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乾隆四年，以頗羅鼐勤勞懋著，預保子襲郡王爵。頗羅鼐子二：長，珠爾默特策布登，病足；次，珠爾默特納木紮勒。兄弟互讓，而頗羅鼐愛少子，請以次子為長子，允之。又嘉長子之讓，詔封鎮國公，仍鎮守阿里。頗羅鼐善服眾，為諸噶卜倫所敬事。有綏奔喇嘛紮克巴達顏者，書其名瘞詛之。事覺，頗羅鼐欲弭變，輕議其罪。十一年，溫諭嘉獎，謂：「鎮壓左道不足患，其偕達賴協輯唐古特眾。」准噶爾使再入藏熬茶，駐藏副都統傅清等遣員率喀拉烏蘇兵監視。十二年，頗羅鼐以暴疾亡，以珠爾默特納木紮勒襲爵，兼理噶卜倫，以班第達協理藏務。高宗恐其少不更事，未能服眾，或以綏奔喇嘛紮克巴達顏故，與達賴構隙，不肖眾起而間之，不無滋事虞，諭傅清留意體察，而卒有十五年珠爾默特納木紮勒之變。
時准噶爾台吉策妄多爾濟納木紮納復遣使赴藏熬茶，入寺詭避痘，以己卒守門，不令官兵從。詔以准噶爾狡甚，飭嚴防，雖歸巢，勿稍忽。而珠爾默特納木紮勒以駐藏大臣不便於己，乘機奏藏地靜謐，請撤駐防兵。廷議以不從撤兵請，適足滋疑，不如示之信，詔可。諭達賴勿令准噶爾入藏，雖固請弗允。珠爾默特納木紮勒又詭稱准噶爾襲唐古特，至碩翁圖庫爾，遣兵備喀拉烏蘇，徙達木番眾。不數旬，揚言准噶爾至阿哈雅克，自率兵往備。駐藏提督索拜遣旺對赴喀拉烏蘇備之。比至，無蹤。有詔撤喀拉烏蘇兵及達木番歸牧，勿惑眾。初，郡王頗羅鼐以女妻班第達，至是班第達察珠爾默特納木紮勒有逆志，不之附。珠爾默特納木紮勒惡之，奪其孥。駐藏副都統紀山劾珠爾默特納木紮勒妄戾，請檄其兄協理藏務。高宗不允，諭紀山善導之，勿露防範跡。已而珠爾默特納木紮勒以珠爾默特策布登發阿里兵擾藏告，蓋計陷之也。因諭傅清曰：「珠爾默特納木紮勒年幼躁急，性好滋事。若果無他故，兄欲進兵至藏，是特兄弟互相侵犯耳。若其兄並無此事而造言誣構，則宜相機辦理。」
十五年，珠爾默特納木紮勒以兵戕其兄珠爾默特策布登於阿里，詭以兄暴疾聞，請收葬，並育兄子。時其兄子朋素克旺布及珠爾默特旺紮勒皆居後藏。珠爾默特納木紮勒以兵往戕朋素克旺布，陽稱逃亡。珠爾默特旺紮勒依班禪為喇嘛，乃免。傅清、拉布敦以珠爾默特納木紮勒攜兵離藏告。蓋是時珠爾默特納木紮勒既襲殺其兄，復通書餽物准噶爾，請兵為外應，私攜砲至後藏，誣籍噶卜倫班第達及第巴布隆贊等旋達木，距前藏三百餘裡，擁眾二千餘不歸。奏至，詔俟副都統班第自青海赴藏討罪，復諭四川總督策楞、提督嶽鍾琪馳兵往會。而賊勢猖獗，驛道梗塞，軍書不通者旬日。傅清偕拉布敦計，不急誅，必據唐古特為變，召珠爾默特納木紮勒至，待諸樓。甫登，起責其罪曰：「爾違天子令，且忘爾父！無君無父，罪不可赦！」傅清趨前扼其臂，拉布敦拔佩刀剚之，諭脅從罔治。有羅卜藏紮什者，趨下呼賊，千餘突至，聚圍樓，集槁焚。達賴遣番僧往護，不得入，傅清、拉布敦死之。上嘉憫傅清等靖逆遇害，均追贈一等伯，特建雙忠祠以祀。班第達奔守達賴，集兵拒逆。即命班第達以輔國公攝噶卜倫，分其權，而總其成於達賴。設噶卜倫四、戴琫五、第巴三、堪布三，分理藏務，隷駐藏大臣及達賴轄。增駐防兵千有五百戍藏。以達木番歸駐藏大臣轄，視內地例，設佐領、驍騎校各職。並於准噶爾通藏隘設汛嚴防。二十二年，蕩平伊犁，始永無準夷患。是年，達賴在佈達拉圓寂，時年五十。
八輩羅布藏降白嘉穆錯擺桑布，於乾隆二十三年在後藏拖結熱拉岡出世。二十七年，迎至佈達拉坐床。三十年，由班禪班墊伊喜傳授小戒。三十三年，親至前藏攢招，隨登色拉、布賚綳、噶勒丹三大寺講經之座。四十二年，由班禪傳授格隆大戒。四十六年，頒給敕書、金冊、金印，賞達賴之兄索諾木達什輔國公。四十八年，頒玉冊、玉印，凡遇國家慶典準其鈐用，其尋常奏書文移仍用原印。
