冬十月丁巳朔，享太廟。辛未，免廬、鳳、淮、揚四府，徐、滁、和三州災賦。丁醜，命重囚犯罪三法司進擬，仍令議政王、貝勒、大臣詳議。壬午，賑畿輔被水州縣。免祁陽等七縣逋賦。李定國陷高明，圍新會，耿繼茂請益師。
十一月丁亥，以陳泰為吏部尚書，阿爾津為正藍旗滿洲固山額真。尚可喜遣子入侍。壬寅，詔曰：「朕纘承鴻緒，十有一年，治效未臻，疆圉多故，水旱疊見，地震屢聞，皆朕不德之所致也。朕以眇躬託於王公臣庶之上，政教不修，瘡痍未復，而內外章奏，輒以‘聖’稱，是重朕之不德也。朕方內自省抑，大小臣工亦宜恪守職事，共弭災患。凡章奏文移，不得稱‘聖’。大赦天下，鹹與更始。」癸卯，幸南苑。甲辰，耿繼茂遣子入侍。
十二月辛酉，和碩承澤親王碩塞薨。戊辰，免荊門、鍾祥等六州縣災賦。己巳，免磁、祥符等三十六州縣災賦。壬申，以濟度為定遠大將軍，征鄭成功。尚可喜、耿繼茂、硃瑪喇敗李定國於新會，定國遁走。乙亥，鄭成功陷漳州，圍泉州。丁醜，命明安達禮征羅剎。免西安五衛荒賦。江西賊霍武等率眾降。
是年，朝鮮，琉球，厄魯特部阿巴賴諾顏、諾門汗、額爾德尼達雲綽爾濟，索倫部索朗噶達爾漢，湯古忒部達賴喇嘛、諦巴班禪胡土克圖均來貢。
十二年春正月戊子，官軍敗賊於玉版巢，又擊藤縣賊，破之。庚寅，免東平、濟陽等十八州縣上年災賦。乙未，免直隷八府，河南彰德、衛輝、懷慶上年災賦。戊戌，詔曰：「親政以來，五年於茲。焦心勞思，以求治理，日望諸臣以嘉謨入告，匡救不逮。乃疆圉未靖，水旱頻仍，吏治墮汙，民生憔悴，保邦制治，其要莫聞。諸王大臣皆親見祖宗創業艱難，豈無長策，而未有直陳得失者，豈朕聽之不聰，虛懷納諫有未盡歟？天下之大，幾務之繁，責在一人，而失所輔導。朕雖不德，獨不念祖宗培養之澤乎！其抒忠藎，以慰朕懷。」辛醜，以韓岱為吏部尚書，伊爾德、阿喇善為都統。癸卯，以於時躍為廣西巡撫。甲辰，命在京七品以上，在外文官知府、武官副將以上，各舉職事及兵民疾苦，極言無隱。辛亥，修順治大訓。
二月庚申，復遣禦史巡按直省。壬戌，大學士呂宮以疾免。癸亥，免成安等六縣上年災賦。己巳，賑旗丁。免平涼、漢陰二縣上年災賦。丙子，封博穆博果爾為和碩襄親王。免濱、寧陽等二十一州縣上年災賦。己卯，免滁、和二州上年災賦。庚辰，以陳之遴為弘文院大學士，王永吉為國史院大學士。癸未，耿繼茂、尚可喜敗李定國於興業。廣東高、雷、廉三府，廣西橫州平。
三月戊子，免湖廣石門縣上年災賦。以戴明說為戶部尚書。庚子，以佟國器為南贛巡撫，宜永貴為福建巡撫。壬寅，免鄖陽、襄陽二府上年被寇荒賦。甲辰，賜圖爾宸、史大成等進士及第出身有差。丁未，削續順公沈永忠爵。壬子，諭曰：「自明末擾亂，日尋幹戈，學問之道，闕焉弗講。今天下漸定，朕將興文教，崇儒術，以開太平。直省學臣，其訓督士子，博通古今，明體達用。諸臣政事之暇，亦宜留心學問，佐朕右文之治。」癸醜，設日講官。
夏四月乙醜，免沈丘及懷慶衛上年災賦。丁醜，進封尼思哈為和碩敬謹親王，齊克新為和碩端重親王。癸未，詔修太祖、太宗聖訓。
五月乙酉，以圖海兼刑部尚書。辛卯，和碩鄭親王濟爾哈朗薨，輟朝七日。丁酉，以石廷柱為鎮海將軍，駐防京口。戊戌，以胡沙為鑲黃旗固山額真。庚子，以覺羅巴哈納為弘文院大學士。辛醜，靈丘縣地震有聲。乙巳，以覺羅郎球為戶部尚書。丙午，以李際期為兵部尚書。丁未，以恩格德為禮部尚書。己酉，以衛周祚為工部尚書。
