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六十年，勒保調雲貴總督。湖南、貴州苗疆不靖，福康安督師進討，勒保赴軍，安撫正大、銅仁、鎮遠降苗，並治軍需。雲南威遠倮匪擾邊，勒保將赴剿，會倮匪即平，福康安、和琳相繼卒於軍，命偕明亮、鄂輝接辦軍務，未至，而湖北教匪熾，蔓延川、陝。林之華、覃加耀踞長陽黃柏山，福寧攻之不克，勒保往會剿，嘉慶二年春，連戰敗之。方乘勝薄其巢，而貴州南籠仲苗王囊仙等叛，詔勒保督師討之。王囊仙者，洞灑寨苗婦，當丈寨韋七綹須，以囊仙有幻術，推為首。分遣其黨大王公、李阿六、王抱羊圍南籠府，及府屬之永豐、黃草壩、捧鮓、新城、冊亨，安順府屬之永寧、歸化諸城。冊亨陷，滇、黔道梗。三月，勒保至，令總兵德英額、劄郎阿、袁敏分守東、西、北三路。其南際滇、粵，咨兩廣總督吉慶、雲南巡撫江蘭防之；自率按察使常明、副將施縉，進克關嶺。抵永寧，副將巴圖什裡已解其圍，都司周廷翰援歸化，圍亦解。會提督珠隆阿擊永豐，自率總兵張玉龍、七格，解新城圍，進至南籠，圍始解。詔嘉南籠固守，賜名興義。遣常明、施縉解黃草壩圍。賊悉眾圍捧鮓、永豐益急，分兵援之，先解捧鮓圍，自率常明、施縉攻洞灑、當丈賊巢。賊縱火自焚，都司王宏信、千總洪保玉冒烈焰入，擒王囊仙、韋七綹須，旋解永豐圍。吉慶亦自廣西至，復冊亨。六月，仲苗平，詔改永豐曰貞豐，錫封勒保一等侯爵，號曰威勤。
九月，調湖廣總督。時川、楚賊氛愈熾，立青、黃、藍、白、綫等號，又設掌櫃、元帥、先鋒、總兵等偽稱。先命永保總統諸軍，易以惠齡，又易以宜綿，皆不辦；至是宜綿薦勒保以自代，允之。三年正月，至四川梁山，賊曾柳起石壩山，而白號王三槐、青號徐天德、藍號林亮工諸賊聚開縣。勒保先破石壩山，斬曾柳，詔嘉為入川第一功。調授四川總督。三槐走達州，與藍號冉文儔合，惟亮工仍在開縣之開州坪，勒保令副都統六十七、總兵富森布剿之；親追三槐，九戰皆捷。賊走巴州，掠閬中、蒼溪而西，追之急，復東入儀隴。勒保以賊蹤靡定，所至裹脅，乃畫堅壁清野策，令民依山險紮寨屯糧，團練鄉勇自衛。賊由儀隴趨孫家梁，欲與白號羅其清合。偕惠齡、恆瑞截剿，三槐南竄渠縣，文儔遁入其清寨。勒保留惠齡、恆瑞剿孫家梁，仍親躡三槐。五月，三槐犯大竹，分竄梁山、墊江、新寧，東奔開縣，亮工出為犄角，擊走之，斬其黨林定相。天德來援，敗之，擒其黨張洪鈞，天德奔新寧。三槐與冷天祿踞雲陽安樂坪，進圍之。七月，誘三槐降，擒之，械送京師，詔晉封公爵。
天祿盡有三槐之眾，負嵎抗拒，圍攻久不下；黃號龍紹周、龔建、樊人傑來援，擊卻之。十月，天祿糧盡，詭請降，夜突營，大為所挫，尋走新寧。四年正月，天德為額勒登保所敗，亦竄新寧仁市鋪，與黃號王光祖合。偕額勒登保夾擊，天德走墊江，天祿走忠州。勒保令額勒登保截擊天德，總兵百祥追天祿，自率大軍策應。仁宗以前此諸軍事權不一，特授勒保經略大臣，節制川、楚、陝、甘、豫五省軍務，明亮、額勒登保為參贊。勒保以賊勢重在四川，請暫駐梁山、大竹等處督師。尋破天德，天祿分竄鄰水、長壽，覆敗之，天祿為額勒登保所殲。二月，移駐達州。疏言紮寨團練，行之四川有效，請通行於湖北、陝西、河南；又言安民即以散賊，請各省被賊之區，蠲免今歲應徵錢糧：並如議行。四月，追剿天德、紹周、建、人傑及張子聰等，賊遁開縣東鄉。旋分竄竹峪關、渡口場，意圖入陝。五月，子聰勾合藍號冉天元北竄，遣額勒登保兜擊，逼回川境。子聰竄通江，藍號包正洪竄雲陽，青號王登廷竄東鄉，天德、紹周、建、人傑及綫號龔文玉，白號張天倫竄大寧老林，勒保檄調諸軍分剿。六月，總兵硃射鬥殲正洪於雲陽；七月，德楞泰擒文玉於大寧；八月，提督七十五擒建、人傑於開縣：賊勢浸衰矣。
