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三年七月，河決沛縣，茶城淤塞，糧艘二千餘皆阻邳州。大立言：「臣按行徐州，循子房山，過梁山，至境山，入地浜溝，直趨馬家橋，上下八十里間，可別開一河以漕。」即所謂泇河也。請集廷議，上即命行之。未幾，黃落漕通，前議遂寢。時淮水漲溢，自清河至淮安城西淤三十餘裡，決禮、信二壩出海，寶應湖堤多壞。山東諸水從直河出邳州。大立以聞。其冬，自淮安板閘至清河西湖嘴開濬垂成，而裡口復塞。督漕侍郎趙孔昭言：「清江一帶黃河五十里，宜築堰以防河溢；淮河高良澗一帶七十餘裡，宜築堰以防淮漲。」帝令亟浚裡口，與大立商築堰事宜，並議海口築塞及寶應月河二事。
四年六月，淮河及鴻溝境山疏濬工竣。大立方奏聞，諸水忽驟溢，決仲家淺，與黃河合，茶城復淤。未幾，自泰山廟至七里溝，淮河淤十餘裡，其水從硃家溝旁出，至清河縣河南鎮以合於黃河。大立請開新莊閘以通回船，兼浚古睢河，泄二洪水，且分河自魚溝下草灣，保南北運道。帝命新任總河都御史潘季馴區畫。頃之，河大決邳州，睢寧運道淤百餘裡。大立請開泇口、蕭縣二河。會季馴築塞諸決，河水歸正流，漕船獲通。大立、孔昭皆以遲誤漕糧削籍，開泇之議不果行。
五年四月，河複決邳州王家口，自雙溝而下，南北決口十餘，損漕船運軍千計，沒糧四十萬餘石，而匙頭灣以下八十里皆淤。於是膠、萊海運之議紛起。會季馴奏邳河功成。帝以漕運遲，遣給事中雒遵往勘。總漕陳炌及季馴俱罷官。
六年，從雒遵言，修築茶城至清河長堤五百五十里，三里一鋪，鋪十夫，設官畫地而守。又接築茶城至開封兩岸堤。從硃衡言，繕豐、沛大黃堤。衡又言：「漕河起儀真訖張家灣二千八百餘裡，河勢凡四段，各不相同。清江浦以南，臨清以北，皆遠隔黃河，不煩用力。惟茶城至臨清，則閘諸泉為河，與黃相近。清河至茶城，則黃河即運河也。茶城以北，當防黃河之決而入；茶城以南，當防黃河之決而出。防黃河即所以保運河，故自茶城至邳、遷，高築兩堤，宿遷至清河，盡塞缺口，蓋以防黃水之出，則正河必淤，昨歲徐、邳之患是也。自茶城秦溝口至豐、沛、曹、單，創築增築以接縷水舊堤，蓋以防黃水之入，則正河必決，往年曹、沛之患是也。二處告竣，故河深水束，無旁決中潰之虞。氵市縣之窯子頭至秦溝口，應築堤七十里，接古北堤。徐、邳之間，堤逼河身，宜於新堤外別築遙堤。」詔如其議，以命總河侍郎萬恭。
萬曆元年，恭言：「祖宗時造淺船近萬，非不知滿載省舟之便，以閘河流淺，故不敢過四百石也。其制底平、倉淺，底平則入水不深，倉淺則負載不滿。又限淺船用水不得過六拏，伸大指與食指相距為一拏，六拏不過三尺許，明受水淺也。今不務遵行，而競僱船搭運。僱船有三害，搭運有五害，皆病河道。請悉遵舊制。」從之。
恭又請復淮南平水諸閘，上言：「高、寶諸湖周遭數百里，西受天長七十餘河，徒恃百里長堤，若障之使無疏泄，是潰堤也。以故祖宗之法，偏置數十小閘於長堤之間，又為令曰：「但許深湖，不許高堤」，故設淺船淺夫取湖之淤以厚堤。夫閘多則水易落而堤堅，浚勤則湖愈深而堤厚，意至深遠也。比年畏修閘之勞，每壞一閘即堙一閘，歲月既久，諸閘盡堙，而長堤為死障矣。畏浚淺之苦，每湖淺一尺則加堤一尺，歲月既久，湖水捧起，而高、寶為盂城矣。且湖漕勿堤與無漕同，湖堤勿閘與無堤同。陳瑄大置減水閘數十，湖水溢則瀉以利堤，水落則閉以利漕，最為完計。積久而減水故跡不可復得，湖且沉堤。請復建平水閘，閘欲密，密則水疏，無漲懣患；閘欲狹，狹則勢緩，無嚙決虞。」尚書衡覆奏如其請。於是儀直、江都、高郵、寶應、山陽設閘二十三，浚淺凡五十一處，各設撈淺船二，淺夫十。
