二月甲戌，金聲桓及王得仁以南昌叛。辛巳，江南官軍復無為州，福建官軍復連城、順昌、將樂等縣。癸未，免濟南、兗州、青州、萊州上年災賦。辛卯，以固倫公主下嫁巴林部塞卜騰。壬辰，以呂逢春為山東巡撫，李鑒為寧夏巡撫。故明貴溪王硃常彪、恢武伯向登位寇沅州，纛章京綫國安等討斬之。
三月己亥，貝子吞齊、尚善等訐告和碩鄭親王濟爾哈朗，罪連莽加、博博爾岱、鰲拜、索尼等，降濟爾哈朗為多羅郡王，莽加等降革有差。辛醜，和碩肅親王豪格有罪，論死。上不忍置之法，幽系之。庚戌，命譚泰為征南大將軍，同何洛會討金聲桓。辛酉，以耿焞為宣大山西總督。甲子，武大定犯寧羌，遊擊張德俊等大破之。
四月丁卯，以楊興國為順天巡撫。戊辰，免渭原、金縣、蘭州衛災賦。壬申，官軍復建寧，斬故明鄖西王硃常湖等。己卯，封科爾沁杜爾伯特鎮國公色冷為貝子。庚辰，遣固山額真阿賴等駐防漢中。壬午，大軍克辰州，遂破永寧，至全州，故明督師何騰蛟遁，獲貴溪王硃長標、南威王硃寅衛、長沙王硃由櫛等。銅仁、興安、關陽諸苗、瑤來降。丙戌，命劉之源、佟圖賴為定南將軍，駐防寶慶，李國翰為定西將軍，駐防漢中。丁亥，吳三桂自錦州移鎮漢中。
閏四月戊戌，復濟爾哈朗爵為和碩鄭親王。癸卯，以李國英為四川巡撫。己未，以遲日益為湖廣巡撫。癸亥，命貝子吞齊為平西大將軍，同韓岱討陝西叛回。
五月己醜朔，日有食之。戊辰，官軍破叛回於鞏昌，復臨洮、蘭州。辛未，遊擊張勇破叛回於馬家坪，獲故明延長王硃識駉，斬之。壬午，以趙福星為鳳陽巡撫。癸未，以硃延慶為江西巡撫。甲申，官軍破金聲桓，復九江、饒州。己醜，以劉弘遇為安徽巡撫。
六月甲午朔，免西安、延安、平涼、臨洮、慶陽、漢中上年災賦。癸卯，以周文業為甘肅巡撫。甲辰，額塞等大破叛回於蘭州，餘黨悉平。丙辰，京師地震有聲。癸亥，太廟成。
秋七月丁醜，初設六部漢尚書、都察院左都禦史，以陳名夏、謝啟光、李若琳、劉餘祐、黨崇雅、金之俊為六部尚書，徐起元為左都禦史。
八月癸巳朔，金聲桓、王得仁寇贛州，官軍擊走之。己亥，陳泰、李率泰等敗鄭彩於長樂，又敗之於連江，復興化。己巳，命和碩英親王阿濟格、多羅承澤郡王碩塞等討天津土賊。丁未，禁民間養馬及收藏軍器。己酉，以王一品為鳳陽巡撫。壬子，令滿、漢官民得相嫁娶。乙卯，以夏玉為天津巡撫，張學聖為福建巡撫。
九月壬戌朔，官軍獲故明巡撫吳江等於南康湖口，斬之。甲子，和碩英親王阿濟格討曹縣土賊，平之。己巳，封貝勒勒克德渾為多羅順承郡王，博洛為多羅端重郡王。壬申，和碩鄭親王濟爾哈朗為定遠大將軍，討湖廣賊李錦。丁醜，封貝勒尼堪為多羅敬謹郡王。
冬十月壬寅，和碩禮親王代善薨。甲辰，佟圖賴復寶慶。丙辰，降將劉澤清結曹縣賊叛，澤清及其黨李洪基等俱伏誅。
十一月甲子，廣東叛將李成棟據南雄，結★蠻犯贛州，巡撫劉武元等擊走之。丙寅，總兵官任珍擊賀珍，破之。戊辰，祀天於圜丘，以太祖武皇帝配。追尊太祖以上四世：高祖澤王為肇祖原皇帝，曾祖慶王為興祖直皇帝，祖昌王為景祖翼皇帝，考福王為顯祖宣皇帝；妣皆為皇後。上詣太廟上冊寶。辛未，以配天及上尊號禮成，禦殿受賀，大赦。辛未，和碩英親王阿濟格、多羅端重郡王博洛、多羅承澤郡王碩塞等帥師駐大同，備喀爾喀。
十二月辛卯朔，命郡王瓦克達，貝子尚善、吞齊等詣阿濟格軍。調八旗遊牧蒙古官軍之半，戍阿爾齊土蘇門哈達。癸巳，姜瓖以大同叛，總督耿焞走陽和。丙申，免平山、隆平、清豐災賦。戊戌，阿濟格圍大同。辛醜，復遣梅勒章京阿喇善、侍郎噶達渾詣阿濟格軍。癸卯，免大同災賦。壬子，楊捷等復都昌，獲故明兵部尚書餘應桂，斬之。丁巳，以佟養量為宣大總督。
