是，他引用了「一般的想法」來證明生物的進化。達爾文還把自己對物種的研究告訴斯賓塞，並指出，他與哲學家不同，他是作為博物學家而不是從一般觀點出發來研究對象的。
1859年
1月，達爾文終於接到了華萊士對他和胡克合寫的信的答覆。而且覆信的口吻使他感到非常高興。看來，華萊士贊成達爾文的朋友們改採取的一切行動，他絲毫不追求優先權。在林奈學會這一歷史性會議之後，
50年過去了，華萊士在把自己當時的行為同達爾文的行為作比較時說道：「也像達爾文一樣，我突然明確地產生了一種想法：我一連幾小時把它透徹地想了，並把它迅速地寫出來，把它的各種運用和發展寫成一個簡短的東西，我當時怎樣想到這一點的，然後用幾頁信紙加以謄清寄給了達爾文，——所有這些都是在一個星期內做的。
我當時是『一個性急的年輕人』，他是一個勤奮的和有耐心的學者，他一直在尋求他所發現的真理的全面證明，而不是急於獲得個人的成就。」
賴爾大概從胡克那裡知道了達爾文不反對按他的《地質學原理》的形式出版書時，開始同自己的出版商穆瑞洽談，他是否準備出版達爾文的書。達爾文在
3月底聽到這一消息，並且看到，他的書愈來愈處于有利於出版的地位，非常高興地接受了在穆瑞那裡出版書的想法。他向賴爾提出了很多問題，並請他提出建議。十分有趣的是，從他給賴爾的信中可以看到，一個自由的思想家是怎樣違心地重視出版商的宗教偏見的。
他給賴爾寫道：「您要給我出個什麼主意呢？我是否應該告訴穆瑞，我的書會與正統的觀點相矛盾，但就研究的對象的實質來說，比必然發生的矛盾要少，我是否應該告訴他，我不談人類的起源，也不對《創世紀》等等進行爭論，我只列舉事實以及由這些事實得出的那些我認為公平的結論呢？」他擔心使出版者「上當」，所以堅持在簽訂合同以前，讓出版商哪怕讀完前三章也好。據說穆瑞讀完手稿的片斷後，稱這個學說是胡說八道，如同某個人假定一隻兔子同一個老太婆很順利地結了婚一樣。但是，穆瑞大概感覺到，這本書將會銷路很廣，這一點對於他的商業活動來說則是主要的。
4月初，書開始印刷，
6月，書的校樣出來了。達爾文毫不留情地修改了「可惡的」校樣。他逐字逐句地把校樣抹掉，再貼補上幾張紙條——他認為文體是十分差勁的。據穆瑞說，他「几乎是全部重新寫」。
他力求使文體清楚和事實準確，除此之外，他還把校樣寄給自己的朋友賴爾和胡克檢查。他期待他們倆還能夠在事實上和證據上改正一些錯誤。
