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總統並沒有什麼大權，政法家稱他為內閣制。美國法制，內閣也是由各部組成，但是沒有總理，是總統自己擔任行政上責任，政法家稱他總統制。前日南京臨時政府《組織大綱》，是採用美國的。因武昌起義，各省聯軍，與美國十三州聯絡抗英同是一樣，前日南京政府所以也不設內閣總理。現在南北統一起來，就與美國政制不甚殊合，就要用法國的了。況且袁總統就職期迫，各議員雖協力修改，也來不及，待後酌二三十日，始將草案修成。計七章，共五十七條，函達老袁。老袁也無異言，故于就職第二日就宣佈出來，約法頒佈。袁總統遂依約法第四十三條，任國務總理，組織新內閣。擬欲任唐紹儀為國務總理一職，袁總統不敢違法，只得照約法第三十四條，電達參議院議決。參議院聽任唐紹儀組閣，遂即通過，電復老袁。袁即遵參議院議決，任唐為國務總理，唐亦直任不辭。遂奉袁總統命令，由北京至南京，組織國務員。唐忽提出修改官制，將原有九部，又外增三部，為十二部。如外交、內務、財政、陸軍、海軍、司法、教育，此七部不動。交通分作兩部：一是交通，一是郵政。又分實業為三部：一工業、一商業、一農林。共十二部。
惟有以下兩部，分作五部，其實並無甚意思。不過因南北統一了，所有兩面的人，位置幾個而已。雖然如此，也要通過參議院，方能有效。否則，參議院定要反對。所以，唐總理現在處境很難，只得親向參議院申明。果然參議院不能通過，只準實業分為兩部，一為工商，一為農林，交通仍舊交通，郵電仍然併入，不能分開。這也還算給唐總理點局面，到底比原有多出一部來。
至三月二十九日，唐總理蒞參議院，將各部總長名單提出，請求同意，參議員取單一看，只見上面開的：外交陸征祥、內
務趙秉鈞、財政熊希齡、陸軍段祺瑞、海軍劉冠熊、司法王寵
惠、教育蔡元培、農林宋教仁、工商陳其美、交通梁如浩，這十個總長，皆有黨派，惟陸征祥一人無黨。熊是新組的統一黨，宋、陳、蔡、王原有同志。唐本是官僚派，前因往寧講和，才得與同盟會的人聯絡，至組閣時，又入了同盟會。所以當時，人皆稱他為同盟內閣。惟梁如浩一人，並未得大家同意，故此人多不讚成。唐只得退出院來，即電達北京。袁總統即下正式命令，以為各部均已得人，惟交通一席未得通過，刻尚虛懸，即命唐暫行兼理，俟參議院通過時，再行交代。
此時，第一位臨時大總統孫文見統一內閣組成，前約辭職，便于四月一日，即向參議院行解職禮，自必又有一番宣言，大家相率贊成，不必細表。孫總統即將臨時大總統印信交到參議院，參議院全體議員接受大總統印信，一面由參議長代表全體覆電孫中山，孫中山接電，歡謝告退。各議員即將南京臨時政府表決移往北京，南京仍屬行省，由袁總統任前陸軍總長黃興為留守，節制南方軍隊，即召唐回京。唐以交通虛懸，口不便兼理，乃提出施肇基為交通總長，交參議院議決，遂得其同意，即電達袁總統，袁總統遂下正式命令。此時十部已全。唐遂邀王寵惠等北行，陳其美不願同行，自請後行，唐只好任其自意，隨同王等北上。參議院各議員，亦擇四月二十九日齊集赴都。
黎副總統亦辭大元帥職，由袁總統另行改任。所有前清一切督撫名目，均着改都督為省長。此時之政府外省亦算就緒，惟蒙、藏兩部尚未就入政府範圍。袁總統因各政粗就，一刻不暇致問，遂派員賚書一份，着其取消獨立，擁護中央。誰知此時英、俄兩國正虎視眈眈，意欲謀取蒙、藏兩部，以圖擴充地面。
不料蒙藏活佛喇嘛一點見識毫無，又受外人播弄，哪能就受袁總統一紙空文，拱手受命。袁總統也知無效，只得在表面上略微敷衍。其實袁總統意中並不在此兩部，所最注意的總在南方，南方一定，可以無慮。第一着就謀裁兵，裁兵就要用款，但自革命軍以來，至南京臨時政府成立，分毫無有，節節需用，皆靠借款過活，所借之款，已過五六百萬。如蘇路借款，招商局借款，漢冶萍公司借款。至唐紹儀南下組閣，南京政府撤銷，移往北京，所有一切欠款，須得北京政府擔任。今這次裁兵，又須用大宗款項，實因籌措無着，只得命唐紹儀向四銀行團商借巨款。四銀行團前因唐密借華比銀行款，未曾知會，被四銀行照會詰問。袁總統自知理虧無對，遂獨央求美公使，代向英、德、法三國調停，美公使邀了唐總理，去會三國公使。唐先向各公使道歉，且婉言相告道：「前借比款，實因急用，若貴國肯借我巨款，移還比款，比約當可取消。」後美使又為唐婉言兩句，各使才有笑容，當下提出三事，內中有不得向他國借款一層，後又有退還比款，取消比約二語。唐均應允，遂回報袁總統，將各公使所議情形說及。袁總統道：「取消比約，這事很難呢。」唐總理道：「一個比國銀行，哪能及得四銀行團，又焉能與抗，想此事也還容易。」袁總統道：「那你就去辦理罷。」
