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後王恭復與德宗豫州刺史庾楷共起兵，以討其江州刺史王愉、司馬尚之兄弟。玄及龍驤將軍揚佺期、荊州刺史殷仲堪等率軍應恭。玄等造於石頭。于時德宗征虜將軍司馬元顯一軍仍守石頭，列舟艦斷淮口。道子出軍，將屯中堂，忽有馬驚 ，軍中擾亂，人馬赴江者甚眾，良久乃定。玄等不知建業危弱，且王恭尋敗，玄甚惶懼，乃回軍于蔡洲，王恭司馬劉軍之率北府軍來次新亭，於是德宗以桓修為荊州，仲堪為廣州，玄為江州，佺期為雍州，刺史郗恢為尚書。仲堪回師南旋，乃使人徇于玄等軍曰：「若不各散歸，大軍至江陵，當悉戮余口。」
仲堪偏將劉系先領兵二千隷于佺期，輒率眾而歸，玄等大懼，乃狼狽而走。庾楷亦棄眾奔于南軍。玄並趣輕舟追仲堪，至尋陽，而推率為盟主，鎮于夏口。德宗加玄都督荊州四郡，以玄兄西昌公偉為輔國將軍、南蠻校尉。寵玄兄弟，欲以侵削荊雍。
先是荊州大水，仲堪倉廩空竭，玄乘其虛而伐之，先遣軍襲巴陵。梁州刺史郭銓當之鎮，路逢玄 ，玄遣銓為前驅。玄發夏口，與仲堪書云：「今當入沔，討除佺期，頓兵江口。若相與無貳，可殺楊廣，若其不爾，便當率軍入江。」
別與桓偉書，今剋期為內應，偉惶遽，以書示仲堪，仲堪慰喻遣歸，夜乃執之。
仲堪遣龍驤將軍殷邁、振威將軍劉山民等統眾七千至西江口。玄聞邁至，復與其當苻永道領帳下擊之，邁等敗走。玄頓巴陵，收其兵而館其谷，復破楊廣于夏口。仲堪既失巴陵之積，又諸將皆敗，江陵駭震，城內大饑，皆以胡麻為廩。初，仲堪之得玄書也，急召佺期，佺期曰：「江陵無食，何以待敵？可來見就，共守襄陽。」
仲堪猶以全軍，無緣棄城迸走，甚憂佺期弗來，乃紿之曰：「比來收集，已有儲矣，可有數萬人百日糧。」
佺期信之，乃率步騎八千，既至，仲堪惟以飯餉其軍。佺期大怒曰：「今茲敗矣！」不過見仲堪，使人于艦上橫射玄，玄軍亦射之，佺期乃退。玄乃渡軍于馬頭，命其諸軍進，破殺仲堪，殺楊廣、佺期、殷道護及仲堪參軍羅企生等。
德宗以玄為持節、都督荊司雍秦梁益寧江八州及揚豫並八郡諸軍事、後將軍、荊江二州刺史。玄大論功賞，以長史卞范之領南郡相，委以心膂之任。乃斷上流，禁商旅。德二州刺史。玄大論功賞，以長史卞范之領南郡相 ，委以心膂之任。乃斷上流，禁商旅。德宗下書曰：「豎子桓玄，故大司馬不腆之息，少懷狡惡，長而不悛，遂與王恭協同奸謀，阻兵內侮，三方雲集志在問鼎，窺擬神器。賴祖宗威靈。宰傅神略，忠義奮發，罪人斯殞。玄等猖狂失圖，回舟鳥逝。便宜乘會，殲除奸源，於是同異之論，用惑廟策，遂使王憲廢撓，寵授非所。猶冀玄當洗濯胸腑，小懲大誡，而狼心弗革，悖慢愈甚，割據江湘，擅威荊郢，矯命稱制，與奪在手。又對侍中王謐放肆醜言，欲縱凶毒，陵陷上京。無君之心，形于音翰；不臣之跡，日月彌著。是可忍也，孰不可懷！宜明九伐，以寧西夏。尚書令、後將軍元顯可為征討大都督、督十八州諸軍事、驃騎大將軍、儀同三司。」
以劉牢之為前鋒，行征西將軍，權領江州；命司馬尚之入沔水。
玄聞元顯處分，甚駭懼，欲保江陵。長史卞范之說玄東下，玄甚狐疑，范之苦勸 ，玄乃留桓偉守江陵，率軍東下。至夏口，乃建牙傳檄曰：
案揚州刺史元顯：凶暴之性，自幼加長；犯禮毀教，發蒙如備。居喪無一日之哀，衰絰為宵征之服，弦觴于殷憂之時 ，窮色于罔極之日，劫略王國寶妓妾一朝空房，比基惡之始，駭愕視聽者矣。
相王有疾，情無悚懼，幸災擅命，揚州篡授，遂乃父子同錄 ，比肩連案。既專權重，雙行險暴，恐相王知之，杜絶視聽。惡聲無聞，佞譽日至。萬機之重，委之廝孽，國典朝政，紛紜淆亂。又諷旨尚書，使普敬錄公。錄公之位，非盡敬之所。苟自尊貴，遂悖朝禮。又妖賊陵縱，破軍殄民之後，己為都督，親則刺史，于宜降之日，輒加崇進。弱冠之年，古今莫比。宰相懲惡。，己獨解錄，推禍委罰，歸之有在，自古僭逆未有若斯之甚者。
取妾之僭，殆同六禮，乃使尚書仆射為媒人，長史為迎賓，嬖媵饕餮 ，賀同長秋，所謂無君之心，觸事而發。八日觀佛，略人子女，至人家宿，唐突歸妾。慶封迄今，甫見易室之飲；晉靈以來，忽有支解之刑。喜怒輕戮，人士割裂，治城之暴，一睡而斬。又以四歲孽子，興東海之封。吳興殘暴之後，橫復若斯之調。妖賊之興，實由此豎。居喪極味，孫泰供其膳；在夜思游，亦孫泰延其駕。泰承其勢，得行威福，雖加誅戮，所染既多。加之以苦發樂屬，枉濫者眾，驅逐徙撥，死叛殆盡。改號元興，以為己瑞，莽之符命，于斯尤著。否極必亨，天盈其毒，不義不昵，勢必崩喪，取亂侮亡，實在斯會。三軍文武，憤踴即路。
玄亦失荊楚人情，而師出不順，其兵雖強，慮弗為用，恆有回師之計。既過尋陽 ，不見東軍，玄意乃定。於是遂鼓行而進，徑至姑熟，又克歷陽。劉牢之遣子敬宣詣玄請降，玄大喜，與敬宣置酒宴集。玄至新亭，元顯棄船，退入國子堂，列陳宣陽門前。元顯欲挾德宗出戰，而軍中相驚，言玄已及南桁，乃回軍赴宮。既至中堂，一時崩散。元顯奔東府，惟張法順一騎隨之。
