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光緒元年，布雅庫勒哲依圖卒，以福晉恩克巴圖署盟長。二年八月，撥部庫銀予恩克巴圖撫綏人眾，擇地安插。三年，劉錦棠等軍復喀喇沙爾。四年十二月，伊犁將軍金順奏土爾扈特南部落人眾，自逆回構亂以來，逃散伊犁空吉斯及西湖等處，署盟長派員前往收集，約計一萬餘人，現已移回珠勒都斯遊牧。諭以其部人眾困苦，賞銀四萬恤之，由左宗棠發給。八年，是部難民由伊犁續歸三百三十餘丁口，舊有府第，兵燹之後，尚未修復，大小水渠，年久墊淤。欽差大臣劉錦棠奏：「恩克巴圖請賑恤，並籌借銀兩。權為籌撥銀一萬兩，作為渠工宅第經費。喀喇沙爾善後局員照章給賑，通融接濟牛種，待賑丁口糧，俾資耕作。請分別核銷及作正開銷。」允之。九年，設新疆喀喇沙爾直隷撫民同知兼理事銜，兼管土爾扈特遊牧事宜。十三年，新疆巡撫劉錦棠奏：「土爾扈特等蒙眾向隷辦事領隊管轄者，應改歸地方官管轄。恐各蒙民未能戶曉，請飭理籓院申明新設定製，轉行各蒙部。」下所司知之。
二十二年三月，甘肅回匪西竄出關，伊犁將軍長庚電奏賊窺珠勒都斯，檄南部落署盟長福晉色裡特博勒噶丹等揀選有槍馬之蒙兵五百名，由貝勒恭噶那木紮勒統之，分派參領奔津等各帶官兵駐哈布齊沿山口及哈哈爾達巴罕、達蘭達巴罕等處，扼珠勒都斯之東，逼喀喇沙爾、庫爾勒要隘。八月，事定，撤歸。
新疆置省後，舊土爾扈特諸部仍隷伊犁將軍，俸銀俸緞均由伊犁發給。蒙古惟舊土爾扈特等部之在新疆者，汗、王、公、紮薩克等卒，襲子不及歲，以前皆由已歿汗、王、公等之妻或母署印。有鹽，有礦，地兼耕牧。佐領共五十四。
北路凡三旗，盟曰烏訥恩素珠克圖，在塔爾巴哈台城東，當金山之西南霍博克薩裡，東噶紮爾巴什諾爾，南戈壁，西察漢鄂博，北額爾齊斯河。渥巴錫族子策伯克多爾濟等，乾隆三十六年，從渥巴錫來歸，獻金削刀及色爾克斯馬。三十七年，入覲，封策伯克多爾濟紮薩克和碩布延圖親王，授其弟奇哩布紮薩克一等台吉，轄右翼，賜牧霍博克薩裡，為舊土爾扈特北路，以策伯克多爾濟領之，授盟長。四十年，授奇哩布弟阿克薩哈勒紮薩克一等台吉，轄左翼。四十三年，策伯克多爾濟卒，奇哩布襲，銷右翼印。五十年，授策伯克多爾濟之子公品級一等台吉恭格車棱紮薩克，詔轄其父屬眾，別鑄右翼紮薩克印賜之。五十七年，封輔國公。道光二年，卒。子多爾濟那木紮勒降襲公品級紮薩克一等台吉。
同治四年，塔城回變，親王策林拉布坦以調兵遲延，為參贊大臣錫霖劾革其爵，以捐輸復之。九年，奎昌等立塔爾巴哈台新界鄂博，奏飭親王策林拉布坦、圖普伸克什克、紮薩克喇紮爾巴達爾隨時留意偵察，舊界亦有割棄。十二年十月，回匪竄擾是部薩巴爾山地方，劫掠牲畜衣物，烏素圖等三台逃散。十二月，參贊大臣英廉奏匪已遠竄，飭策林拉布坦等妥為安插被難蒙民，一面將原設七台照舊安設。尋論設台站之勞，予黃繮。
宣統元年，以阿爾泰烏梁海復在是部薩裡山陰度冬，提每年租馬十成之一給是部三旗作水草之租。是部金礦頗著名，地雜耕牧。有佐領十四。
東路凡二旗，跨濟爾哈朗河。東奎屯河，接甘肅綏來，南南山，西庫爾喀喇烏蘇，北戈壁。渥巴錫族弟巴木巴爾等從渥巴錫來歸。乾隆三十七年，入覲熱河，封紮薩克多羅畢錫埒勒圖郡王，弟奇布騰固山依特格勒貝子，盟名亦曰烏訥恩素珠克圖。初隷庫爾喀喇烏蘇大臣，統侖，統受伊犁將軍節制。同治末，俄人以北路舊土爾扈特取所屬哈薩克馬駝，執是部貝子普爾普噶丹為質，尋釋之。光緒初，給撫卹銀一萬兩。十一年，設庫爾喀喇烏蘇同知兼理事銜，釐是部民、蒙交涉事件。清末，襲郡王者帕勒塔嘗請出洋，又入貴冑學堂，以本旗事為伊犁將軍廣福劾，議處。是部共有佐領七。
