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三十三年，黃水入運，命大學士劉統勛等往開臨黃壩，以泄盛漲，並疏濬運河淤淺。三十七年，河督姚立德言：「泗河下流董家口向建石壩分泄，今泗水南趨，轉為石壩所累。請拆去，並展寬孟家橋舊石橋。」如所請行。五十年，命大學士阿桂履勘河工。阿桂言：「臣初到此間，詢商薩載、李奉翰及河上員弁，多主引黃灌湖之說。本年湖水極小，不但黃絶清弱，至六月以後，竟至清水涓滴無出，又值黃水盛漲，倒灌入運，直達淮、揚。計惟有借已灌之黃水以送回空，蓄積弱之清水以濟重運。查本年二進糧艘行入淮河，全藉黃水浮送，方能過淮渡黃，則回空時雖值黃水消落，而空船吃水無多，設法調劑，似可銜尾遄行。」借黃濟運，自此始也。五十一年，運河盛漲，致淮安迤下東岸涇河泄水石閘牆蟄底翻，難資啟閉。越五年，山陽、寶應士民修復之。
嘉慶元年，河決豐汛，刷開南運河佘家莊堤，由豐、沛北注金鄉、魚台，漾入微山、昭陽各湖，穿入運河，漫溢兩岸。是冬，漫口塞，淩汛復蟄陷。次年，東西兩壩並蟄，二月工始竣。自豐工決後，若曹工、睢工、衡工，幾於無歲不決。九年，因山東運河淺塞，大加濬治；又預蓄微山諸湖水為利運資。然自是以後，黃高於清，漕艘轉資黃水浮送，淤沙日積，利一而害百矣。十二年，倉場侍郎德文等請挑修張家灣正河，堵築康家溝以復運道，禦史賈允升請挑濬減河，均下直督溫承惠勘辦。承惠請濬溫榆河上遊。上命侍郎托津、英和偕德文等覆勘。尋奏言：「頻年漕運皆藉溫榆下遊倒漾之水，以致泥沙淤積。若從上遊深挑，直抵石壩，實為因勢利導。惟地勢高下，須逐細測量，俾全河毫無滯礙方善。」制可。
十三年，通州大水，康家溝壩衝決成河，張家灣河道遂淤。倉場侍郎達慶請來年糧艘由康家溝試行一年，暫緩挑復張家灣河身。上命尚書吳璥往勘，與達慶議合，遂允之。明年，禦史史祜言，康家溝河道難行，請復張家灣正河。下直督溫承惠。承惠言：「康家溝溜勢奔騰，漕船逆流而上，大費纖輓。該處地勢正高，恐旱乾之歲，河水一瀉無餘，漕行更為棘手。惟張家灣兩岸沙灘，壩基難立，而正河積淤日久，挑濬亦甚不易。」上復遣工部尚書戴均元往勘，亦言壩基難立，且時日已迫，恐河道未復，漕運已來，請仍由康家溝行，再察看一年酌定。如所請行。時淮、揚運河三百餘裡淺阻，兩淮鹽政阿克當阿請俟九月內漕船過竣，堵閉清江三壩，築壩斷流，自清江至瓜洲分段挑濬。下部議。覆稱：「近年運河淺阻，固由疊次漫口，而漫口之故，則由黃水倒灌，倒灌之故，則由河底墊高，清水頂阻，不能不借黃濟運，以致積淤潰決，百病叢生。是運河為受病之地，而非致病之原。果使清得暢出敵黃，並分流濟運，則運口內新淤不得停留，舊淤並可刷滌。若不除倒灌之根，而亟亟以挑濬運河為事，恐旋挑旋淤，運河之挑濬愈深，倒灌之勢愈猛，決堤吸溜，為患滋多。」命尚書托津等偕河督勘辦。十八年，漕督阮元以邳、宿運河閘少，水淺沙停，請於匯澤閘上下添建二閘。下江督百齡核奏。
道光元年，山東河湖山水並發，戴村壩迤北堤墊漫決六十餘丈，草工刷三十餘丈，四女寺支河南岸汶水旁泄處三。用巡撫姚祖同言，於正河旁舊河形內抽溝導水濟運，兼顧湖瀦。三年，漫直隷王家莊，由各汛賠修。是歲添築戴村壩北官堤碎石壩四。四年，侍講學士潘錫恩陳借黃濟運之弊，略言：「蓄清敵黃，為相傳成法。今年張文浩遲堵禦黃壩，致倒灌停淤，釀成巨患。若更引黃入運，河道淤滿，處處壅溢，恐有決口之患。」下尚書文孚等妥議。
