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《陽明全書》的編輯方針，前後有一個變化過程。嘉靖十四年前後，編者惟以提揭人心、講學明道為要，故「自滁以後（陽明四十二歲）文字，雖片紙隻字，不敢遺棄」（《刻文錄敘說》）。但嘉靖三十五年以後，由於王陽明的地位和影響直線上升，甚至被作為新的偶像而加以崇拜，因此其所有文字都顯得相當珍貴，正如胡宗憲所說：「凡先生生平之作，雖一字一句，皆視為連珠拱璧，棄之不忍。」（《重刊陽明先生文錄序》）在這種傾向的影響下，錢德洪亦逐漸改變了不收「未定之見」、「應酬諸作」的態度。
嘉靖四十年，他將陽明作於弘治初年（三十歲以前）的《上國游》彙編成《文錄續編》一卷（今《全書》卷二十九），單獨刊刻。
嘉靖四十五年，錢德洪又把新收集到的《大學問》（成書於嘉靖六年）、《五經臆說》（成書於正德三年）及序、書、記、疏等彙編成《文錄續編》六卷（今《全書》卷二十六至卷二十八），連同陽明幼子王正億編錄的《陽明先生家乘》三卷（後更名為《世德紀》，今《全書》卷三十七、三十八），由嘉興知府徐必達合刻（見《陽明年譜》「嘉靖四十五年」條）。據說《五經臆說》原有四十六卷，是陽明用心學理論研究《五經》的心得體會，並未傳授學生，特別是後來其「致良知」思想形成後，功夫力求簡明扼要，自認為《五經臆說》有支離煩瑣的毛病，更不願傳授學生。學生請示，陽明笑而拒之曰：「付秦火久矣。」（《全書》卷二十六）所以錢德洪《續編》所收的《五經臆說》十三條，只是其中的極小部分。
隆慶四年，錢德洪為彌補早年「刻《文錄》，志在刪繁，取《公移》三之二而去其一」（《全書》卷三十錢德洪序）的做法的「失誤」，同意把由沈啟源蒐集編訂的《三征公移逸稿》四卷作為《文錄續編》增刻之（今《全書》卷三十、三十一）。其中卷三十一又分為上、下兩卷。下卷所收的《山東甲子鄉試錄》，是陽明三十三歲主考山東鄉試時作【十】 。嘉靖二十九年張峰據陽明繼子王正憲原本重刻於溧陽嘉義書院（見《陽明年譜》附錄一「嘉靖二十九年」條）。
後錢德洪將該文既刊本原封不動地附錄在體裁完全不同的《三征公移逸稿》後。這說明他編輯《文錄續編》的方法遠不如其編訂《文錄》時那樣嚴謹。因此，一九八六年日本學者在譯註《王陽明全集》時，為保持體例上的統一，特將《山東甲子鄉試錄》移置《外集》之後。
四、《附 錄》
現存《陽明全書》的《附錄》部分主要由《年譜》和《世德紀》組成。《世德紀》包括《陽明先生家乘》和湛若水、黃綰等人寫的陽明先生墓誌銘、行狀、祭文等。《年譜》部分除正文外，還附有沉啟源收集的錢德洪、王畿等人的五篇《年譜序》和鄒守益、羅洪先等人的二十篇《論年譜書》。
《陽明年譜》最早是由薛侃、歐陽德、黃弘綱、何性之、王畿、張元沖分頭蒐集材料，鄒守益彙總。嘉靖二十六，錢德洪在嘉義書院率先完成了自陽明出生到謫龍場的一段年譜。十年後，鄒守益委託錢德洪續其後，並編著了《王陽明先生圖譜》一冊。嘉靖四十一年，錢德洪與胡松赴江西安福喪弔鄒守益，順便將初稿拿到吉安，「就正于念庵（羅洪先）諸君子。
念庵子為之刪繁舉要，潤飾是正，而補其闕軼，信乎其文刪省，其事則增矣。計為書七卷」（胡松《刻陽明先生年譜序》）。嘉靖四十二年，由胡松、王健初刻於杭州天真書院（浙江圖書館、名古屋市蓬左文庫有藏，卷首載「錢德洪編述，王畿補輯，羅洪先制刪正，胡松等校正」）。隆慶二年後，錢德洪又對《年譜》作了一次增訂，並補錄了《年譜附錄》一一卷。
增訂本（今《全書》卷三十二至三十四）在內容上與天真書院本基本一致，只是個別地方有繁簡之別。例如正德十六年十二月，陽明與其父海日翁的一段對話，與《世德紀海日先生行狀》有不少重複之處，增訂本便將這部分內容刪去了一大半（參見《王陽明全集》等九卷，福田殖《解說》，日本明德出版社一九八六年版）。另外又在「舊譜」（即天真書院本）後附錄了由程啟源收集的諸《年譜序》和《論年譜書》（今《全書》本卷三十五之內容）。
至此，王陽明著作的收集、整理、出版以及年譜的編纂工作，經過其門人尤其是錢德洪數十年的努力，算是基本完成了。以後各類語錄本、選集本、評註本及年譜傳記本，都不過是在此基礎上作些重新選編、評註、刻印的工作。現存《陽明全書》，就是在錢德洪等人苦心經營的基礎上，由《傳習錄》、《傳習續錄》、《陽明先生文錄》、《陽明先生文錄續編》、《陽明年譜》及《世德紀》等整合而成的。自隆慶元年明穆宗賜封王陽明以後，浙江僉憲唐堯臣「嘗謀刻（《全書》）未遂」（錢德洪《陽明先生文錄續編序》）。
隆慶六年，侍禦謝廷傑「奉命按浙，首修（陽明）公祠，置田以供歲祀。已而閲公文，見所謂錄若集各自為書，懼夫四方正學者弗克盡讀也，遂匯而壽諸梓，名曰《全書》」（徐階《王文成公全書序》）。謝廷傑在全書結構上稍稍作了些調整。他除了讓錢德洪把陽明的《朱子晚年定論》附錄于《傳習錄》下卷後外，還將《外集》壓縮為七卷（原九卷）、《續集》壓縮為六卷（原十捲）、《世德紀》壓縮為二卷（原三卷）、《年譜》壓縮為三卷（原七卷）。