西路一旗，當天山之北精河東岸。東精河屯田，南哈什山陰，西托霍木圖台，北喀喇塔拉額西柯淖爾。渥巴錫族叔父默們圖從渥巴錫來歸。乾隆三十七年，入覲熱河，封紮薩克濟爾噶朗貝勒，賜牧精河，受伊犁將軍節制。鹹豐十年，貝勒鄂齊爾以捐餉予雙眼花翎。光緒初，以被擾，予撫卹銀一萬兩。十三年，設精河同知兼理事銜，釐是部民、蒙交涉事。有佐領四。
新土爾扈特，在科布多西南，當金山南烏隆古河之東。東新和碩特，南胡圖斯山，西與北均阿爾泰烏梁海，東南紮哈沁。
土爾扈特翁罕十四世孫舍棱率諸昆弟附牧伊犁，為准噶爾屬台吉。大軍征准噶爾，獲達瓦齊，阿睦爾撒納等以叛相次誅滅，舍棱獨抗不降，竄匿庫庫烏蘇、喀喇塔拉境。乾隆二十三年，詔定邊將軍成袞紮布等剿之。舍棱奔俄羅斯，我軍追及之於勒布希河源，舍棱乃詭約降，計戕我副都統唐喀祿，馳逾喀喇瑪嶺，歸額濟勒土爾扈特遊牧。三十六年，復誘其汗渥巴錫來踞伊犁，抵他木哈，知內備固，計無所出，不得已，隨渥巴錫歸順。詔宥舍棱罪。三十七年，與從子沙喇扣肯入覲熱河，封舍棱多羅弼裡克圖郡王，沙喇扣肯烏察喇勒圖貝子，均授紮薩克。舍棱所部曰左翼旗，沙喇扣肯曰右翼旗，定盟名曰青色特啟勒圖，舍棱充盟長，沙喇扣肯副之。四十八年，詔世襲罔替，隷科布多參贊大臣。
道光六年，回疆軍興，是部輸馬駝助軍。鹹豐三年，是部王、貝子等請捐助軍需，溫旨卻之。
同治三年，徵是部兵援古城等城，以散潰，撤之。六年，於是部之布倫托海地方設辦事大臣，以李雲麟為之。七年五月，布倫托海兵民潰變，李雲麟走青格里河。諭福濟、錫綸前往查辦明瑤、棍噶紮拉參，曉諭解散。七月，布倫托海變民竄烏龍古河。九月，以棍噶紮拉參挑噶爾為喇嘛成軍，諭福濟等督率進剿布倫托海變民，撥部庫銀十萬兩解科布多，為布倫托海剿匪及賑濟難民之用。調福濟為布倫托海辦事大臣。十月，以守科布多城出力，予是部郡王淩紮棟魯布親王銜。十二月，以是部仍屬科布多管轄。八年二月，以哈薩克圍殺布倫托海變民，命是部郡王淩紮棟魯布進剿。四月，福濟遷烏里雅蘇台將軍，文碩代之。七月，布倫托海變民傷俄國卡兵，棍噶紮拉參營於克林河，諭福濟等疾籌進剿，飭知遵行。是月棍噶紮拉參剿變民於和博克托裡，勝之。八月，棍噶紮拉參復布倫托海，變民降，收撫之，賊首張匊等伏誅。諭福濟等籌給布倫托海難民口食。九月，命塔城額魯特暫安舊居，阿爾泰山俗眾居青格里河。十月，徙布倫托海人眾於阿爾泰山，予布倫托海在防之索倫及綠營官兵銀兩。十一月，裁新設布倫托海辦事大臣，撤回旗、綠官兵，命索倫、額魯特領隊大臣及棍噶紮拉參應辦事宜統歸科布多參贊大臣經理，改派奎昌辦布倫托海與俄分界事宜。
十二年九月，肅州回匪竄是部貝子旗布拉噶河一帶，科布多參贊大臣托倫布等調回駐察罕淖爾之黑龍江馬隊暨蒙古馬隊，分赴布拉噶河防剿。十一月，烏魯木齊領隊大臣錫綸奏：「七月十六日，率所募民勇自阿爾泰山南移營烏龍古河南岸，聞東路布爾根河一帶有警，科布多屬之紮哈沁及和碩特、土爾扈特邊界皆被擾，阿爾泰附近之烏梁海台站逃散，匪由和碩特、土爾扈特等喇嘛營子西竄至青格里河。」十二月，錫綸奏：「回匪擾及烏梁海部落，臣帶民勇民團追匪至噶紮爾巴爾淖爾，匪已由薩勒布爾山南竄沙山子，即由山北取道布淩河，疾馳至霍博克河上遊之庫克辛倉，探得匪在河下遊之科科墨頓林木中紮營五座，於夜分潛師進薄賊壘，擊潰賊三營，又取後一營，匪眾敗遁，尋由阿雅爾淖爾竄綏來縣之大小拐，回瑪那斯。」科布多幫辦大臣保英奏：「十月十九日，親率馬隊由吉慶淖爾西行，二十七日抵土爾扈特之青格里河。賊竄布倫托海，經錫綸進剿，斬獲甚多。匪已西竄，臣將官兵駐青格里河，檄飭烏梁海、土爾扈特、和碩特、紮哈沁速將軍台移回原處安設。」其後烏魯木齊、瑪納斯諸城克複，是部始息警。
