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劉仁軌，汴州尉氏人也。少恭謹好學，遇隋末喪亂，不遑專習，每行坐所在，輒書空地，由是博涉文史。武德初，河南道大使、管國公任瑰將上表論事，仁軌見其起草，因為改定數字。瑰甚異之，遂赤牒補息州參軍。稍除陳倉尉。部人有折衝都尉魯寧者，恃其高班，豪縱無禮，歷政莫能禁止。仁軌特加誡喻，期不可再犯，寧又暴橫尤甚，竟杖殺之。州司以聞，太宗怒曰：「是何縣尉，輒殺吾折衝！」遽追入，與語，奇其剛正，擢授櫟陽丞。貞觀十四年，太宗將幸同州校獵，屬收穫未畢，仁軌上表諫曰：「臣聞屋漏在上，知之者在下；愚夫之計，擇之者聖人。是以周王詢于芻蕘，殷後謀于板築，故得享國彌久，傳祚無疆，功宣清廟，慶流後葉。伏惟陛下天性仁愛，躬親節儉，朝夕克念，百姓為心，一物失所，納隍軫慮。臣伏聞大駕欲幸同州教習，臣伏知四時搜狩，前王恆典，事有沿革，未必因循。今年甘雨應時，秋稼極盛，玄黃亙野，十分才收一二；儘力刈獲，月半猶未訖功；貧家無力，禾下始擬種麥。直據尋常科喚，田家已有所妨。今既供承獵事，兼之修理橋道，縱大簡略，動費一二萬工，百姓收斂，實為狼狽。臣願陛下少留萬乘之恩，垂聽一介之言，退近旬日，收刈總了，則人盡暇豫，家得康寧。輿輪徐動，公私交泰。」太宗特降璽書勞曰：「卿職任雖卑，竭誠奉國，所陳之事，朕甚嘉之。」尋拜新安令，累遷給事中。
顯慶四年，出為青州刺史。五年，高宗征遼，令仁軌監統水軍，以後期坐免，特令以白衣隨軍自效。時蘇定方既平百濟，留郎將劉仁願于百濟府城鎮守，又以左衛中郎將王文度為熊津都督，安撫其餘眾。文度濟海病卒。百濟為僧道琛、舊將福信率眾復叛，立故王子扶餘豐為王，引兵圍仁願于府城。詔仁軌檢校帶方州刺史，代文度統眾，便道發新羅兵合勢以救仁願。轉鬥而前，仁軌軍容整肅，所向皆下。道琛等乃釋仁願之圍，退保任存城。尋而福信殺道琛，並其兵馬，招誘亡叛，其勢益張。仁軌乃與仁願合軍休息。時蘇定方奉詔伐高麗，進圍平壤，不克而還。高宗敕書與仁軌曰：「平壤軍回，一城不可獨固，宜拔就新羅，共其屯守。若金法敏藉卿等留鎮，宜且停彼；若其不須，即宜泛海還也。」將士咸欲西歸，仁軌曰：「《春秋》之義，大夫出疆，有可以安社稷、便國家、專之可也。況在滄海之外，密邇豺狼者哉！且人臣進思盡忠，有死無貳，公家之利，知無不為。主上欲吞滅高麗，先誅百濟，留兵鎮守，制其心腹。雖妖孽充斥，而備預甚嚴，宜礪戈秣馬，擊其不意。彼既無備，何攻不克？戰而有勝，士卒自安。然後分兵據險，開張形勢，飛表聞上，更請兵船。朝廷知其有成，必當出師命將，聲援才接，凶逆自殲。非直不棄成功，實亦永清海外。今平壤之軍既回，熊津又拔，則百濟餘燼，不日更興，高麗逋藪，何時可滅？且今以一城之地，居賊中心，如其失腳，即為亡虜。拔入新羅，又是坐客，脫不如意，悔不可追。況福信凶暴，殘虐過甚，余豐猜惑，外合內離，鴟張共處，勢必相害。唯宜堅守觀變，乘便取之，不可動也。」眾從之。時扶餘豐及福信等以真峴城臨江高險，又當衝要，加兵守之。仁軌引新羅之兵，乘夜薄城。四面攀草而上，比明而入據其城，遂通新羅運糧之路。俄而余豐襲殺福信，又遣使往高麗及倭國請兵，以拒官軍。詔右威衛將軍孫仁師率兵浮海以為之援。仁師既與仁軌等相合，兵士大振。於是諸將會議，或曰：「加林城水陸之沖，請先擊之。」仁軌曰：「加林險固，急攻則傷損戰士，固守則用日持久，不如先攻周留城。周留，賊之巢穴，群凶所聚，除惡務本，須拔其源。若克周留，則諸城自下。」於是仁師、仁願及新羅王金法敏帥陸軍以進。仁軌乃別率杜爽、扶餘隆率水軍及糧船，自熊津江往白江，會陸軍同趣周留城。仁軌遇倭兵于白江之口，四戰捷，焚其舟四百艘，煙焰漲天，海水皆赤，賊眾大潰。余豐脫身而走，獲其寶劍。偽王子扶餘忠勝、忠志等，率士女及倭眾並耽羅國使，一時並降。百濟諸城，皆復歸順。賊帥遲受信據任存城不降。
先是，百濟首領沙吒相如、黑齒常之自蘇定方軍回後，鳩集亡散，各據險以應福信，至是率其眾降。仁軌諭以恩信，令自領子弟以取任存城，又欲分兵助之。孫仁師曰：「相如等獸心難信，若授以甲仗，是資寇兵也。」仁軌曰：「吾觀相如、常之皆忠勇有謀，感恩之士，從我則成，背我必滅，因機立效，在於茲日，不須疑也。」於是給其糧仗，分兵隨之，遂拔任存城。遲受信棄其妻子走投高麗，於是百濟之餘燼悉平。孫仁師與劉仁願振旅而還，詔留仁軌勒兵鎮守。初，百濟經福信之亂，合境凋殘，殭屍相屬。仁軌始令收斂骸骨，瘞埋弔祭之。修錄戶口，署置官長，開通途路，整理村落，建立橋樑，補葺堤堰，修復陂塘，勸課耕種，賑貸貧乏，存問孤老。頒宗廟忌諱，立皇家社稷。百濟餘眾，各安其業。於是漸營屯田，積糧撫士，以經略高麗。仁願既至京師，上謂曰：「卿在海東，前後奏請，皆合事宜，而雅有文理。卿本武將，何得然也？」對曰：「劉仁軌之詞，非臣所及也。」上深歎賞之，因超加仁軌六階，正授帶方州刺史，並賜京城宅一區，厚賚其妻子，遣使降璽書勞勉之。仁軌又上表曰：
