他們要喘一口氣，總要發出唉——唉的叫喊聲，這個叫喊聲是來自胸部深處，它像警笛一樣刺耳。他們搖搖晃晃地走到礦堆旁邊，把自己的大背筐裡面的礦石倒出來，喘息兩三秒鐘，揩拭一下額角上的汗珠，好像已經完全恢復了力氣，於是又急忙爬下礦井去。」
5月
14日，達爾文來到了科金博這座抓有
6000—
8000名居民的寂靜城市。晚上，發生了一次強烈地震，人們慌亂起來。達爾文聽到一種在地震發生以前的隆隆聲，但是由於發生了騷動，未能覺察到地震的晃動。
無論是在途中還是在科金博，達爾文大都是從事地質調查，特別感興趣的是階梯形的礫石階地，這些階地在這裡，也像在智利的其他地方，和在聖克魯斯河河谷一樣，都證明了階地是由於海水的沖刷而形成的，並證明了陸地逐漸上升的過程。
5月
21日，他參觀了阿勞科礦區，然後又動身到肥沃的、遍佈葡萄園和果樹園的科金博河谷，並在那裡獃了幾天。
6月
2日，他開始重新沿著海岸往北到瓦斯科去旅行。這裡的土地都是荒漠，几乎一點綠蔭也沒有。
只有陸生螺輪蝸牛在最乾燥的地方集結成一大堆一大堆，以便在春天當有一種它們賴以為生的小植物長出葉子來時，它們能夠復活過來。
6月
4日，達爾文繼續沿著有大群羊駝正在吃草的荒涼的平原趕路。平原上的不毛之地愈來愈多。他費了好大的勁用高價才購買了一捆污穢的乾草，給馬匹做晚上的飼料，人們說，這裡已有
13個月沒下雨了。
6月
12日，達爾文終於到達了科皮亞波河谷，可以鬆口氣了。科皮亞波城相當大，每家都有一處果園。這座城市與礦場緊密地聯繫在一起，礦場和礦石都成了人們談話的主要內容。
24「無人谷」「比格爾」號還沒有到達，看來還得一個星期左右才能到達。達爾文利用這段時間，僱了一名嚮導和八匹騾子，帶上足夠的飼料，沿途他可以觀看特殊形式的「無人谷」；大概那裡有好幾個世紀沒下過雨了，而且正如達爾文所認為的那樣，河谷也是由海水沖刷而成的。但是後來達爾文在這個無水的沙漠裡，碰見了用粘土建造得非常堅固的七八間古印第安人住過的房屋廢墟。後來在秘魯，有一位特別瞭解該地區的土木工程師吉爾，向達爾文解釋了這種現象。
他說，有時可以碰見古秘魯人在山裡開鑿的灌溉系統和人工水道。後來，由於這裡經常發生地震，破壞建築物或使河流發生新堵塞，因而時常使得河水改道，這些灌溉渠全被遺棄和部分遭到毀壞。
6月
28日，達爾文在繼續登山的途中，碰見了幾頭羊駝和一種很接近羊駝的山地動物駱馬的足跡。他還經常碰見一種能捕捉這裡為數甚多的老鼠的小狐狸，根據達爾文的觀察，這些老鼠像蜥蜴一樣能生活在地球上一些最乾燥的地方。夜間，考察隊員們就露宿在第一條分水嶺山麓下的大高地上，那裡有一些大雪堆，從高山頂上刮來陣陣寒風。所以，達爾文儘管穿著防寒衣服，但還是無法入睡，早晨起身時全身都凍僵了。
第二天，達爾文返回。
7月
1日，回到了科皮亞波河谷。再過三天，「比格爾」號駛到了離科皮亞波城有
30公里的港口。晚上，達爾文親切地同自己在智利的旅伴馬裡阿諾·貢薩列斯告別。
費茨羅伊艦長不在艦上，暫時由韋克姆指揮。原來，當「貝格爾」號在瓦爾帕萊索時，獲悉英國軍艦「挑戰者」號在阿勞科附近遇難，費茨羅伊的摯友塞穆爾艦長和全體船員，都在印第安人那裡受苦受難。費茨羅伊表示，他願意作為一名已考察完南美洲所有西海岸的領港員前去幫忙。
25駛向秘魯「比格爾」號向秘魯駛去。
7月
12日，「比格爾」號停泊在秘魯的海灣伊基克港，伊基克位於海拔
500米左右高的海岸大石壁腳下一塊很大的沙土平原之上。在這要好幾年才下一次雨的地方，不僅食物要從外面運來，而且淡水也要用船從遠處運來，即從北面
40海里的居民點上運來，所以水的價錢特別昂貴。達爾文費了很大的勁才僱到了一名嚮導和幾頭騾子，以便到伊基克唯一的富源——硝石礦場走一趟。
達爾文在這裡看到這一真正的荒漠並沒有給他留下很深刻的印象，因為這裡的景象很像在智利北部的情景一樣。該地的特徵是地面上覆蓋着一層很厚的普通食鹽和成層的鹽土層，而這種食鹽層和鹽土層大概是在這一地方逐漸上升到海面上的時候沉積下來的。這種地面的整個外形，非常像已經下過雪但尚未融化而弄得很髒的地方。達爾文參觀了位於海拔
1000米高處的硝石場後，返回伊基克，當時「比格爾」號已準備起錨，繼續駛往利馬，雖然「比格爾」號已處于熱帶地區，但由於海洋掀起波浪，冬季陰沉的烏雲遮蔽了天空，所以氣溫還不算很高。
7月
19日，「比格爾」號停泊在秘魯的首都利馬的沿海港卡亞俄。
就是在這裡，也使人感到冬季即將來臨。天空經常佈滿烏雲。卡亞俄經常籠罩着濃霧，人們的衣裳經常是濕漉漉的。沿岸許多小死水塘使得瘧疾的傳播很廣，在達爾文所處的那個時代，人們就認為這種瘧疾的發生，是由一種來自沼澤中的有害氣體——「瘴氣」導致的。
使達爾文感到特別遺憾的是，秘魯這時正處於無政府狀態之中：四名將軍正在相互爭奪最高權力，所以就不能到稍遠一點的地方去考察。