會治餉大臣福寧劾勒保月餉十二萬兩，視他路為多，所辦賊有增無減；而天德復由大寧闌入湖北境，總督倭什布飛章告警。詔褫職，命尚書魁倫赴川勘問，以額勒登保代為經略。勒保能得軍心，而八旗兵素驕，稍裁抑之，遂騰蜚語，及就逮，所部將士為之訟冤。魁倫窺帝怒不測，未以上聞，稍為申辨糜餉縱賊罪，卒坐以明亮、恆瑞不聽調度；副都統訥音兵譁閧，不據實參奏；又賊犯楚境不即馳報，玩視軍務，論大闢。帝念前功，改為斬監候，解部監禁。
五年春，額勒登保等剿賊陝西，魁倫專任川事，而將士不用命。天元、子聰合黃號徐萬富、青號汪瀛、綫號陳得俸，渡嘉陵江，魁倫退守潼河，事聞，起勒保赴川。三月至，賊已越潼河，赴中江截剿，連敗之，詔逮魁倫，授勒保四川提督，兼署總督。時德楞泰已大破賊於馬蹄岡，冉天元、陳得俸、雷世旺先後殄滅；合剿汪瀛於嘉陵江口，擒之。四月，擊敗高天升、馬學禮，賊遁甘肅番境，五月，復犯龍安，罷提督，專任總督。六月，賊北走甘肅，遣副都統阿哈保追之，自率兵剿川東、川北諸賊。七月，與德楞泰合擊白號苟文明、鮮大川於嶽池新場，敗之，大川走死，實授總督。
八月，白號賊與青號趙麻花合，進擊，殲其黨湯思舉。麻花復合王珊向陝境，欲迎天德入川。勒保截之於江口，斃麻花，珊亦為德楞泰所誅。十二月，藍號李彬、白號楊開第、黃號齊國謨自巴州竄儀隴，德楞泰擊斃國謨，勒保亦斬開第，獨彬遁走。六年正月，移師川東，敗藍號楊步青於大寧，而樊人傑、徐萬富合藍號王士虎、冉天士擾廣元、蒼溪。遣阿哈保往援，賊偽向儀隴，陰沿嘉陵江南下，欲潛渡；馳至南部與阿哈保合擊，殲萬富。二月，藍號張士龍竄巴州，遣七十五擊斬之；自擊藍號陳朝觀、白號魏學盛，敗之巫山、雲陽間。賊北竄入陝、楚界，追至竹山。六月，賊回竄東鄉，擊敗之，擒青號何子魁，殲藍號苟文明、鮮俸先。七月，又擒徐天壽、王登高。八月，白號高見奇合魏學盛竄廣元，邀擊之，追至通江。適藍號冉學勝自老林至與合，乘夜攻之，擒學勝。詔封三等男。九月，見奇、學盛分竄南江及陝西西鄉。勒保抵南江，聞李彬方掠巴州、蒼溪，恐逾嘉陵江，亟往，賊已東竄通江；乃移兵大竹，剿湯思蛟、劉朝選，追至太平，擒其黨蕭焜。
是冬，偕額勒登保、德楞泰疏言：「剿匪大局已定，請酌撤官兵。」詔以「巨賊未盡除，遽思將就了事」，嚴斥之。七年正月，復疏言：「川省自築寨練團，賊勢十去其九。擬分段駐兵，率團協力搜捕餘匪；遣熟諳軍事之道、府，正、佐各員，分專責成。兵力所不到，民力助之；民力所不支，兵力助之：庶賊無所匿。」詔如議行。是月，擒青號何贊於忠州。二月，李彬竄南江，為建昌道劉清所擒。三月，張天倫、魏學盛擾川北，遣總兵田朝貴往剿，不利；親率羅思舉等繼進，大敗賊於巴州，天倫、學盛並就殲。五月，遣羅聲皋、達斯呼勒岱剿擒白號庹向瑤；總兵張績剿青號，擒徐天培；田朝貴剿藍號，殲楊步青。七月，劉朝選糾青、藍、黃號殘匪竄大寧，勒保遣將擊之，羅思舉擒朝選，達斯呼勒岱殲賴飛隴，詔晉一等男。十月，羅思舉擒張簡，而湯思蛟敗竄亦就獲。十一月，思舉擒黃號唐明萬。時川中著名逆首率就擒殲；餘匪竄老林，不復成股。在陝、楚者亦多為額勒登保、德楞泰所殲。十二月，合疏馳奏蕆功，晉封一等伯爵，仍以「威勤」為號。
八年，搜捕餘匪，擒白號苟文富、宋國品、張順，青號王青，招降黃號王國賢，偕額勒登保、德楞泰會奏肅清。未幾，陝西南山餘孽復起，至九年八月始平。十年，入覲，詔曰：「自嘉慶四年，勒保在川省令鄉民分結寨落，匪始無由焚劫，且助官軍擊賊。其後陝、楚仿行，賊勢乃促。今三省閭閻安堵，實得力此策為多。加太子太保、雙眼花翎，回鎮四川，與民休息。」時解散鄉勇，令入伍為兵。
