其它幾場各不相屬的抗清運動繼續堅守明朝基業。一幫大明遺臣在紹興立魯王為新的領袖，而另一幫人則在福州擁立了唐王，這兩位王爺是叔侄關係，但卻水火不容，最後這兩人都被清軍擊敗。及後，另外一幫明朝遺臣在廣州擁立唐王之弟(即所謂的新唐王)為帝，但他的統治只延續了四十天(
1646年)。隨着這些抗清運動的失敗，由萬曆帝(
1573-
1619年)之孫桂王領導的一個較為穩健的新政權開始在廣東省的肇慶登場亮相了。
到
1648年時，桂王成功地恢復了對南部和西南部七個省的控制，但在那些與滿人合作的漢人之合圍猛攻下，這場運動最終也垮台了。在上述幾場抗清運動迅速地潮起潮落之際，大明忠臣鄭成功(
1624-
1662年)在沿海地區組織了一場更為持久的抗清鬥爭。鄭成功，也名「國姓爺」，父親鄭芝龍一度是唐王的支持者，而母親則是日本田川家族的女子。唐王對年輕的鄭成功非常賞識，
1645年賜他姓「朱」；此後他便以「國姓爺」之稱聞名遐邇，荷蘭人則由此變音稱他為「Koxinga」。
唐王待他親如帝室同宗，
1646年初敕封他為伯爵及抗清「招討大將軍」。為報帝皇眷遇之恩，國姓爺矢志終身效命明朝。然而，在
1646年後期，他的父親叛降清廷，從而使清軍得以經捷徑進攻唐王。國姓爺憎惡其父的行徑，宣誓終生忠於桂王。
他結集幾千名部屬攻佔了廈門和金門，以此作為抗清根據地。
1655年初，他完善了軍政機構，在福建分所屬部隊為七十二鎮，並建六官分理國事，屬下總兵力達
10-
17萬人。國姓爺庇護諸多前明士大夫，並且從事對外貿易，為抗清活動籌措資金。
1658-
1659年間，國姓爺經海路攻襲浙江和江蘇，佔領了重鎮鎮江；他本來可以攻取揚州以切斷清軍補給綫，但他不聽部將建議，決意向南京推進。
1659年
9月戰敗，麾下
500艘船舶被燒燬。他不得不撤回廈門休息重整。此刻他發現廈門和金門用做作戰基地實在太狹窄，於是便屬意于其時被荷蘭人佔領的台灣，即福摩薩(在葡萄牙語中是「美麗」的意思)。
1661年，國姓爺率
900艘船舶和
25,
000名士卒對台灣發起了一場全力猛攻，荷蘭守軍被征服。
1662年
2月l日，國姓爺與荷蘭總督寇一( Federick Coyett )締結條約，結束了荷蘭人在台灣的統治。國姓爺以台灣為新基地，準備與清軍展開一場持久戰。清廷確實也對他無可奈何，能做的只是處死了他的父親和兄弟(
1661年)，下令將沿海
30-
50里範圍內的居民遷往內地(
1662年)，並禁止大陸的漁船和商船出海，以此切斷國姓爺的資源供應。
國姓爺此刻成了大明遺臣中僅存的一綫希望之化身，但他卻于
1662年
6月
23日暴卒，年僅
38歲。據稱他是死於瘧疾，但也可能是自殺。抗清大業由兒子鄭經繼承下來，但鬥志已不可能與以往同日而語了，且內訌持續不斷。
1683年，清軍攻佔台灣，一年後置為福建省的一個府。
隨着這個最後的大明遺臣集團之失敗，清朝完成了對整個中國的征服。
3.王朝的鞏固與輝煌
3.
1順治朝，
1644-
1661年順治在
1644年
10月
30日成為中國皇帝，時年僅
7歲。政府大權操于多爾袞之手，他有頗具溫情的「叔父攝政王」稱號。
1645年，多爾袞獲加封為「皇叔父攝政王」，在
1648或
1649年更加封為尊貴的「皇父攝政王」，威望顯赫。多爾袞是國家裡權力最大的人；他的話就是法律。
所有高層決策全由他作出，連禦璽都收藏在他的府邸。向皇帝上奏摺
18的人須呈副本給多爾袞，並等候他的批覆。由於他的地位顯赫，因此覲見皇帝時不必叩頭。
多爾袞對新王朝的貢獻是不容置疑的，在他的指揮下，清軍佔領了陝西、河南和山東諸省；
1645年又佔領了江南、江西、湖北和浙江一部分；
1646年佔領四川和福建。內政方面，他保留了大部分明朝的職官和措施，歡迎漢族官吏投效政府，甚至允許穿戴明朝服飾。他保留了德意志籍耶穌會士湯若望(Adam Schall von Bell)欽天監監正的官職。但是，多爾袞的兩道旨令卻極大地惹惱了漢族人：一是強迫漢人按滿洲人的風俗蓄髮留辮；二是圈占漢人的良田用來封賞滿洲王公顯貴和旗人。
多爾袞少年得志，身居高位，實際上損害了自己的前程。他似乎經受不住再無更高官爵可資攀取的處境，開始沉湎于尋歡作樂。
1650年年底，他在狩獵途中暴卒於長城附近的喀喇城，享年
39歲。
當順治皇帝于
1651年親政時，他繼續了多爾袞建立的行之有效的政策，即任用漢人幫辦內政事務。他悉心研習漢文，以便能無需借助滿文翻譯而看懂漢文奏摺。他繼續實行「一條鞭法」，
19並改善統計制度以減少貪污腐敗；不法行為受到嚴懲。為杜絶漢族士人秘密反抗，他取締了所有的詩社文會等會社。
機構方面，他新設了一些職官，其中衙門有宗人府，而官職有內閣學士、翰林院掌院學士及翰林院侍讀學士、侍講學士、侍讀和侍講等。
1653年撤銷了內務府，並在宮中建立了由太監掌管的十三衙門取代，太監們對這位年輕的皇帝發揮了相當大的影響。雖然皇帝警告他們不要干政，但要使他們完全遠離朝廷事務是不可能的，於是，在
1660年，十三衙門又被撤銷了。但是順治皇帝的統治很短暫，
1661年便死於天花。
3.
2康熙朝，
1662-
1722年順治死後，帝位由他的第三子玄燁繼承，時年僅
8歲，年號康熙。他之所以被選出繼承皇位，主要是因為他已出過了天花，因此不會夭折的可能性就更大一些。在他幼年即位時，指定了四個攝政大臣：索尼、蘇克薩哈、遏必隆和鱉拜。鱉拜是最為專橫的一位，康熙雖然只是個小孩，卻也不滿他的行徑。
