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二十一年，丁母憂，命予假百日回籍治喪，於伏汛前至淮安，署江南河道總督。泰興縣有硃者，坐主使殺人罪至絞，乞贖罪，有恭許之，臨行疏聞。上責其專擅，令家居待罪。總督尹繼善又言有恭監臨鄉試，察出有賄謀聯號者，復有以鬥蟋蟀致訟者，皆令罰鍰，未奏聞。上命奪有恭官，逮詣京師，下大學士九卿論罪，當絞。上以臓不入己，貰之，令護母喪回籍後赴軍台效力。方詣謫所，命戴罪署湖北巡撫。
二十四年，調浙江。二十五年，劾杭州將軍伊領阿、副都統劉揚達違例乘轎。上奪伊領阿等官，獎有恭，命議敘。三月，疏言：「紹興南塘、嘉興乍浦塘並屬要工。臣赴山陰勘得宋家樓為三江、曹娥二水交會，又適當潮汐之沖，為南塘首險，已改建石塘鞏固。復至蕭山龕、長等山，越南大亹至海寧中小亹、登文堂、葛嶴諸山，勘海寧南門外，西過戴家石橋，東至陳文港，工長五千丈有奇，根址堅實，不須重建。其必當修築者千六百餘丈，內七百七十餘丈殘缺過甚，作為要工，餘次第興修。自陳文港東至尖山，下有韓家池柴塘四百丈有奇，亦應重築。復循海而北，自海鹽至平湖，遍歷乍浦塘。海鹽東臨大海，南有台駐，北有乍浦諸山，山趾角張。縣城以一面當潮汐，城外石塘，最為險要，間有沖損，已令隨時修補。」六月，又疏言：「西塘、胡家兜至海寧南門外，潮退沙漲，長十八里。前請辦戴家石橋要工，既有新沙外護，應先就迤東工段趲辦。再審量沙勢，分別緩急。」九月，又疏言：「緩修各工，陳文港十丈，令用魚鱗式逐層整砌。圓通菴前十丈，仍如式堅築。廿裡亭西二十五丈，修整坦面，加用排椿，令緊貼塘身。」二十六年十二月，又奏言：「海寧西塘、老鹽倉諸地，經黴、伏兩汛，老沙汕刷，宜先事預防，先後拆鑲二百丈。自霜降後，臣往來察勘，見柴、石兩塘交接處水已臨塘，自此迤西，老沙仍多坍卸。請將接連前工七十丈，從速鑲辦。」均從之。
二十七年，上南巡，臨視老鹽倉、尖山諸地，令修築柴塘，並設竹簍、坦水諸工。九月，疏報海寧塘工竟，上嘉有恭能盡心，命議敘。是秋多雨水漲，有恭以嘉、湖兩府水歸太湖，河道多淤，下流尤壅閼；因請浚烏程、長興境內七十二漊，並遣吏至江南按行三江故道。十月，調江蘇巡撫。上命浙江海塘工程仍責成有恭專司其事，並免學政任內應罰銀。二十九年，擢刑部尚書，留巡撫任。
有恭疏請大修三江水利，略言：「太湖北受荊溪百瀆，南受天目諸山之水，為吳中巨浸，而分疏之大幹，以三江為要。三江者，吳淞江、婁江、東江也。東江自宋已湮，明永樂間，別開黃浦，寬廣足當三江之一，今亦謂之東江。三江分流，經吳江、震澤、吳、元和、崑山、新陽、青浦、華亭、上海、太倉、鎮洋、嘉定十二州縣境，其間港浦縱橫，湖蕩參錯。大概觀之，無處不可分泄。然百節之通，不敵一節之塞。太湖出水口，不特寶帶橋一處，如吳江十八港、十七橋，吳縣鯰魚口、大缺口，為湖水穿運河入江要道，今不無淺阻。又如入吳淞之龐山湖、大斜港、九里湖、澱山湖、漵浦，向來寬深，近以小民貪利，遍植茭蘆，圈築魚蕩，亦多侵佔。劉河，古婁江也。今河形大非昔比，舟楫來往，必艤舟待潮。崑山外濠為婁江正道，淺狹特甚。蘇州婁門外江面僅寬四五丈，偶遇秋霖，眾水彙集。江身淺窄，先為潦水所占，俟其稍退，然後湖水得出，為之傳送，而上遊已漫淹矣。東南財賦重地，水利民生大計，若及早為之，事半功倍。今籌治法，當於運河西凡太湖出水之口，皆為清釐占塞，俾分流無阻。其運河東三江故道，惟黃浦現在深通，但於泖口挑去新漲蘆墩，足資宣洩。吳淞江自龐山湖以下，婁江自婁門以下，凡有淺狹阻滯之處，宜濬治寬深，令上流所泄之數，足相容納。其江身所有植蘆插籪及冒占之區，盡數剷除，嗣後仍嚴為之禁。則水之停蓄有所，傳送以時，並即以挑河之土加培圩岸。