是歲，蘇尼特、紮魯特等部來朝。朝鮮，喀爾喀部俄木布額爾德尼、戴青訥門汗喇嘛、塞爾濟額爾德尼魏正、碩雷汗、邁達理胡土克圖、紮薩克圖汗下額爾德尼哈談巴圖魯，厄魯特部顧實汗、錫勒圖綽爾濟、諾門汗，索倫部阿濟布，鄂爾多斯部單達，蘇尼特部騰機忒，科爾沁貝勒張繼倫，歸化城固倫第瓦胡土克圖、丹津喇嘛額爾德尼寨桑，土默特部古祿格，烏思藏闡化王王舒克，湯古特達賴喇嘛俱來貢。朝鮮、厄魯特顧實汗、湯古特達賴喇嘛再至。
六年春正月壬戌，官軍復羅源、永春、德化等縣。癸亥，命多羅敬謹郡王尼堪等征太原。戊辰，諭曰：「朕欲天下臣民共登衽席，日夕圖維，罔敢怠忽。往年流寇作亂，慘禍已極，入關討賊，士庶歸心。乃邇年不軌之徒，捏作洗民訛言。小民無知輕信，惶惑逃散，作亂者往往而有。朕聞不嗜殺人，能一天下。書雲：‘眾非元後何戴，後非眾罔與守邦。’君殘其民，理所蔑有。自元年來，今六年矣，寧有無故而屠戮民者。民苟思之，疑且冰釋。至於自甘為賊，樂就死地，必有所迫以致此。豈督、撫、鎮、按不得其人，有司朘削，民難自存歟？將蠲免賦稅，有名無實歟？內外各官其確議興利除弊之策，朕次第酌行之。」辛未，姜瓖黨姚舉等殺冀寧道王昌齡，陷忻州，固山額真阿賴破走之。乙亥，諭曰：「設關征稅，原以譏察奸宄，非與商賈較輜銖也。其各以原額起稅，毋得橫徵以充私橐，違者罪之。」諭山西大同軍民，無為姜瓖脅誘，來歸者悉予矜免。戊寅，行保舉連坐之法。庚辰，諭言官論事不實者，廷臣集議，毋輒下刑部。辛巳，以金廷獻為偏沅巡撫。壬午，譚泰、何洛會復南昌，金聲桓投水死，王得仁伏誅，九江、南康、瑞州、臨江、袁州悉平。癸未，山西賊黨劉遷寇代州，阿濟洛遣軍破走之。
二月癸卯，攝政王多爾袞征大同。免直隷省六年以前荒賦、四川商民鹽課。辛亥，故明宗室硃森釜等犯階州，吳三桂擊斬之。
三月癸亥，多爾袞拔渾源州。丙寅，漢羌總兵官張天福平賊渠覃一涵，獲故明山陰王等斬之。丁卯，土賊王永強陷延安、榆林等十九州縣，延綏巡撫王正志等死之。己巳，應州、山陰降，多爾袞旋師，留阿濟格於大同。辛未，進封多羅承澤郡王碩塞、多羅端重郡王博洛、多羅敬謹郡王尼堪為親王。王永強陷同官。壬申，廣信府知府楊國楨等復玉山縣。寧夏官軍克臨河等堡。乙亥，甘、涼逆回米喇印、丁國棟復作亂，甘肅巡撫張文衡等死之。丁醜，輔政和碩德豫親王多鐸薨，攝政王多爾袞師次居庸，還京臨喪。甲申，減隱匿逃人律。譚泰、何洛會破賊於南康，進克信豐，叛將李成棟走死，復撫州、建昌。江西平。丙戌，博洛遣鰲拜等大破姜瓖於大同北山。吳三桂擊敗王永強，復宜君、同官。
夏四月庚寅，遣羅碩、卦喇駐防太原。癸巳，阿濟格復左衛。乙未，命貝子吳達海等代征大同。丙申，吳三桂克蒲縣。癸卯，福建官軍復平和、詔安、漳平、寧洋。甲辰，賜劉子壯等進士及第出身有差。乙巳，皇太後崩。壬子，諭曰：「兵興以來，地荒民逃，流離無告。其令所在有司廣加招徠，給以荒田，永為口業，六年之後，方議徵租。各州縣以招民勸耕之多寡、道府以責成催督之勤惰為殿最。歲終，撫按考核以聞。」癸醜，以董宗聖為延綏巡撫。官軍克福寧，福建平。乙卯，賊黨陷汾州，命和碩端重親王博洛為定西大將軍，帥師討之。和碩敬謹親王尼堪移師大同。丁巳，封貝子滿達海為和碩親王。
五月辛酉，遣屠賴率師赴太原軍。丙子，以李棲鳳為廣東巡撫，郭肇基為廣西巡撫。免太原、平陽、汾州三府，遼、澤二州災賦。丁醜，改封孔有德為定南王，耿仲明為靖南王，尚可喜為平南王。命孔有德征廣西，耿仲明、尚可喜征廣東，各挈家駐防。裁直隷、江南、山東、浙江、陝西同知十，直隷、江南、河南、湖廣、江西、浙江通判二十一。免寶坻、順義五年災賦。辛巳，吳三桂、李國翰復延安。壬午，四川邊郡平。乙酉，和碩端重親王博洛復清源、交城、文水、徐溝、祁等縣。
