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保利回來後，拿破崙拜訪了他。但保利的接待是冷淡的。在保利看來，拿破崙是個變節分子的兒子，又是法國養大的，因此對他有不信任感。但為了管住他，只是表面應酬了他一番。
不久，拿破崙的假期滿了，他帶著弟弟路易，回到了奧松。此時他已晉級為中尉。為和科西嘉保持聯繫，他又給保利寫了一封信，信中曾請求保利幫他提供一些材料，以便使他完成那部關於科西嘉的著作。但保利回信拒絶了，他說沒有時間打開箱子，也沒有時間尋找檔案資料，並告誡拿破崙：「歷史不是在青年時代寫成。」保利的回信激怒了拿破崙，他將那部手稿藏在了箱底，最終也沒有完成它。
1791年秋，拿破崙再次休假回到科西嘉，在該島一直住到
1792年
5月。在此期間，他費盡心機，軟硬兼施，成功地在島上的國民自衛軍裡當上了中校。然而，因為成功沖昏了頭腦，導致他幹了一件蠢事。他企圖讓他所轄的志願軍營佔領阿雅克修城堡。
但駐軍頂住不幹，當地居民也反對拿破崙這樣幹，可槍也開了，血也流了，保利派出代表強行決定停火。拿破崙受到大多數島民的譴責，保利也根本不承認他的官銜，於是他不得不又返回法國。到了巴黎之後，他加緊在各軍事部門活動，熄滅了阿雅克修事件對他的不利影響，最後使官方不但沒有追究他的行為，反而重新任命他當了上尉。
在巴黎活動期間，拿破崙又正碰上空前的大動盪。他親眼在
6月
20日目睹了群眾造反的場面。那一天，約莫五六千亂民湧進杜伊勒裡宮，他看到國王路易十六出現在王宮的一扇窗前，面對著造反的暴民無所適從。路易十六想以其基督教的寬容對待造反的暴民，這在拿破崙看來是極愚蠢的舉動。
此時他情不自禁地大嚷道：「笨蛋，怎麼不用大炮轟倒五六百人，其餘的不就跑光了嗎！」拿破崙瞧不起路易十六的軟弱，並斷定國王遲早要垮台。他做事果決剛毅，在巴黎觀望徘徊，想尋求機會進取，但他的內心仍掛着阿雅克修。恰巧，一件家務事為他請假提供了藉口。他的妹妹瑪麗婭娜，當時正在巴黎城裡旅遊，很不安全，他要把她送回科西嘉。
於是他又回到了阿雅克修。
這時，駐在科西嘉島的法國志願軍與島上的國民自衛軍正準備聯合進攻撒丁島。拿破崙一回來，就受命指揮一營兵力配合攻島戰鬥。但此次作戰，由於指揮官科洛納·塞沙裡指揮失當和「拉福韋特」號軍艦的海軍不執行命令而失敗。對於這次出征，保利也支持不力。
國民公會委派的特派員薩利塞蒂，正要組織科西嘉的防禦，以對付英國艦隊的襲擊。
他們後來發現，保利已經成了反叛者。他長期在倫敦居住，會不會與英國人有勾結還不能肯定。這時，拿破崙的弟弟呂西安·波拿巴在土倫俱樂部告發了保利，揭露他是暴君和叛徒。俱樂部當即致函公會，公會馬上發出對保利的逮捕令……消息傳出之後，不明真相的農民手持武器誓死保衛保利。
波拿巴一家對呂西安的瘋狂舉動驚慌失措。呂西安卻洋洋自得地寫信給兄弟們：「我給我的敵人以致命的一擊……你們是想象不到的！」拿破崙一家估計到保利人多勢眾，會來報復。果然，在拿破崙去巴斯提亞找薩利塞蒂商議問題時，半路上被一幫保利分子包圍住，他費了九牛二虎之力連夜逃脫。當天晚上，他坐上一條小船逃跑，沿海岸繞了一段，然後上岸，騎馬跑到巴斯提亞，通知他母親：「你們準備走吧，這地方不是我們的安身之地。」萊蒂齊婭逃走的第二天，她在阿雅克修的房屋就被洗劫一空，燒為廢墟。科爾特的議事大會，聲明波拿巴一家為卑鄙無恥之徒，宣佈把他們永遠驅逐出境。
從此，拿破崙和保利徹底決裂了，他說服薩利塞蒂及其同事，帶領四百多步兵和二十多名炮手，突襲阿雅克修，準備佔領該城，但沒有成功。最後，他不得不帶著全家離開了科西嘉，登船逃往了土倫。
拿破崙後來再也沒有見到過保利。在後來的年代裡，保利投靠了英國人，最終被迫離開了科西嘉島。
1799年，當拿破崙推翻了熱那亞共和國時，保利還曾歡呼過，並寫信向拿破崙表示了致敬。
拿破崙從科西嘉逃出後，重又回到了他的炮兵團。他的老首長的兄弟讓·德·泰伊當團長。拿破崙當了他的副手。不久，收復土倫的命令下達，當時土倫已投靠國民公會恨之入骨的英國人。
指揮收復土倫的指揮官是卡爾托。這是位蹩腳的將軍，原來是個肖像畫家。卡爾托的炮兵指揮官是多馬爾坦，他剛披掛上陣就受了傷。國民公會趕派特派員薩利塞蒂和加斯帕蘭去監督卡爾托。
薩利塞蒂知人善任，便調任拿破崙代替了受傷的炮兵指揮官多馬爾坦。從此拿破崙時來運轉。這位聰明的青年炮兵指揮官到土倫港後，沒花多少時間就看出了整個土倫要塞的關鍵是控制內外兩港的拉塞因半島。這個半島只要被攻下，英軍在內外兩港就無法立足。
而現在島上的英軍已構置了一個叫「馬爾格雷夫堡」的堅固據點，拿破崙於是計劃在英軍防線的西南面構築一個炮兵陣地，並集中了
53門炮，準備重點打擊馬爾格雷夫堡。拿破崙將這個作戰計劃報上去，很快獲得了卡爾托和特派員薩利塞蒂的批准。此後不久，在巴黎的救國委員會又聽取薩利塞蒂和加斯帕蘭兩位特派員的建議，指派了老將迪戈米埃將軍接替卡爾托擔任了總指揮，迪戈米埃讓杜特擔任炮兵指揮。杜特是一個視察陣地都要由人抬着走的病人，他對拿破崙的作戰計劃很滿意，因而又放手讓拿破崙指揮炮兵。