現在徬座去海太近，難於啟閉者，酌量改移，庶渾潮不入，清水盛強，而海口之淤，亦將不挑而自去。總計所需雖覺浩繁，然散在十二州縣，通力合作，實亦無多。民間聞有此舉，鹹樂趨事，原以民力為之。但分段督修，仍須官董其成；且工費繁多，若待鳩財而後興工，稍稽時日。懇發帑興工，仍於各州縣分年按畝徵還，則民力既紓，工可速集。」奏入，報可。於是選紳耆，賦工役，先疏橋港，次及河身。茭蘆魚蕩之圈占者，除之；城市民居之不可毀者，別開月河以導之。工始於二十八年十二月，至二十九年三月告竟，用公帑二十二萬有奇。
三十年正月，命協辦大學士，仍暫留巡撫任。南巡，復賜詩褒勉。八月，召詣京師。有恭劾蘇州同知段成功縱役累民，奪官，讞未定。巡撫明德察成功實受賕，詐稱病；按察使硃奎揚、知府孔傳鶺皆知之，不以言。上命奪奎揚等官，逮訊。三十一年正月，罷有恭協辦大學士。又遣侍郎四達按治，得有恭授意奎揚等有意從寬狀，並奪有恭官，下刑部獄。軍機大臣會鞫，並追繳學政任內應罰銀。二月，軍機大臣等讞上，有恭罪應斬，諭改監候。八月，命原之。授福建巡撫。三十二年，卒。仍免追繳學政任內應罰銀。
李侍堯，字欽齋，漢軍鑲黃旗人，二等伯李永芳四世孫也。父元亮，官戶部尚書，謚勤恪。侍堯，乾隆初以廕生授印務章京，見知高宗。累遷至正藍旗漢軍副都統。十七年，調熱河副都統。二十年，擢工部侍郎，調戶部。署廣州將軍。劾前將軍錫特庫廢弛馬政，錫特庫下吏議。奏定廣州滿洲、漢軍駐防官制兵額。二十一年，署兩廣總督。奏：「廣東各屬買補倉穀，兼雜上、中、下三等，而報以上價。應碾米，用上穀；應借糶，用中、下穀。」上諭以所言洞悉情弊，諭各省督撫嚴飭州縣買補當碾試，務得上穀。又請禁廣東制錢攙和古錢，並吳三桂偽號錢事。上諭以「前代錢仍聽行用。吳三桂利用偽號錢，令民間檢出，官為收換，供鼓鑄之用」。又奏廣州駐防出旗漢軍官兵曠米，平糶便民，上從之。二十三年，守備張彬佐禁村民演劇被毆，奏請飭讞。上謂：「未得懲創惡習之意。應先治刁民，後議劣弁，庶刁悍之徒知畏懼。」
二十四年，實授總督。奏：「廣東各國商舶所集，請飭銷貨後依期回國，不得住冬；商館毋許私行交易；毋許貸與內地行商貲本；毋許僱內地廝役。」二十五年，又奏：「粵海關各國商舶出入，例於正稅船鈔外有各種規禮，應請刪除名色，併為歸公銀若幹。各口仆役飯食、舟車諸費，於此覈銷。」並下部議行。廣西巡撫鄂寶以貴縣僮民韋志剛不法，知縣石崇光察報，避重就輕，請奪官。上以事由崇光察報，命毋奪官；侍堯奏先經面諭崇光體勘，始行察報，上令逮崇光按鞫。又奏志剛實無不法事，崇光猜疑妄報，仍奪崇光官。上以侍堯與鄂寶各懷意見，飭以「秉虛公，除習氣」。
二十六年，召授戶部尚書、正紅旗漢軍都統，襲勛舊佐領。二十八年，授湖廣總督。奏：「湖廣行銷淮鹽，抬價病民，請酌中定價。」命兩淮鹽政高恆赴湖廣會議，奏請按淮商成本，酌加餘息，明定限制，從之。加太子太保。
二十九年，調兩廣總督。右江鎮總兵李星垣坐婪賄得罪，命侍堯按鞫，擬絞。上以侍堯嘗薦星垣，今擬罪輕縱，責侍堯回護，坐降調。以憂還京師。署工部尚書。三十一年，調署刑部。三十二年，回兩廣總督任。襲二等昭信伯。三十四年，師征緬甸，命侍堯傳檄暹羅。時暹羅方為甘恩敕所據，侍堯以為不宜傳檄；以己意宣諭暹羅各夷目，密偵緬甸，苟入境，令擒以獻，上韙之。豐順民硃阿姜謀為亂，督吏捕治。
三十八年，授武英殿大學士，仍留總督任。安南內亂，令廣西鎮、道嚴防。入覲，賜黑狐端罩。四十年，兵部以廣東民糾黨結盟，不數月至五起，當追論武職弛縱罪。侍堯奏言：「武職既協緝，復追論弛縱罪，則規免處分，必致暗為消弭，兇徒轉得漏網，請寬之。」上從其請，並諭曰：「侍堯此奏，意在輓回積習。然亦惟侍堯向不姑息屬僚，朕所深信，始可為此言。若他人，未可輕為倣傚也。」
