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十六年，巡撫徐源言：「濟寧地最高，必引上源洸水以濟，其口在堈城石瀨之上。元時治閘作堰，使水盡入南旺，分濟南北運。成化間，易土以石。夫土堰之利，水小則遏以入洮，水大則閉閘以防沙壅，聽其漫堰西流。自石堰成，水遂橫溢，石堰既壞，民田亦沖。洸河沙塞，雖有閘門，壓不能啟。乞毀石復土，疏洸口壅塞以至濟寧，而築堈城迤西春城口子決岸。」帝命侍郎李遂往勘，言：「堈城石堰，一可遏淤沙，不為南旺湖之害，一可殺水勢，不慮戴村壩之沖，不宜毀。近堰積沙，宜浚。堈城稍東有元時舊閘，引洸水入濟寧，下接徐、呂漕河。東平州戴村，則汶水入海故道也。自永樂初，橫築一壩，遏汶入南旺湖，漕河始通。今自分水龍王廟至天井閘九十里，水高三丈有奇，若洸河更浚而深，則汶流盡向濟寧而南，臨清河道必涸。洸口不可浚。堈城口至柳泉九十里，無關運道，可弗事。柳泉至濟寧，汶、泗諸水會流處，宜疏者二十餘裡。春城口，外障汶水，內防民田，堤卑岸薄，宜與戴村壩並修築。」從之。正德四年十月，河決沛縣飛雲橋，入運。尋塞。
世宗之初，河數壞漕。嘉靖六年，光祿少卿黃綰論泉源之利，言：「漕河泉源皆發山東南旺、馬場、樊村、安山諸湖。泉水所鍾，亟宜修濬，且引他泉並蓄，則漕不竭。南旺、馬場堤外孫村地窪，若瀦為湖，改作漕道，尤可免濟寧高原淺澀之苦。」帝命總河侍郎章拯議。而拯以黃水入運，運船阻沛上，方為御史吳仲所劾。拯言：「河塞難遽通，惟金溝口迤北新沖一渠可令運船由此入昭陽湖，出沙河板橋。其先阻淺者，則西曆鷄塚寺，出廟道北口通行。下部並議，未決。給事中張嵩言：“昭陽湖地庳，河勢高，引河灌湖，必致瀰漫，使湖道復阻。請罷拯，別推大臣。」部議如嵩言。拯再疏自劾，乞罷，不許。卒引運船道湖中。其冬，詔拯還京別敘，而命擇大臣督理。
諸大臣多進治河議。詹事霍韜謂：「前議役山東、河南丁夫數萬，疏濬淤沙以通運。然沙隨水下，旋浚旋淤。今運舟由昭陽湖入鷄鳴台至沙河，迂迴不過百里。若沿湖築堤，浚為小河，河口為閘，以待蓄泄，水溢可避風濤，水涸易為疏濬。三月而土堤成，一年而石堤成，用力少，取效速。黃河愈溢，運道愈利，較之役丁夫以浚淤土，勞逸大不侔也。」尚書李承勛謂：「於昭陽湖左別開一河，引諸泉為運道，自留城沙河為尤便。」與都御史胡世寧議合。七年正月，總河都御史盛應期奏如世寧策，請於昭陽湖東鑿新河，自汪家口南出留城口，長百四十里，刻期六月畢工。工未半，而應期罷去，役遂已。其後三十年，硃衡始循其遺蹟，浚而成之。是年冬，總河侍郎潘希會加築濟、沛間東西兩堤，以拒黃河。
十九年七月，河決野鷄岡，二洪涸。督理河漕侍郎王以旂請浚山東諸泉以濟運，且築長堤聚水，如閘河制。遂清舊泉百七十八，開新泉三十一。以旂復奏四事。一請以諸泉分隷守土官兼理其事，毋使堙塞。一請於境山鎮、徐、呂二洪之下，各建石閘，蓄水數尺以行舟，旁留月河以泄暴汛；築四木閘於武家溝、小河口、石城、匙頭灣，而置方船於沙坊等淺，以備撈浚。一言漕河兩岸有南旺、安山、馬場、昭陽四湖，名為水櫃，所以匯諸泉濟漕河也。豪強侵佔，蓄水不多，而昭陽一湖淤成高地，大非國初設湖初意。宜委官清理，添置閘、壩、斗門，培築堤岸，多開溝渠，濬深河底，以復四櫃。一言黃河南徙，舊閘口俱塞，惟孫繼一口獨存。導河出徐州小浮橋，下徐、呂二洪，此濟運之大者。請於孫繼口多開一溝，及時疏瀹，庶二洪得濟。帝可其奏，而以管泉專責之部曹。
