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在富蘭克林成長的關鍵階段，無所不能、無所不在的皮博迪主宰着他的生活，人們不需要作弗洛伊德
奧地利心理學家式的揣測就可以推想到，他在這個孩子的心靈中已取代了他父親的地位。而其生父則已漸入垂暮衰頽之年。富蘭克林在當了總統後給皮博迪寫信說：「在我性格形成時期，我有幸得到你親手指引和你的風範的激勵，我以此視為我一生的福祉之一……對於你賜予我的一切，我銘感五中。」
羅斯福通常被人們視為學習成績平平的學生，但在格羅頓，他卻總是名列前五位。課程內容有人文科學，老師的教法很獃板，雖然學校的宗旨是培養國家領導人，但令人奇怪的是，几乎不講授有關美國的課程。皮博迪和教師們極其賣勁地讓孩子們熟習英文經典著作，每天晚上為他們朗讀。在第一學年，富蘭克林學了拉丁、希臘、英國和法國文學、希臘和羅馬歷史、代數、自然科學和神學。
他的第一次成績報告單雄辯地表明，按十分制評分標準他得了比較優異的平均分數——
7.
79分；在按時作息方面得了滿分；在整潔方面得了
9.
68分。校長在備註欄中批寫道：「很好，我覺得他是一個聰明誠實的優等生。」
在格羅頓的這幾年裡，富蘭克林一直遵循皮博迪教導的社會福音教義積極參與宗教活動和慈善事業。他被選進以在附近農村中主持禮拜儀式為宗旨的傳教協會；協助開辦照顧波士頓貧苦兒童的聖安德魯斯兒童俱樂部，參與新罕布希爾州阿斯奎姆湖湖濱為同一目的而開設的夏令營的活動。有一年夏天他在那裡當了一段時間的夏令營主持人。傳教協會曾指派他和另外一個男孩去照顧一位弗裡曼太太，她是一個
84歲的黑人婦女，是南北戰爭期間一名擊鼓手的遺孀，他們的任務是每週去看她幾次，看看她是否缺煤缺水，在暴風雪時要把她從積雪中挖掘出來。
「他是一位可愛的老人，關照老人是一項愉快的工作，對於我們來說，這也是一種頂好的消遣」，他向母親解釋說。
臨近畢業時，富蘭克林表示想考取海軍學院，但遭到父母的反對。他們指出，作為獨生子，他將負責看管一大筆遺產和承擔其他責任，因此不能作出這樣的選擇。攻讀哈佛大學或是法學院，將是他未來要走的道路。此外，反正他已決定要實現格羅頓的「提前進修」計劃，只需等待正式招為哈佛的新生。
按照這項計劃，富蘭克林已經學了這所大學的
15個學時的課程，這使他能夠在三年內學完獲得學士學位的各門必修課。
羅斯福在格羅頓的進修歷程勝利結束了。在
1900年
6月
25日的頒獎日，他意外地得知自己得到了拉丁文獎，獎品是
40卷本的莎士比亞全集。他當時的心情是「高興得無法形容的”。當他準備離開母校時，懷舊和歡樂之情油然而生。
他在從格羅頓寄出的一封家信中寫道：「進修的歷程宣告結束，戰鬥已獲勝利！」今天是一個多麼歡快而又悲傷的日子。我輩再也不會在母校出席朗誦會了，每一位同學都想再當一次一年級新生……”他獲得的平均成績是 B，校長在他最後的成績單中這樣批示：“始終是一個極為忠實的學生和本校的傑出的成員，我真捨不得離開富蘭克林。」
富蘭克林在格羅頓的表現也許並不引人注目，但他決心在哈佛大學裡儘量克服這個不足之處。他以西奧多·羅斯福所特有的那種投身戰斗的衝天幹勁和熱情闖進了哈佛的大門，成了校園裡大名鼎鼎的人物。他積極參與社交、體育、政治和各種課外活動，最後當上了人人羡慕的校刊「紅色哈佛報」的社長即主編。這種熱情竟使那些現在左右着哈佛，以後還將從波士頓國家大街的董事室和律師事務所裡對校務發號施令的懶惰成性的年輕人惴惴不安。
當
1900年
9月
25日羅斯福從紐約來上學時，哈佛大學正處于黃金時代，當時的校長查爾斯·W·埃利奧特是在美國推行自由選修課程制度的創始人之一，他在哈佛大學已經當了
30年校長，在他治理學校的最後十年內，這所學校就由一所小型的地方性大學變成了著名的高等學府。教員中有不少著名人士，例如喬賽亞·羅伊斯、威廉·詹姆斯、喬治·桑塔雅納、弗雷德里克·傑克遜·特納、愛德華·錢寧、喬治·皮爾斯·貝克、喬治·萊曼·基特裡奇和查爾斯·湯森·科普蘭等。在大約
1750名大學生中，既有猶太人和西部人的貴族階級的紈袴子弟，又有為哈佛大學爭光的優秀的外地人。這是繞着不同軸心旋轉的兩個天地，二者僅在教室裡或運動場上有所接觸。
富蘭克林因為是羅斯福家族的一個成員，立刻受到了比康山和坎布里奇女服務員們的青睞，有些人認為他是那位英俊颯爽、當時正與麥金利搭伙競選副總統的西奧多·羅斯福的侄子。這個小伙子長得英俊迷人，就像是理查德·哈丁·戴維斯通俗小說中下巴方正的主人公，因此頗受「交際花們」的垂青。他自己備有一匹馬和一輛汽車，沒有一個周末他不去參加宴會、舞會和晚會。
西奧多·羅斯福這顆正在升起的明星也許已在召喚富蘭克林來擔任公職了，不知是有意還是無意，富蘭克林選讀了特別適合於政治生涯的課程。他在五花八門的課程中選擇了歷史和政治作為主修課，而把英文和演講作為副修課。他也學習拉丁文、法文、地質學和經濟學——雖然他後來這樣說：「我在大學裡學了四年經濟學，但教給我的全部知識都是錯誤的。」正如後來《哈佛校友簡報》所描寫的那樣，這個課程表「決不輕鬆」。
