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自康熙以後，以外海利用巨艦，內河利用輕舟，故船制屢改，而轄境遼闊，水師兵額，時有增加，遇有戰事，增艦尤多。征吳三桂之役，命尚善率舟師入洞庭湖取嶽州。及鄂鼐統水師，增造鳥船百艘，沙船四百三十八艘，置水師三萬人。征台灣之役，命萬正色督率湖南、浙江戰船二百艘，由海道赴福建。姚啟聖亦修戰船三百艘，水師二萬人。施琅之克澎湖，用戰船三百艘，水師二萬人。施世驃之平硃一貴，用大小戰船六百餘艘。乾隆間，征緬甸之役，命湖廣船匠造船於蠻暮，取道金沙江以攻緬甸，兼調福建、廣東水師助之。李長庚之剿海寇，在福建造大船三十艘，名曰霆船，配置大砲四百尊，合閩、浙水師全力，轉戰重洋，遂平蔡牽。
道光以後，海警狎至，木質舊船不敵外洋鐵艦之堅利。同治五年，始仿歐洲兵輪船式，於福建省開廠製造輪船。江蘇初設輪船四艘。十一年，廣東、山東各設輪船一艘，奉天設小輪船一艘，鹹配置水師。
其後沿海各省購置兵輪，歲有增益，舊式水師戰船分別裁汰。至光緒中葉，綜各省外海、內河實存師船之數，奉天外海繒船十艘。直隷外海長龍船二艘，先鋒舢板船四十八艘。山東外海拖罾船十四艘，內河哨船六艘。江蘇外海輪船二艘，艇船八艘，內洋輪船二艘，舢板船六十艘，內河舢板船、艇船三百八十五艘，長江舢板船七十六艘，督陣舢板船七艘，長龍船十艘，巡哨舢板船一百二十八艘。安徽舢板船二百八十二艘，長龍船十五艘，八團船一艘，槍劃十艘，護卡巡船十五艘，督陣舢板船七艘，輪船二艘。江西長龍船十五艘，舢板船二百六十三艘，督陣舢板船六艘，輪船一艘。福建外海長龍船一艘，舢板船十九艘，小艇十四艘，哨船十四艘，龍艚船二艘，拕艚船一艘，內河砲船三十艘。浙江外海釣船二十七艘，艇船十二艘，龍艚船十七艘，哨船二艘，快船一艘，內河大舢板船五十八艘，中舢板船八十四艘，飛劃船四十九艘，長龍船座船二百十三艘，槍船八艘，砲船五艘。湖北督陣大舢板船八艘，長龍船十二艘，舢板船一百八十艘。湖南督陣大舢板船四艘，長龍船四艘，舢板船六十艘。廣東外海大小輪船二十二艘，巡船十四艘，拕船十艘，長龍船一艘，扒船一艘，內河兩櫓槳船一艘，櫓船一艘，槳船四十艘，巡船一百九十六艘，急跳船十五艘，平底槳船二艘，快哨船二艘，快船十四艘，快槳船七艘，艚船四艘，櫓船二艘。
各省戰船，鹹分隷標營，擇地屯泊，以時會哨。外海師船，以海軍規制漸立，僅任沿海捕盜之責。各省內河師船，均仿長江水師舢板船之式。惟巡緝等船，分巡支河汊港，利用輕捷，船制少殊耳。
其漕、河水師營制，始於明代隆慶間。清代略更其制。以衛卒專司輓運漕糧，以營兵專任護漕，別設城守營守護城池。分漕院與巡撫為二，漕運總督標下，統轄左、右、中三營及城守四營，駐山陽境及漕運要地，分別置兵。淮郡舊為黃、淮二河交注之區，特建兩大閘，設河兵及堡夫守之。河營遂與漕營並重，各有副將、參將、遊擊、守備等官。河營陞遷之例，與軍功等，專司填築堤防之事，而緝捕之責不與焉。
清代水師武功之盛，守洞庭而平吳逆，戰重洋而殲蔡牽，下長江而制粵寇，東南數千里，威行桴鼓，勞臣健將，蹈厲功名，超逾曩代。及海禁宏開，鐵船橫駛，舟師舊制，弱不敵堅，遂盡失所恃。時會迫迕，非規畫之疏也。
凡直省舊額船數分防之制，分列於篇：曰東三省，曰直隷，曰山東，曰江南，附太湖湖標、漕標各水師，曰浙江，曰福建，曰廣東，曰廣西，曰湖南，曰湖北，曰安徽，曰長江水師。