六月甲寅，免杭州、寧波、金華、衢州、台州災賦。丁卯，諭曰：「朕覽法司章奏，決囚日五、六人，或十餘人。念此愚氓，兵戈災祲之後，復罹法網，深可憫惻。有虞之世，民不犯於有司。漢文帝、唐太宗亦幾致刑措。今犯法日眾，豈風俗日偷歟？抑朝廷德教未敷，或讞獄者有失入歟？嗣後法司其明慎用刑，務求平允。」戊辰，免房山縣上年災賦。桂王將劉文秀寇常德，遣其黨犯嶽州、武昌，官軍擊走之。己卯，封博果鐸為和碩莊親王。辛巳，命內十三衙門立鐵牌。諭曰：「中官之設，自古不廢。任使失宜，即貽禍亂。如明之王振、汪直、曹吉祥、劉瑾、魏忠賢輩，專權擅政，陷害忠良，出鎮典兵，流毒邊境，煽黨頌功，謀為不軌，覆敗相尋，深可鑒戒。朕裁定內官職掌，法制甚明。如有竊權納賄，交結官員，越分奏事者，淩遲處死。特立鐵牌，俾世遵守。」
秋七月癸未朔，日有食之。壬辰，復遣廷臣恤刑。辛亥，命直省繪進輿圖。
八月丙辰，免靈丘縣災賦。癸亥，以阿爾津為寧南靖寇大將軍，同卓羅駐防荊州，祖澤潤防長沙。乙醜，以多羅安郡王嶽樂為左宗正，貝勒杜蘭為右宗正。癸酉，諭曰：「畿輔天下根本，部臣以運河決口，議徵逋賦。朕念畿內水旱相仍，人民荼苦，復供舊稅，其何以堪。今悉與蠲免。工築之費，別事籌畫。」免曹、城武等七州縣及臨清衛、齊河屯上年災賦。
九月癸未，免鳳陽災賦。壬寅，定武會試中式殿試如文進士。硃瑪喇、敦拜師還。丙午，頒禦製資政要覽、範行恆言、勸善要言、儆心錄，異姓公以下，文三品以上各一部。戊申，免兩當、寧遠二縣災賦。
冬十月辛亥朔，設尚寶司官。壬子，免蔚州及陽和、陽高二衛災賦。己未，免甘州、肅州、涼州、西寧災賦。辛酉，命每年六月慮囚，七月覆奏，著為令。癸亥，免磁、獲嘉等八州縣災賦。甲子，免隆平十一年以前逋賦、淄川等八縣災賦。丙寅，免宣府、大同災賦。戊辰，詔曰：「帝王以德化民，以刑輔治。苟律例輕重失宜，官吏舞文出入，政平訟理，其道曷由。朕覽讞獄本章，引用每多未愜。其以現行律例繕呈，朕將親覽更定之。」辛未，以祝世允為鑲紅旗滿洲固山額真。癸酉，以孫廷銓為兵部尚書。乙亥，修玉牒。丙子，龔鼎孳以罪免。
十一月壬午，免濱、堂邑等十三州縣災賦。癸未，鄭成功將犯舟山。乙酉，巡按禦史顧仁坐納賄，棄市。丁亥，諭曰：「國家設督撫巡按，振綱立紀，剔弊發奸，將令互為監察。近來積習，乃彼此容隱。凡所糾劾止末員，豈稱設官之意。嗣有瞻顧徇私者，並坐其罪。」鄭成功將陷舟山，副將把成功降於賊。戊子，幸南苑。免鄖陽、襄陽逋賦，汲、淇、胙城等縣災賦。戊申，免臨漳災賦。
十二月丙辰，免耀州、同官、雒南災賦。癸亥，免安吉、仁和等十州縣，宣化八衛災賦。乙醜，頒大清滿字律。免臨清、齊河等十州縣，東昌衛災賦。丙寅，於時躍、祖澤遠平九團兩都瑤、僮一百九十二寨。己巳，多羅敏郡王勒度薨。癸酉，免涿、慶雲等三十三州縣，永平衛災賦。甲戌，以宜爾德為寧海大將軍，討舟山寇。以秦世禎為安徽巡撫，提督操江，陳應泰為浙江巡撫，白如梅為山西巡撫。免臨海等十八縣，祥符、蘭陽二縣，懷慶、群牧二衛災賦。
是年，喀爾喀部額爾德尼諾穆齊台吉、門章墨爾根楚虎爾台吉、伊世希布額爾德尼台吉、額爾克戴青台吉來朝。朝鮮，喀爾喀部畢席勒爾圖汗、俄木布額爾德尼、澤卜尊丹巴胡土克圖、丹津喇嘛、車臣汗、土謝圖汗、土謝圖汗下喇嘛塔爾達爾漢諾顏，厄魯特部杜喇爾渾津台吉、都喇爾渾津阿里錄克三拖因、阿巴賴諾顏、鄂齊爾圖台吉、噶爾丹霸，索倫部馬魯凱，訥墨禮河頭目伊庫達，黑龍江頭目庫拜，班禪胡土克圖，俄羅斯察幹汗遣使均來貢。朝鮮三至。厄魯特阿巴賴、鄂齊爾圖台吉再至。
十三年春正月庚辰朔，幸南苑。癸未，諭修通鑒全書、孝經衍義。丙申，免漢中、鳳翔、西安上年災賦。己亥，鄭成功將犯台州，副將馬信以城叛，降於賊。庚子，免廣德上年災賦十之一。甲辰，免富陽等六縣上年災賦。乙巳，免江西八年逋賦。
