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有了這一想法，還得再拿出些真才實學。所以在莫扎特結束三年的德國、英國、法國、荷蘭等地的旅行演出之後，爸爸又在故鄉認真地讓孩子學習了對位法，並把巴哈、亨德爾、哈塞和埃貝林的作品作為範例，認真研究，反覆模仿。這樣大約學習了兩年的時間。
1767年
9月，莫扎特
12歲的時候，那不勒斯年輕的國王將和瑪麗婭·特蕾莎皇后的女兒瑪麗婭·約瑟法結婚，他們邀請莫扎特一家前往出席婚禮的慶典活動。利奧波德認為這是一個不能錯過的千載難逢的好機會，就決定第二次去維也納。但上路後第一天在高橋街上的旅館過夜時，有人就告訴他們說維也納正在流行天花，這是一種由病毒引起的烈性傳染病。這種病傳染性猛烈，病勢凶險，會出現全身性中毒癥狀。
初時皮膚出現斑疹、丘疹、皰疹，以後化膿直至結痂脫痂。在化膿期間，往往並發肺炎、衰竭、血壓下降等癥狀。因此此病的死亡率很高。最有效和簡單的方法就是預先接種牛痘。
由於孩子最容易傳染上天花，所以有人又對利奧波德說，應該讓孩子馬上去接種牛痘。但利奧波德卻說：「我兩個孩子的健康已經委諸于神的恩惠，我在上路時已為他們祈禱過了。」他們又出發了。
第二天，從維也納過來的朋友告訴利奧波德，要做新娘的公主瑪麗婭·約瑟法也得了天花于日前去世了。但皇后又把次女瑪麗婭·卡羅莉娜嫁給新喪愛侶的新郎，所以還是等着莫扎特的到來。但誰能想到，當天晚上，莫扎特就發起了高燒，雙手冰涼，全身發起抖來，還不停地講囈語，當地教堂長老會會長聽說莫扎特得病了，立刻把他們接到教堂裡住下了。莫扎特的眼睛也漸漸失明了，這可是件令人焦急萬分的事情啊，於是爸爸又不斷地用教堂裡的聖水為莫扎特洗眼睛。
八天以後，南內爾也得病了，也不能用眼了。他們只能躺在床上，輕輕地哼些樂曲，用音樂驅趕着身上的病魔。
也許是孩子長期的旅行生活有了一定的免疫能力，也許是教堂的祈禱和聖水的魔力，加上孩子們用音樂調整了自身的活力，幾個星期之後，兩個孩子竟奇蹟般地康復了，而且只是視力受到些損害，其他什麼病症也沒留下。
1768年
12月
23日，莫扎特一家來到了維也納。當兩個孩子重新邁入宮廷時，他們再也不是當年那種什麼都新奇，什麼都不懂的山城孩子了，他們的步伐是那樣地老練，他們的目光只看著前方……瑪麗婭·特蕾莎極其親切地讓兩個孩子坐在自己身邊問長問短，其實她自己剛失去了女兒，但她在接待莫扎特時卻是那樣地溫和嫻靜，看不出一點悲哀的神色，從某種程度上來說，她是把這兩個孩子看作自己的孩子一樣，她是從小看著他們長大的。而且她的兒子約瑟夫從小和莫扎特是好朋友，現在約瑟夫已經繼位當了皇帝。所以莫扎特一家在宮廷裡的交談和演出就顯得更加親切和熱情了。
然而，當年在宮廷光滑的地板上扶起跌倒的莫扎特的公主瑪麗·安唐妮卻怎麼也想不起小時候曾與莫扎特玩耍過——貴族的腦子裡只記得自己愛犬的名字，別的都不那麼重要了。
不久，約瑟夫二世讓莫扎特為歌劇劇本《裝痴賣傻》
K.51寫音樂總譜。莫扎特很快就完成了。有人見莫扎特把總譜寫得有板有眼，懷疑這本來就不是小孩子的作品，就認定這是一對父子騙子。而且當時的維也納歌劇院裡明爭暗鬥，樂團演員去聽一個乳臭未乾的孩子的指揮，這不明顯是降低自己身價的事情嗎？所以當時維也納的整個音樂界竟會掀起巨浪，抵制這部歌劇的演出。
約瑟夫明明知道這個歌劇總譜寫得不錯。因為莫扎特已在倫敦受到巴哈和曼佐利的指點，已經能寫出像樣的歌劇了。約瑟夫也明明知道，這是音樂地獄動員了一切力量，企圖阻止一個孩子的天才得到普遍的承認，但迫於他當時尚未牢牢地控制住維也納的藝術界，所以當利奧波德向其發火時，他也沒有擺出理由，只是讓劇院經理阿弗利喬付給利奧波德
100個金幣作為賠償。就這樣讓這場在維也納掀起一場軒然大波的事件平息了。
然而，有人把這一切都看在了眼裡，而且感到非常地氣憤，併力圖幫助莫扎特。著名醫生安東·梅斯梅爾大夫為了安慰莫扎特，特意出資讓莫扎特譜寫一出小歌劇——《巴斯蒂恩和巴斯蒂娜》。當莫扎特很快完稿後，梅斯梅爾又在他自己的私人劇團裡為歌劇的演出提供了經費和場地。
不久，《裝痴賣傻》的風波讓故鄉的西吉斯蒙德大主教知道了，他感到這出歌劇完全應該上演，於是讓《裝痴賣傻》在宮廷歌劇院上演了。
並任命莫扎特為宮廷的「樂隊指揮」。儘管這是一個較低的空有其名的職位，他只是常常要應召譜寫些教會音樂，但這對莫扎特來說，卻有了一個較早的接觸教會音樂的機會。
1769年
12月，莫扎特跟隨父親由米蘭向南進發，直插意大利半島，而南內爾則留在了故鄉。
來到羅馬，利奧波德與莫扎特在一個星期三的下午去瞻仰西斯廷教堂。
西斯廷教堂是羅馬
16世紀
20年代時期的最傑出的瑰寶，人們除了讚賞她的建築之外，更驚嘆于她的壁畫。
西斯廷教堂中的禮拜堂是人們最常到達的地方，它的天頂總共有一千多平方米，天頂上面的畫以舊約《創世紀》為題材排列而成。組畫共分三組：敘述世界的創造；敘述人的墮落；敘述挪亞的故事。組畫兩側各有
6個高
280公分的先知和巫女。