東三省沿海各口岸，以金州、旅順口為尤要。清初即有水師之制。松花江、嫩江貫注吉林、黑龍江二省腹地。所設水師營汛，由吉林而北抵墨爾根、黑龍江一帶。至光緒間，旅順築海軍港，屯駐鐵艦，迥殊曩制。其東部之圖們、混同江上，時有俄羅斯戰艦侵軼，非舊制師船，械弱兵單，所能控制矣。列經制水師於後：
奉天旅順口，於順治初年設水師營，以山東趕繒船十艘隷之，始編營汛。康熙十五年，設水師協領二人，佐領二人，防禦四人，驍騎校八人，水兵五百人。五十三年，由浙江、福建二省船廠造大戰船六艘，由海道至奉省，駐防海口。
金州水師營隷城守尉，水兵百人。
吉林水師營，順治間，設四、五、六品官。光緒十四年，增設總管一人，六品官二人。
齊齊哈爾水師營，康熙二十三年，設總管一人，四品官二人，六品官二人，造船四、五、六品官各一人，領催八人，水兵二百六十八人，後增至五百六十八人，大戰船二艘，二號戰船十五艘。康熙四十年，撥歸黑龍江十艘。雍正間，撥歸墨爾根六艘，存大小戰船二十五艘，江船五艘，劃子船十艘。
墨爾根水師營，康熙二十三年，設四品官一人，領催一人，由本城協領兼轄，凡戰船六艘，水兵四十三人，雍正間增戰船六艘。
黑龍江水師營，康熙二十三年，設總管一人，五品官二人，六品官二人，領催八人，戰船三十艘，水兵四百十九人。四十年，自齊齊哈爾撥船增之，凡大戰船十艘，二號戰船四十艘，江船十艘，劃子船十艘。
直隷省水師，始於雍正四年，設天津水師營，都統一人，駐天津，專防海口，水師凡二千人，省內各河，鹹歸陸汛，無內河水師。乾隆八年，增設副都統一人，水師千人，大小趕繒船二十四艘，仔船八艘。三十二年，以海口無事，徒費餉糈，全行裁汰。嘉慶二十一年，復設水師千人。旋設大名鎮，以水師總兵歸併大名，實存守備一人，參將一人，千總二人，把總三人，水師四百九十一人。嘉慶十九年，直隷督臣那彥成以官兵虛設，兵船多朽，疏請裁撤，仍併入大名鎮。鹹豐八年，以海疆多警，增設海口六營，於大沽南北兩岸，修築砲台，凡大砲台五座，平砲台十座，大砲九十九尊，水師三千人，以五百人為一營，分編左右六營。九年，改為一千八百人。同治八年，督臣李鴻章疏請酌定營制，設大沽協副將，駐新城海口，防守砲台。光緒元年，李鴻章於大沽、北塘等處，增建砲台，購置歐洲鐵甲快船、碰船、水雷船，以海軍將領統之，不隷舊制協標之內。
其內河水師船，始於同治間，仿長江水師之制，設督標水師中營，管帶官一人，哨官三十二人，水師四百七十六人，舢板戰船三十二艘，駐三岔河口，親兵總哨官一人，哨官十四人，水師二百二人，舢板戰船十四艘，駐西沽河口。
山東，順治元年，始於登州府設水師營，領以守備、千總等官，凡沙唬船、邊江船十三艘，水兵三百八十六人，駐紮水城，分防東西海口。十五年，移沂州鎮於膠州，改膠州水師為陸營。十八年，移臨清鎮於登州，以隷屬城守營之水師，改為前營水師。康熙四十三年，增設遊擊二員及守備以下各官，增水師為千二百人，改沙唬船為趕繒船二十艘，分巡東西海口，東至寧海州，西至萊州府，分為前後二營，各專其職。四十五年，以前營水師移駐膠州，巡哨南海，後營水師駐水城，巡哨北海。五十三年，裁後營經制員弁，裁水師七百人，撥趕繒船十艘赴旅順口，僅存前營水師遊擊等官，趕繒船十艘，分南北二汛，以遊擊、守備分轄兵船之半。雍正七年，每船增兵十人，兩汛共增兵百人，增雙篷艍船七艘，每艘配兵三十人，南汛艍船三艘，北汛艍船四艘，北汛增將弁一人。九年，又增設艍船三艘，增兵一百九十人，每艍船共配兵四十人，南北汛各五艘。十二年，增將弁六人，又於成山頭增設東汛水師，抽撥南北汛趕繒船各一艘，雙篷艍船各一艘，分配戰守兵，撥南北汛將弁四人，配船巡哨成山、馬頭嘴一帶，與各汛會旗，總歸水師前營管轄，以本鎮統之。列定製於後：
