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四十三年五月，驀有男子闖入東宮，以挺掊仆守門內侍一人。眾共執之。皇太子親奏送部鞫審。是犯名張差，御史劉廷元疏言：「其跡涉風魔，貌似黠猾。」刑部郎中吳士相等定為風癲。提牢官王之采重加詰問，言有馬三道誘至龐、劉二太監處，教之行事。語多涉鄭貴妃弟鄭國泰。科臣何士晉上疏，請窮究其事。於是群臣紛紛劾奏不已。上大怒，傳旨只將本犯張差即時凌遲處死，不許波及一人。尋斃太監龐保、劉成於內庭，事遂寢。四十八年夏四月，王皇后崩。五月，上不豫。七月，上疾大漸，召閣臣方從哲，托以後事。遂崩。太子常洛即位，是為光宗貞皇帝。詔以明年為泰昌元年。令停止礦稅，撤回諸內監，簡補諸廢官，發帑銀一百萬兩，以賑九邊，天下稱慶。八月，上不豫，內醫崔文升下通利藥，上一晝夜三四十起，支離床褥間。封元妃郭氏、才人王氏為皇后，又諭選侍李氏，侍朕勤勞，着封為貴妃。鴻臚寺丞李可灼進紅鉛丸，上服之，不癒；可灼復進一丸，九月朔，上崩。在位一月，壽三十九歲。或曰鄭貴妃用泄藥所鴆也。內急宣召諸臣。諸臣趨進，給事楊漣曰：「李選侍非可托少主者，急宜請見嗣主呼萬歲，以定危疑。」
隨擁出宮，移住慈慶為是，諸臣皆然之。大學士方從哲率群臣哭臨畢，即請叩見皇長子，良久未出，諸臣力請之，皇長子始出。諸臣遂擁皇長子至文華殿，行五拜三叩頭禮，呼萬歲。群臣請即日登極，諭初六日即位，復擁入慈慶宮。閣臣劉一璟奏曰：「今乾清官未淨，殿下請暫居。」此時李選侍猶居乾清官，御史左光鬥、給事楊漣、請選侍立刻移宮，選侍不得已，乃移居仁壽殿。皇長子由校即皇帝位，是為熹宗哲皇帝。詔以本年八月起，至十二月止，為泰昌元年。以明年為天啟元年。
初，光宗服李可灼藥而少愈，方從哲擬旨賞銀五十兩，至是群臣交章論崔文升、李可灼以弒逆大罪，發法司究問，俱遣戍。立妃張氏為後。時經略熊廷弼在遼東修築城池，訓練軍士，通商賈，集糧餉，竭力支撐，方得二年無事。乃御史馮三元、顧慥，科臣姚宗文等，以私忿劾其無謀而欺君，廷弼不去，則遼之存亡未可知。又嗾其黨魏應嘉、郭鞏、張修德、魏應科等交章前後疏論熊廷弼。詔熊廷弼回籍聽勘，兵科楊漣疏救。勿聽。詔廷弼革職家居，以袁應泰經略遼東。清兵克瀋陽，明兵大敗，總兵賀世賢、尤世功、陳策、童仲揆、石砫上官、秦邦屏等皆死之。清兵克遼東，明兵又大敗。經略袁應泰、巡按御史張銓、守道何廷魁、監軍崔儒秀等皆死之。事聞，京師大震。
初，遼東巡撫薛國用以病辭官，至是以參議王化貞為遼東巡撫。御史張秉謙上疏，訟熊廷弼之冤，言廷弼若在，決不使遼事敗壞至此。乃詔廷弼至京，覆命為遼東經略。時遼西尚未失，廷弼駐紮右屯，以為挫敗之餘，無兵可戰，且宜固守。而王化貞誤信西人之助，力主進戰，以復遼東。廷議主之，遂戰，令總兵劉渠移軍振武，而廣寧遂空。清兵至振武，大敗明兵，斬劉渠。王化貞股慄，不戰而逃，從者數十人，走閭陽。適經略熊廷弼自右屯引兵至，化貞、向廷弼大哭。廷弼曰：「公不召募敵騎，不撤廣寧兵于振武，當無今日。此時惟有護百萬生靈入關，勿以資敵足矣。」乃整眾西行入關。遼西復失，明兵遂嚴守山海關，逮王化貞、熊廷弼聽勘，而廷臣復以私忿恨廷弼，議與王化貞並坐斬，而熊廷弼反傳首九邊。於是忠良解體，而明事不可為矣。
時遼事緊急，徵兵于四方。四川永寧宣撫使奢崇明與子奢寅素有逆志，請提兵三萬，赴援遼東，遣其將樊龍、樊虎以兵至重慶。四川巡撫徐可求點核，汰其老弱，發餉，餉復不繼，龍等遂鼓眾反，殺徐可求，已而引兵逼成都。左布政使朱燮元悉力捍禦，石砫土司秦邦屏戰死於遼，其妹秦良玉掌其印，提兵赴援，與燮元大破賊于成都城下。崇明父子拔營走，遁歸重慶。事聞，以朱燮元為四川巡撫。奢崇明既敗，乃誘其親黨貴州水西土目安邦彥同反。邦彥據平彞、龍裡等地，破烏撒，進圍貴州，用詐降計，殺巡撫王三善。賊兵大熾，約三路進兵：一攻雲南，一攻遵義，而奢寅專攻永寧。奢寅性凶Y，遇部下妻女有姿色者，必Y之，富於財者，勒索之，不遂，輒死。其下苗老虎、阿引等恨之，候其酣歌醉臥，刺殺之，逃降明朝。
而奢崇明與安邦彥為亂猶未已，直到崇禎年間，總督朱燮元討平之。又有山東妖賊徐鴻儒，于萬曆末年，以白蓮教聚眾數千人。深州人王森，以救一妖狐，狐令斷其尾藏之，能知人休咎，見人則放妖香，人聞其香，即自歸附，得資巨萬。至是其子好賢，與景州于宏志約鴻儒同反。破鄆縣、鄒縣、肆縣、巨野縣，攻長鎮，掠糧船四十餘艘，眾至十餘萬。遂據兗州、濟南等堆，勢甚鋭。自五月至九月，巡撫趙彥討平之。然此等賊，俱無損于明。其有剝盡明朝元氣，遂致亡明者，內賊魏忠賢與客氏是也。客氏故定興民侯二妻，生子國興，年十八，進宮ru太孫。
又二年而寡，遂在宮奉皇太孫。