五十三年，廓爾喀侵犯藏境。初，第六輩班禪之歿，及京歸舍利於藏也，凡朝廷所賜賚，在京各王公及內外各蒙邊地諸番所供養，無慮數十萬金，而寶冠、瓔珞、念珠、晶玉之鉢、鏤金之架裟，珍寶不可勝計。其兄仲巴呼圖克圖悉踞為己有，既不佈施各寺，番兵、喇嘛等亦一無所與。其弟沙瑪爾巴垂涎不遂，憤唆廓爾喀籍商稅增額、食鹽糅土為詞，興兵擾邊。唐古特私和廓爾喀，朝廷所遣之侍衛巴忠、成都將軍鄂輝、總兵成德等實陰主其議，令堪布等許歲幣萬五千金，於是廓爾喀飽颺而去。巴忠等以賊降飾奏，諷廓爾喀噶箕入貢，受封國王。五十四年七月，廓爾喀遣人至藏表貢，並致駐藏大臣書，請如前約。鄂輝恐發覺私許之款，屏不奏。次年，藏中幣復爽約。
五十六年七月，廓爾喀復大入寇，佔據聶拉木，誘執噶卜倫丹津班珠爾以歸。八月，復佔據濟嚨。保泰等遷班禪於前藏。廓匪進擾薩加溝，遂至紮什倫布，仲巴呼圖克圖遁。九月，都司徐南騰堅守官寨，廓匪大掠紮什倫布財物以歸。巴忠扈從熱河，聞變，沉水死。鄂輝、成德奉命赴藏剿禦，皆逗留不進。
十月，保泰等請移達賴、班禪於泰寧，上嚴斥之，而嘉達賴之拒其議。命嘉勇公福康安為將軍、超勇公海蘭察為參贊大臣，率索倫、達呼爾兵及屯練土兵進討。其軍餉則藏以東，四川總督孫士毅主之；藏以西，駐藏大臣和琳主之；濟嚨邊外，則前督惠齡主之。五十七年正月，鄂輝等始復聶拉木。二月，帕克哩營官率番兵收復哲孟雄、宗木地方。是月，陷寇之第巴博爾東自陽布回藏。唐古特私許歲幣事覺，詔以保泰、雅滿泰隱匿不奏，革責枷號。三月，授福康安為大將軍，逮仲巴呼圖克圖於京。四月，添調川兵三千赴藏。閏四月，福康安自定日進兵趨宗喀。五月，克擦木，復濟嚨。是月十五日，克熱索橋，遂入廓境。二十四日，克脅布魯碉卡。六月，福康安、海蘭察等進攻東覺，並雅爾賽拉、博爾東拉諸處，皆克之，成德等亦攻克紮木鐵索橋。六月，廓酋拉特納巴都爾迭遣大頭人乞降，送出丹津班珠爾及前俘之兵。七月，福康安攻克噶勒拉、堆補木，奪橋渡河，深入廓境七百餘裡，將迫其都陽布。都統銜斐英阿等陣亡。成德亦進克利底大山賊卡。廓酋復呈繳唐、廓前立合同，獻所掠紮什倫布財物及沙瑪爾巴之屍。八月，廓爾喀遣使進貢。福康安以廓爾喀屢請投誠奏入，奉旨受降。時以廓境益險，八月後即雪大封山，因允所請。於是福康安率大兵凱旋，撤回藏。議定善後章程：駐藏大臣與達賴、班禪平等；噶卜倫以下由駐藏大臣選授；前後藏番歸我設之遊擊、都司節制訓諫；自行設爐鼓鑄銀幣；設糧務一員監督之。至是，我國在藏始具完全之主權。
初，達賴、班禪及各大呼圖克圖之呼畢勒罕出世，均由垂仲降神指示，往往徇私不公，為世詬病。甚至哲卜尊丹巴胡圖克圖示寂，適土謝圖汗之福晉有妊，眾即指為呼畢勒罕；及彌月，竟生一女，尤貽口實。而達賴、班禪親族亦多營為大呼圖克圖，以專財利，致有仲巴兄弟爭利、唆廓夷入寇之禍。而達賴兄弟孜仲、綏綳等充商卓特巴，肆行舞弊，占人地畝，轉奉不敬黃教之紅帽喇嘛，令與第穆呼圖克圖、濟嚨呼圖克圖同坐；且與眾喇嘛斂取銀兩，並將商上物件暗中虧缺，來藏熬茶人應得路費皆減半發給，有傷達賴體制，因之特來參見者日減，殊失人心。高宗乘用兵後，特運神斷，創頒金奔巴瓶，一供於藏之大招，遇有呼畢勒罕出世，互報差異者，各書名於牙籤，封固納諸瓶中，誦經三日，大臣會同達賴、班禪，於宗喀巴佛前啟封掣之。至紮薩克蒙古所奉之呼圖克圖，其呼畢勒罕亦報名理籓院與駐京之章嘉呼圖克圖，或喇嘛印務處掌印掣定，瓶供雍和宮，而定東科爾入官之限。
