馬穆魯克其時尚有
1.
7萬部隊守着因巴拜，但拿破崙的兵力有
2.
5萬人，經過
2個小時游戰後，損失了七八百人的馬穆魯克，不得不棄陣而逃了，法軍乘勝進占了開羅。
拿破崙在陸地上的進軍取得了勝利，但他在海上的艦隊不久卻遭到了大厄運。
原來，他留在亞歷山大的艦隊是由布律埃斯將軍指揮的，但拿破崙走時未對其下一步行動路線作明確指示。布律埃斯把他的
13艘艦隊和
4艘快速炮帆船停泊在阿布基爾灣，艦隊一字擺開，距海岸約一英里半。
到
8月
1月下午，英軍納爾遜的
14艘戰艦突然駛進阿布基爾灣，雙方艦隊不期而遇，於是一場激烈的海戰發生了。戰鬥中，法艦兩側都受到近距離炮火的掃射。布律埃斯雖然指揮士兵進行了英勇的抗擊，但最後都被擊敗，法軍旗艦「東方號」起火爆炸，布律埃斯將軍當晚戰死。整個法軍艦隊，僅剩下了亞歷山大港的兩艘快速炮帆船和幾艘傳遞公文的船隻。
阿布基爾的海戰發生後，拿破崙征服埃及的形勢就不太妙了。儘管他曾擊敗過馬穆魯克，但並沒有消滅他們。到了
9月
2日，即離此次海戰一月後，土耳其也向法國正式宣戰。
3進軍敘利亞拿破崙在新近獲悉敘利亞的土耳其總督傑查正在阿克附近集結一支土耳其軍隊準備入侵埃及的消息後，決定先發制人。他計划進軍阿克，擊敗傑查，然後率領新召募的
5萬大軍，逼蘇丹言和，進而協助他進軍印度。
11月
19日，拿破崙向傑查下了最後通牒：「如果你繼續在埃及邊界為易卜拉欣提供避難所，我將視之為戰爭行為並將向阿克進軍。」
沒有得到對方答覆，拿破崙便照計劃開始入侵了。他組織了由
4個師彙集的遠征隊，自己親自帶兵出征。
1799年
2月
10日，拿破崙從開羅出發。
17日到達阿里什。
此時雷尼埃師和克萊貝爾師久攻土耳其的要塞未克。拿破崙在出發時曾將所有的攻城重炮裝船海運，準備在阿克卸載供他使用。此時沒有重炮，他便集中所有野戰炮對敵要塞猛轟。土耳其守軍終於動搖投降，
900名士兵當了戰俘。
法軍乘勝前進。
24日，未遇抵抗便進入加沙；
3月
3日，法軍來到雅法城下，受到守軍的頑強抵抗，
3月
7日，法軍在城牆炸開缺口，攻陷了此城。法軍入城後大肆姦淫擄掠。
拿破崙在此還下令屠殺了二千多名戰俘，成了他的生平及其人格上的一個污點。
3月
17日，拿破崙率兵到達海法並在卡梅爾山設立了司令部。由此向北望去，隔海就是傑查的老巢阿克要塞。這座要塞以前是一個古堡，它三面環海，地理位置十分重要。駐守要塞的守將是一個土耳其人，他有
250門炮，此外還有英軍史密斯准將率領的
2艘戰列艦和
12艘炮艦的支持。
在史密斯的炮艦上，還有一位英軍上校菲利波，以前他曾是法國炮兵軍官，並與拿破崙在巴黎時是同班同學，但兩人一向關係並不和睦。
當拿破崙到達卡梅爾山的時候，運載其攻城炮的船隻也到了阿克港外，不幸這些運載船由於霧大，正好落入英國海軍艦隊的懷抱。因此拿破崙攻城時不僅沒用上這些重炮，反而倒遭了這些重炮的轟擊，但拿破崙並不氣餒，經過十餘天的佈置，
3月
28日，開始了第一次強攻，此次沒有成功。
4月
1日又一次實施進攻，結果也傷亡慘重沒有成功。此時，史密斯又派
3800名陸戰隊員增援土耳其守軍，法軍一時難以攻克。
在圍城戰的最後一周，那位菲利波上校卻由於瘟疫而病死了。在拿破崙久攻不克時，大馬士革的帕夏又派出了一支土耳其大軍從後方攻擊圍城的法軍，克萊貝爾率領的一個
2000人支隊在阿東南厄斯德累伊倫平原的塔波爾山遭到了攻擊。經過了長達
10小時的英勇抗擊，法軍眼看支撐不住了，千鈞一髮之際，拿破崙親率邦師趕到，及時擊退了這股土耳其人。當晚，拿破崙在一個修道院過夜，後來的
5周，拿破崙不顧傷亡，仍然組織部隊向要塞強攻，結果都沒成功，而且總工程師加法雷利將軍也戰死了。
眼看無法攻克，傷亡又越來越增大，拿破崙只得放棄了攻城計劃。
接着，法軍開始撤退。
5月
24日，法軍到達雅法。
6月
14日回到開羅。一星期後，他命令海軍將軍岡托姆在亞歷山大港準備兩艘快速炮帆船準備出港。
7月
14日，拿破崙獲得情報，一支土耳其艦隊已抵亞歷山大港並準備登陸。他立即率一個縱隊沿尼羅河而下至拉曼尼亞，在此才獲悉，由史密斯海軍中隊護送的土耳其運兵船隊已在阿布基爾灣登陸
3.
8萬人，並俘虜了據守該要塞的法軍。這支土耳其部隊此時尚集結在灘頭掘豪自守。拿破崙立刻集結了一萬餘人，于
7月
25日拂曉向土軍發起進攻。
繆拉准將率一個騎兵旅衝破了士軍防線，他還親手砍傷並俘虜了土軍司令。無路可走的大軍被攆進大海，有數千人戰死或被淹死。
此戰結束之後，拿破崙從一份報紙中獲悉，法國國內局勢正急轉直下，法軍在意大利和德國分別被奧軍和俄軍擊敗。法國民眾驚惶不安，「祖國處于危險之中！」拿破崙立刻想到了一個好藉口。於是決定返回法國。他聲稱要赴埃及視察，于
18日悄悄離開了開羅，走時帶了一批精選的人才。
22日來到亞歷山大港，當晚即登上早已備好的快速炮帆船。
凌晨，這艘炮艦駛至港口。走前，他給克萊貝爾留了一封信，命令他暫時代理東方軍團司令。
第五章 
