他們之中有博物學家、物理學家、化學家、地圖測繪人員、工程師、考古學家和藝術家。
在徵集這支隊伍時，拿破崙得到了他的科學顧問和朋友蒙日的大力協助。他們之間的關係類似第二次世界大戰期間，徹韋爾勛爵與丘吉爾首相之間的關係。
2挺進金字塔
1798年
5月
19日，拿破崙率領大船隊從土倫啟航了。這支船隊由
300余艘運輸船組成，裝載了
2.
5萬名步兵、
3000名騎兵、
3000名炮兵和工兵。布律埃斯中將指揮的
13艘大型戰艦和
6艘快速炮帆船負責護航。
拿破崙乘坐的是布律埃斯的旗艦「東方號」。航行途中，來自科西嘉、熱那亞和契維塔韋基亞等地的船隊也先後加入進來。
這次遠征，法軍將保密工作做得很好，僅有少數幾位高級軍官知道他們正駛往埃及。官方直到最後一刻還稱他們是英吉利軍團的左翼。有關其航行的消息，兩周後才傳到英國，而且即便在那時，皮特首相還以為法軍要在愛爾蘭登陸，倒是皇家海軍非常警惕。
當時，聖文森特勛爵的地中海艦隊正封鎖着西班牙港口加的斯，因為那裡停泊着一個西班牙海軍中隊。
5月
2日，他派納爾遜海軍中將進入地中海去搜索並擊毀法國的船隊。納爾遜的艦隊最後是由
14艘戰列艦、
2艘快速炮帆船和一艘海岸炮艦組成的。假如它能截住拿破崙的艦隊，便一定能輕而易舉地重創法國遠征軍。
但受到風暴和逆風的影響，納爾遜直到拿破崙早已駛遠後才到達土倫。由於他與自己的快速炮帆船分開了，這就不利於他在遼闊的地中海搜索及躲避它的敵人。拿破崙這支龐大的船隊在英國艦隊行蹤不明的情況下，去駛向公海，實際上是一種莽撞的冒險行為，儘管這次行動成功了，也不過屬於一種僥倖。
半個多月後，拿破崙的船隊平安到達馬爾他島，島上的馬爾他騎士團只象徵性的作一下抵抗就逃跑了。拿破崙在這個島上逗留了一個星期。臨走，又留下沃布瓦將軍與
4000名士兵駐守，大部隊則繼續遠航。
6月
30日，拿破崙的船隊抵達埃及水域。
在長達一個多月的遠航中，法軍士兵們在船上由於擁擠，食物補給又不足，沿途吃盡了苦頭，許多人都暈了船。到達埃及海岸時，拿破崙派一艘炮艦先行抵達亞歷山大港，在那裡找到了法國領事馬戛龍，從他的口中得知，英軍納爾遜的艦船兩天前曾到過亞歷山大，為此拿破崙感到很不安。他怕一旦遇到英軍艦隊，法國船隊就會吃虧。所以決定立即在亞歷山大港西公開闊灘頭登陸。
為此布律埃斯將軍曾力勸他不要這樣做，因為岸邊水太淺，不適宜登陸，這位將軍主張在離亞歷山大港
14英里的阿布基爾灣去登陸，那裡有隱蔽的錨地和灘頭，但拿破崙擔心英艦會隨時來襲擊，便堅持下令在小漁村馬拉布特附近登陸，該村離亞歷山大港僅
8英里。
當時的亞歷山大，僅有
1.
6萬人。是一個破舊的小鎮，法軍登陸的時候，該鎮守軍還無知覺。拿破崙的部隊只登陸了
4000人。因為灘頭水淺，又刮北風，部隊登陸緩慢而又艱難，火炮及給養均未能帶上。
登陸後，拿破崙即率這
4000人向亞歷山大進發，法軍衝進這個鎮時，只以傷亡
300人的代價就很快佔領了這個港口。
在亞歷山大，拿破崙用阿拉伯文向當地居民發佈了一份不尋常的告示。他聲稱法國人不是來打埃及人，而只是來打壓迫他們的馬穆魯克統治者，他還宣稱法國人才是真穆斯林，因而要求所有埃及人都應幫助法國人驅逐馬穆魯克。拿破崙還向當地的教長和阿訇授了三色勛章。又過一星期後，拿破崙的部隊和物資都上岸了。
此時，法軍便開始向開羅進軍。行前拿破崙留下克萊貝爾留守亞歷山大，並任總督。梅努奉命佔領羅塞塔後也任總督。
按照拿破崙的命令，杜高師沿尼羅河的兩面支流溯河而上，保護由船隻運送的輜重、彈葯和文職人員；佩裡上校的炮艦負責護航。拿破崙自己則率德塞、雷尼埃、邦和維埃的
4個師抄近路，走沙漠，向尼羅河上的拉曼尼亞進軍。
這段沙漠雖只有
52英里，但法軍是在最炎熱的
7月進軍的，沙漠裡沒有水，法軍又連水壺都沒帶，結果部隊乾渴難熬，一路上還要謹防阿拉伯人的襲擊，跟不上隊的掉隊者會遭到貝督因人的凌辱和肢解。部隊因而不敢歇息，一氣走到了尼羅河邊，在那裡又暴食西瓜，許多士兵都腹瀉了，部隊士氣都很低落。
儘管部隊進軍未得到好休息，拿破崙還是命令繼續向前進軍，他想趁馬穆魯克驚魂未定時打個措手不及。在拉馬尼亞，杜高師與拿破崙的沙漠縱隊匯合了。拿破崙率領
5個師的兵力來到舒卜拉基特，在這裡他連夜創造性地佈置了一個大方陣，等待着馬穆魯克的騎兵來衝鋒。因為此前他已獲悉馬穆魯克的前衛已抵達這裡。
7月
13日上午，馬穆魯克的
1.
2萬名騎兵果然出現了。這些騎兵策馬到法軍的方陣試探一陣後，即發起了猛烈的衝鋒。法軍用滑膛槍和霰彈迎頭痛擊，這一萬多騎兵反覆衝殺，卻始終未能破法軍方陣。在法軍的左翼，由佩裡指揮的炮艦和駁船這時也遇到了麻煩，馬穆魯克的大艘炮艦咬住了他，幸虧佩裡炮艦上發射的一發炮彈命中了馬穆魯克旗艦的彈葯艙，艦上的人全被炸死，其餘的炮艦才慌忙撤走。
在舒卜拉基特的會戰中，拿破崙運用步兵方陣取得勝利。這種方陣對付騎兵進攻十分有效。此後過了
10天，拿破崙又用同樣的方陣在因巴拜擊敗了馬穆魯克的騎兵。因巴拜已距開羅不遠，此地遠遠望去，金字塔又赫然聳現。
