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福建水師，順治十三年，始設福建水師三千人，唬船、哨船、趕繒船、雙篷船百餘艘。康熙二十四年，裁撤雙篷船八十艘，以二十艘分防台灣及澎湖島。雍正三年，於福州、漳州、台灣三處各設船廠，製造外海內河大小戰船。七年，設泉州船廠，修造各提、鎮、協標水師戰船。福州船廠承修四十六艘。泉州船廠承修四十八艘。漳州船廠承修五十二艘。台灣船廠承修九十六艘。乾隆十六年，令三江口戰船按季燂洗。三十三年，裁撤哨船五十艘。嘉慶四年，令戰船悉改同安船式。五年，裁撤內地額設戰船三十艘，增造米艇船三十艘，編為勝字型大小。七年，以福寧府陸路鎮標左營改為水師左營，駐三沙海口，編新字型大小戰船十二艘。十年，增台灣水師同安梭船三十艘，編為善字型大小，分設台灣協標中左右三營。十一年，增米艇八艘，編為捷字型大小，又增大橫洋梭船二十艘，分編為集字型大小十艘，成字型大小十艘，分防內地。十三年，裁撤中號、小號梭船十七艘。十四年，增集字型大小、成字型大小大同安梭船二十艘，捷字型大小米艇八艘。十五年，裁撤台灣港口善字型大小船二十一艘，於鹿耳門增守港師船十六艘，編為知字型大小，增八槳快船十六艘，編為方字型大小。十六年，裁撤各營中號、小號梭船三十七艘。道光二年，裁撤捷字型大小米艇、勝字型大小米艇共十五艘，餘改為一、二、三號同安梭船之式。七年，裁撤台灣水師營知字型大小、方字型大小船共三十二艘，善字型大小船九艘，別造白底艍船三十二艘，編為順字型大小十六艘，濟字型大小十六艘，分撥台灣協標中左右三營，澎湖協標艋舺營。
其外海戰船名號凡十類：曰趕繒船，曰雙篷艍船，曰雙篷船，曰平底哨船，曰圓底雙篷船，曰白艕船，曰哨船，曰平底船，曰雙篷哨船，曰平底船。內河戰船名號凡九類：曰八槳船，曰六槳平底小巡船，曰花駕座船，曰八槳哨船，曰小八槳船，曰中八槳船，曰大八槳船，曰花官座船，曰哨艍船。各船水師多寡之數，以船之大小為衡。
提督標分中、左、右、前、後五營，中營戰船九艘，左營八艘，右營八艘，前營十艘，後營十艘。總督標水師左營戰船二艘。金門協標後改鎮標，左營戰船九艘，右營九艘，改鎮標後，增戰船二艘。海壇協標後改鎮標，左營戰船十艘，右營八艘。閩安協標左營戰船七艘，右營七艘。福寧鎮標左營戰船十艘。烽火營戰船十一艘。南澳鎮標戰船十艘。銅山營戰船十一艘。台灣協標中營戰船十九艘，左營十四艘，右營十六艘。澎湖協標左營戰十七艘，右營十六艘，艋舺營十四艘。
廣東水師，自順治九年設官弁千人，嗣設總督標水師，駐肇慶府，分為中、左、右、前、後五營。中營二櫓槳船一艘，急跳船一艘。左營槳船二艘，急跳船一艘，舢板船三艘。右營槳船二艘，急跳船二艘。前營急跳船二艘，舢板船四艘。後營槳船一艘，急跳船一艘，舢板船三艘。水師營二櫓槳船十四艘，四櫓槳船六艘，急跳船六艘。四會營四字型大小槳船三艘。新會營急跳船一艘，急跳槳船一艘，小舢板船二艘。後改肇慶城守協標，轄左右營、四會營、那扶營、永安營。以新會營改隷提標水師之順德協。
巡撫標轄水師左右營、廣州協左右營、三水營、前山營、順德協左右營、新會左右營、增城左右營、大鵬營、永靖營。光緒二十九年，裁廣東巡撫，以各營分隷提督標及廣州城守協。