恭又言：「清江浦河六十里，陳瑄浚至天妃祠東，注於黃河。運艘出天妃口入黃穿清特半餉耳。後黃漲，逆注入口，清遂多淤。議者不制天妃口而遽塞之，令淮水勿與黃值。開新河以接淮河，曰「接清流勿接濁流，可不淤也」。不知黃河非安流之水，伏秋盛發，則西擁淮流數十里，並灌新開河。彼天妃口，一黃水之淤耳。今淮、黃會於新閘開河口，是二淤也。防一淤，生二淤，又生淮、黃交會之淺。歲役丁夫千百，浚治方畢，水過復合。又使運艘迂八里淺滯而始達於清河，孰與出天妃口者之便且利？請建天妃閘，俾漕船直達清河。運盡而黃水盛發，則閉閘絶黃，水落則啟天妃閘以利商船。新河口勿浚可也。」。乃建天妃廟口石閘。
恭又言：「由黃河入閘河為茶城，出臨清板閘七百餘裡，舊有七十二淺。自創開新河，汶流平衍，地勢高下不甚相懸，七十淺悉為通渠。惟茶、黃交會間，運盛之時，正值黃河水落之候，高下不相接，是以有茶城黃家閘之淺，連年患之。祖宗時，嘗建境山閘，自新河水平，閘沒泥淖且丈餘。其閘上距黃家閘二十里，下接茶城十里，因故基累石為之，可留黃家閘外二十里之上流，接茶城內十里之下流，且挾二十里水勢，沖十里之狹流，蔑不勝矣。」乃復境山舊閘。
恭建三議，尚書衡覆行之，為運道永利。而是時，茶城歲淤，恭方報正河安流，回空船速出。給事中硃南雍以回空多阻，劾恭隱蔽溺職。帝切責恭，罷去。
三年二月，總河都御史傅希摯請開泇河以避黃險，不果行。希摯又請浚梁山以下，與茶城互用，淤舊則通新而挑舊，淤新則通舊而挑新，築壩斷流，常通其一以備不虞。詔從所請。工未成，而河決崔鎮，淮決高家堰，高郵湖決清水潭、丁志等口，淮城幾沒。知府邵元哲開菊花潭，以泄淮安、高、寶三城之水，東方芻米少通。
明年春，督漕侍郎張翀以築清水潭堤工鉅不克就，欲令糧船暫由圈子田以行。巡按御史陳功不可。河漕侍郎吳桂芳言：「高郵湖老堤，陳瑄所建。後白昂開月河，距湖數里，中為土堤，東為石堤，首尾建閘，名為康濟河。其中堤之西，老堤之東，民田數萬畝，所謂圈子田也。河湖相去太遠，老堤缺壞不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中堤潰壞，東堤獨受數百里湖濤，清水潭之決，勢所必至。宜遵弘治間王恕之議，就老堤為月河，但修東西二堤，費省而工易舉。」帝命如所請行之。是年，元哲修築淮安長堤，又疏鹽城石達口下流入海。
五年二月，高郵石堤將成，桂芳請傍老堤十數丈開挑月河。因言：「白昂康濟月河去老堤太遠，人心狃月河之安，忘老堤外捍之力。年復一年，不加省視，老、中二堤俱壞，而東堤不能獨存。今河與老堤近，則易於管攝。」御史陳世寶論江北河道，請於寶應湖堤補石堤以固其外，而於石堤之東復築一堤，以通月河，漕舟行其中。並議行。其冬，高郵湖土石二堤、新開漕河南北二閘及老堤加石、增護堤木城各工竣事。桂芳又與元哲增築山陽長堤，自板閘至黃浦亙七十里，閉通濟閘不用，而建興文閘，且修新莊諸閘，築清江浦南堤，創板閘漕堤，南北與新舊堤接。板閘即故移風閘也。堤、閘並修，淮、揚漕道漸固。