徐、呂二洪者，河漕咽喉也。自陳瑄鑿石疏渠，正統初，復浚洪西小河。漕運參將湯節又以洪迅敗舟，於上流築堰，逼水歸月河，河南建閘以蓄水勢。成化四年，管河主簿郭升以大石築兩堤，錮以鐵錠，鑿外洪敗船惡石三百，而平築裡洪堤岸，又甃石岸東西四百餘丈。十六年增甃呂梁洪石堤、石壩二百餘丈，以資牽輓。及是建閘，行者益便之。
四十四年七月，河大決沛縣，漫昭陽湖，由沙河至二洪，浩渺無際，運道淤塞百餘裡。督理河漕尚書硃衡循覽盛應期所鑿新河遺蹟，請開南陽、留城上下。總河都御史潘季馴不可。衡言：「是河直秦溝，有所束隘。伏秋黃水盛，昭陽受之，不為壑也。」乃決計開濬，身自督工，重懲不用命者。給事中鄭欽劾衡故興難成之役，虐民幸功。朝廷遣官勘新舊河孰利。給事中何起鳴勘河還，言：「舊河難復有五，而新河之難成者亦有三。顧新河多舊堤高阜，黃水難侵，睃而通之，運道必利。所謂三難者，一以夏村迤北地高，恐難接水，然地勢高低，大約不過二丈，一視水平加深，何患水淺。一以三河口積沙深厚，水勢湍急，不無阻塞，然建壩攔截，歲一挑浚之，何患沙壅。一以馬家橋築堤，微山取土不便，又恐水口投埽，勢必不堅，然使委任得人，培築高厚，無必不可措力之理。開新河便。」下廷臣集議，言新河已有次第，不可止。況百中橋至留城白洋淺，出境山，疏濬補築，亦不全棄舊河，群議俱合。帝意乃決。時大雨，黃水驟發，決馬家橋，壞新築東西二堤。給事中王元春、御史黃襄皆劾衡欺誤，起鳴亦變其說。會衡奏新舊河百九十四里俱已流通，漕船至南陽出口無滯。詔留衡與季馴詳議開上源、築長堤之便。
隆慶元年正月，衡請罷上源議，惟開廣秦溝，堅築南長堤。五月，新河成，西去舊河三十里。舊河自留城以北，經謝溝、下沽頭、中沽頭、金溝四閘，過沛縣，又經廟道口、湖陵城、孟陽、八里灣、谷亭五閘，而至南陽閘。新河自留城而北，經馬家橋、西柳莊、滿家橋、夏鎮、楊莊、硃梅、利建七閘，至南陽閘合舊河，凡百四十里有奇。又引鯰魚諸泉及薛河、沙河注其中，而設壩於三河之口，築馬家橋堤，遏黃水入秦溝，運道乃大通。未幾，鯰魚口山水暴決，沒漕艘。帝從衡請，自東邵開支河三道以分泄之，又開支河於東邵之上，歷東滄橋以達百中橋，鑿豸裡溝諸處為渠，使水入赤山湖，由之以歸呂孟湖，下境山而去。
衡召入為工部尚書，都御史翁大立代，上言：「漕河資泉水，而地形東高西下，非湖瀦之則涸，故漕河以東皆有櫃；非湖泄之則潰，故漕河以西皆有壑。黃流逆奔，則以昭陽湖為散漫之區；山水東突，則以南陽湖為瀦蓄之地。宜由回回墓開通以達鴻溝，令谷亭、湖陵之水皆入昭陽湖，即浚鴻溝廢渠，引昭陽湖水沿渠東出留城。其湖地退灘者，又可得田數千頃。」大立又言：「薛河水湍悍，今盡注赤山湖，入微山湖以達呂孟湖，此尚書衡成績也。惟呂孟之南為邵家嶺，黃流填淤，地形高仰，秋水時至，翕納者小，浸淫平野，奪民田之利。微山之西為馬家橋，比草創一堤以開運道，土未及堅而時為積水所撼，以尋丈之址，二流夾攻，慮有傾圮。宜鑿邵家嶺，令水由地浜溝出境山以入漕河，則湖地可耕，河堤不潰。更於馬家橋建減水閘，視旱澇為啟閉，乃通漕長策也。」並從之。