水師提督標，康熙元年設，駐惠州府，轄四營。嘉慶後移駐虎門，分中、左、右、前、後五營，香山協左右營，順德協左右營，新會左右營，大鵬左右營，赤溪協左右營，清遠右營，廣海寨營，永靖營。凡六櫓船十一艘，八櫓船四艘，十櫓船二艘，十二櫓船二艘，米艇十一艘，撈繒船六艘，快槳船二十七艘，淺水槳船十二艘，巡船十四艘，二櫓船六艘，四櫓船十二艘，艍船四艘。嗣後裁廣海寨營，以清遠左右營隷三江口協標，以永靖營改隷撫標，又改隷城守協標，增設赤溪左右營。
南澳水師鎮標，左營戰船十艘，屬福建省，右營趕繒船九艘，仔船六艘，八槳船二艘。澄海協，左營艍船二艘，膨仔船二艘，烏船一艘，快槳船三艘；右營趕繒船一艘，艍船二艘，仔船一艘，烏船一艘，快槳船二艘。海門營趕繒船二艘，艍船二艘，仔船四艘，快槳船四艘。達濠營艍船二艘，仔船一艘，快槳船一艘。
碣石水師鎮標，康熙八年展界，分中左右三營，米艇十艘，哨船一艘。平海營，康熙元年，以惠州協右營駐平海所，雍正四年，設平海營，隷鎮標，一號趕繒船一艘，二、三、四號艍船三艘，五、六、七、八號拖風船四艘，一號快船一艘。歸善城守營，舢板哨船十三艘。惠來營，屬陸路。潮州鎮標，分中左右三營。城守營快船五艘。饒平營快船四艘。黃岡協左右營，左營哨船二艘，右營哨船二艘。
北海鎮標及城守營，康熙初年設。二十三年，改設龍門水師協標，分左右二營，左營水師八百二十三人，右營八百十一人，共大米艇三艘，中米艇四艘，小米艇一艘，撈繒船三艘，艍船一艘。乾隆二十年後，實存趕繒船二艘，艍船四艘，拖風船一艘，快馬船三艘。舊轄有硇州營，大小戰船二十七艘，後改隷高廉水師鎮標。
高廉鎮標陽江營，嘉慶十五年，以南韶連鎮標左翼兵移駐陽江，設陽江鎮標，左營大米艇五艘，撈繒船二艘，右營大米艇三艘，撈繒船一艘，後改隷高廉鎮標。電白營雙篷艍船七艘。吳川營外海雙篷艍船二艘，外海拖風船三艘，槳船二艘。硇州營舊為乾體營，大戰船十三艘，龍艇六艘，哨船五艘。康熙四十二年，改為硇州營，存趕繒船三艘，艍船六艘，拖風船十二艘，外海雙篷船四艘，快槳船七艘。東山營大米艇一艘，撈繒船二艘。
雷瓊鎮標，康熙二十七年設，分左右二營，趕繒船二艘，艍船六艘，快哨船六艘。雍正間，增快哨船十艘。嘉慶十五年，改稱水師營，左營水師八百七十六人，右營水師八百八十八人。海安營，康熙初年，設副將各官。八年，改設遊擊，隷鎮標，大小哨船凡二十艘。白鴿寨營，順治初年，設參將各官，大小哨船九艘。康熙間裁撤，存哨船三艘。海口營，嘉慶十五年，設水師協標，左營水師四百九十二人，右營四百八十五人，後改參將，並左右營為一營。崖州水師協標，中營屬陸路，右營水師一、二、三號拖風哨船三艘，四、五、六號艍船三艘。
又廣東駐防八旗營水師，乾隆十年，設領催等三十人，水師四百七十人，分左右二營，匠役十二人，教習副工兵百人。
廣西水師，舊設駐柳州，後移駐龍州。康熙二十一年，以梧州地居兩廣之中，扼三江之要，分額設弁兵之半，於潯、南一帶，設哨船巡防。其後惟梧州、潯州、平樂、南寧、慶遠各府有經制水師，為數無多。
至光緒初年，以灕江、左江、右江水程綿亙，盜賊充斥，設水師五營。嗣因餉絀，併為三營。旋增募勇丁，凡巡哨船一百四十艘，兵丁一千三百餘人。仍苦不敷分佈，乃復設水師五軍，以水程之長短，定師船之多少。自桂林府至平樂府，為中軍汛地，設將領四人，巡船四十艘，兵五百人。自梧州府至潯州府，為前軍汛地，設將領二人，巡船二十艘，兵三百五十二人。自太平府至南寧府，為左軍汛地，設將領三人，巡船三十艘，兵三百七十六人。自慶遠府至武宣，為右軍汛地，設將領四人，撥車扒船四艘，巡船三十六艘，兵五百三十六人。自南寧府至百色等河面，為後軍汛地，設將領三人，扒船八艘，巡船二十艘，兵四百二十四人。此光緒季年之制也。