自嘉慶之季，黃河屢決，致運河淤墊日甚，而歷年借黃濟運，議者亦知非計，於是有籌及海運者。五年，上因漕督魏元煜等籌議海運，群以窒礙難行，獨大學士英和有通籌漕、河全局，暫僱海船以分滯運，酌折漕額以資治河之議，下所司及督撫悉心籌畫。卒以黃、運兩河受病已深，非旦夕所能疏治，詔於明年暫行海運一次。
新授兩江總督琦善言：「臣抵清江，即赴運河及濟運、束清各壩逐加履勘。自借黃濟運以來，運河底高一丈數尺，兩灘積淤寬厚，中泓如綫。向來河面寬三四十丈者，今只寬十丈至五六丈不等，河底深丈五六尺者，今只存水三四尺，並有深不及五寸者。舟只在在膠淺，進退俱難。濟運壩所蓄湖水雖漸滋長，水頭下注不過三寸，未能暢注。淮安三十餘裡皆然，高、寶以上之運河全賴湖水，其情大可想見。請飭河、漕二臣將河面淤墊處展挑寬深，再放湖水，藉資輓送，以期不誤北上期限。」上以「借黃濟運，原系權宜辦理，孫玉庭察看漕艘輓運艱難，不早陳奏變計，魏元煜舊任漕督，及與顏檢坐觀事機敗壞，隱忍不言，糜帑病民，是誠何心？令將運河淤墊一律挑深，費由玉庭、元煜、檢分賠。」琦善又言，自禦黃壩堵閉，運河淤墊不復增高，而洪湖清水蓄至丈餘，各船可資浮送，不敢冒昧挑濬。工費至省在百萬外，玉庭等罄其所有，斷無如許家資。更可慮者，欲濬運河，必先堵束清壩，阻絶來源，而後可以涸底挑辦。現湖水下注湍急，束清壩外跌塘甚深，又系清水，不能掛淤閉氣。設正事興挑，而束清壩臌開，則工廢半途，費歸虛擲。請停止裡、揚運河挑工，以免草率而節糜費。”允之。是年，築溫榆河上遊果渠村壩埽。七年，東河總督張井、副總河潘錫恩請修復北運河劉老澗石滾壩、中河南纖堤、揚糧二東西纖堤及堤外石工，移建昭關壩。上遣英和等馳勘，乃定移昭關壩於其北三元宮之南，餘如所請行。
十一年，高郵湖河漫馬棚灣及十四堡，湖河連為一。江督陶澍請依嘉慶間故事，運河決口，重空糧艘均繞湖行。八月，十四堡塞。冬，馬棚灣塞。先是澍撫蘇時，以鎮江運河並無水源，祗恃江潮浮送，下練湖湮塞已久，移建黃泥閘於張官渡以當湖之下流，俾得擎托湖流，使之回漾，稍濟江潮之不逮，曾著成效。至十四年遷江督，復偕巡撫林則徐相度，於湖頂沖之黃金壩及東岡築兩重蓄水壩，培圩埂二千八百八十丈，使水得入湖。又建減水石壩二於湖之東堤，俾可宣洩暴漲。於入運處修復念七家古涵，以作水門，並建石閘以放水濟運。是冬工竣，由涵引水出，竟能倒漾上行數十里，軍船得銜尾而南。越二年，溜勢變遷，河形灣曲，復移建黃泥閘於迤上二百丈，改為正越二閘，中建磯心，並改張官渡迤下六十里呂城閘為正越二閘，以利漕行。十五年，移築囊沙引渠沙壩於西河漘外，以資收蓄，從東河總督吳邦慶請也。
十八年，運河淺阻，用河督慄毓美言，暫閉臨清閘，於閘外添築草壩九，節節擎蓄，於韓莊閘上硃姬莊迤南築攔河大壩一，俾上遊各泉及運河南注之水，並攔入微山湖。定收瀦濟運章程六。十九年，毓美以戴村壩卑矮，致汶水多旁泄，照舊制增高之。初，給事中成觀言淮、揚芒稻閘、人字河不宜堵壩，阻水去路，下陶澍等議。至是覆稱：「此壩蓄水由來已久，並不攔阻眾水歸江，不得輕議更張。」從之。時衛河淺澀，難以濟運。東撫經額布請變更三日濟運、一日灌田例。詔將百門泉、小丹河各官渠官閘一律暢開，暫避民渠民閘，如有賣水阻運盜挖情弊，即行嚴懲。明年，漕督硃澍復言：「衛河不能下注，有妨運道。」命河督文沖、豫撫牛鑒察勘。文沖等言：「衛河需水之際，正民田待溉之時。民以食為天，斷不能視田禾之枯槁置之不問。嗣後如雨澤愆期，衛河微弱，船行稍遲，毋庸變通舊章。倘天時亢旱，糧船阻滯日久，是漕運尤重於民田，應暫閉民渠民閘，以利漕運。」從之。
