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既而淮水自決張福堤。直隷巡按彭應參言：「祖陵度可無虞，且方東備倭警，宜暫停河工。」部議令河臣熟計。應龍、貞觀言：「為祖陵久遠計，支河實必不容已之工，請候明春倭警寧息舉行。」其事遂寢。
二十一年春，貞觀報命，議開歸、徐達小河口，以救徐、邳之溢；導濁河入小浮橋故道，以紓鎮口之患。下總河會官集議，未定。五月，大雨，河決單縣黃堌口，一由徐州出小浮橋，一由舊河達鎮口閘。邳城陷水中，高、寶諸湖堤決口無算。明年，湖堤盡築塞，而黃水大漲，清口沙墊，淮水不能東下，於是挾上源阜陵諸湖與山溪之水，暴浸祖陵，泗城淹沒。二十三年，又決高郵中堤及高家堰、高良澗，而水患益急矣。
先是，御史陳邦科言：「固堤束水未收刷沙之利，而反致衝決。法當用浚，其方有三。冬春水涸，令沿河淺夫乘時撈淺，則沙不停而去，一也。官民船往來，船尾悉系鈀犁，乘風搜滌，則沙不寧而去，二也。仿水磨、水碓之法，置為木機，乘水滾蕩，則沙不留而去，三也。至淮必不可不會黃，故高堰斷不可棄。湖溢必傷堤，故周家橋潰處斷不可開。已棄之道必淤滿，故老黃河、草灣等處斷不可。」疏下所司議。戶部郎中華存禮則請復黃河故道，並浚草灣。而是時腰鋪猶未開，工部侍郎沈節甫言：「復黃河未可輕議，至諸策皆第補偏救弊而已，宜概停罷。」乃召應龍還工部，時二十二年九月也。
既而給事中吳應明言：「先因黃河遷徙無常，設遙、縷二堤束水歸漕，及水過沙停，河身日高，徐、邳以下居民盡在水底。今清口外則黃流阻遏，清口內則淤沙橫截，強河橫灌上流約百里許，淮水僅出沙上之浮流，而瀦蓄於盱、泗者遂為祖陵患矣。張貞觀所議腰鋪支河歸之草灣，或從清河南岸別開小河至駱家營、馬廠等地，出會大河，建閘啟閉，一遇運淺，即行此河，亦策之便者。」至治泗水，則有議開老子山，引淮水入江者。宜置閘以時啟閉，拆張福堤而堤清口，使河水無南向。部議下河漕諸臣會勘。直隷巡按牛應元因謁祖陵，目擊河患，繪圖以進，因上疏言：
“黃高淮壅，起於嘉靖末年河臣鑿徐、呂二洪巨石，而沙日停，河身日高，潰決由此起。當事者計無復之，兩岸築長堤以束，曰縷堤。縷堤複決，更於數里外築重堤以防，曰遙堤。雖歲決歲補，而莫可誰何矣。
黃、淮交會，本自清河北二十里駱家營，折而東至大河口會淮，所稱老黃河是也。陳瑄以其迂曲，從駱家營開一支河，為見今河道，而老黃河淤矣。萬曆間，復開草灣支河，黃舍故道而趨，以致清口交會之地，二水相持，淮不勝黃，則竄入各閘口，淮安士民於各閘口築一土埂以防之。嗣後黃、淮暴漲，水退沙停，清口遂淤，今稱門限沙是也。當事者不思挑門限沙，乃傍土埂築高堰，橫亙六十里，置全淮正流之口不事，復將從旁入黃之張福口一併築堤塞之，遂倒流而為泗陵患矣。前歲，科臣貞觀議辟門限沙，裁張福堤，其所重又在支河腰鋪之開。
總之，全口淤沙未盡挑闢，即腰鋪工成，淮水未能出也，況下流鮑、王諸口已決，難以施工。豈若復黃河故道，盡闢清口淤沙之為要乎？且疏上流，不若科臣應明所議，就草灣下流浚諸決口，俾由安東歸五港，或於周家橋量為疏通，而急塞黃堌口，挑蕭、碭渠道，浚符離淺阻。至宿遷小河為淮水入黃正路，急宜挑闢，使有所歸。”
應龍言：「張福堤已決百餘丈，清口方挑沙，而腰鋪之開尤不可廢。」工部侍郎沈思孝因言：「老黃河自三義鎮至葉家沖僅八千餘丈，河形尚存。宜亟開濬，則河分為二，一從故道抵顏家河入海，一從清口會淮，患當自弭。請遣風力科臣一人，與河漕諸臣定畫一之計。」乃命禮科給事中張企程往勘。而以水患累年，迄無成畫，遷延糜費，罷應龍職為民，常居敬、張貞觀、彭應參等皆譴責有差。御史高舉請
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「疏周家橋，裁張福堤，辟門限沙，建滾水石壩於周家橋、大小澗口、武家墩、綠楊溝上下，而壩外浚河築岸，使行地中。改塘埂十二閘為壩，灌閘外十二河，以闢入海之路。浚芒稻河，且多建濱江水閘，以廣入江之途。然海口日壅，則河沙日積，河身日高，而淮亦不能安流。有灌口者，視諸口頗大，而近日所決蔣家、鮑家、畀家三口直與相射，宜挑浚成河，俾由此入海。」工部主事樊兆程亦議闢海口，而言：「舊海口決不可浚，當自鮑家營至五港口挑浚成河，令從灌口入海。」俱下工部。請並委企程勘議。
是時，總河工部尚書楊一魁被論，乞罷，因言：「清口宜浚，黃河故道宜復，高堰不必修，石堤不必砌，減水閘壩不必用。」帝不允辭，而詔以盡心任事。御史夏之臣則言：「海口沙不可劈，草灣河不必浚，腰鋪新河四十里不必開，雲梯關不必闢，惟當急開高堰，以救祖陵。」且言：「歷年以來，高良澗土堤每遇伏秋即衝決，大澗口石堤每遇洶湧即崩潰。是高堰在，為高、寶之利小；而高堰決，則為高、寶之害大也。孰若明議而明開之，使知趨避乎？」給事中黃運泰則又言：「黃河下流未泄，而遽開高堰、周橋以泄淮水，則淮流南下，黃必乘之，高、寶間盡為沼，而運道月河必衝決矣。不如浚五港口，達灌口門，以入於海之為得也。」詔並行勘議。
企程乃上言：「前此河不為陵患，自隆慶末年高、寶、淮、揚告急，當事狃於目前，清口既淤，又築高堰以遏之，堤張福以束之，障全淮之水與黃角勝，不虞其勢不敵也。迨後甃石加築，堙塞愈堅，舉七十二溪之水匯於泗者，僅留數丈一口出之，出者什一，停者什九。河身日高，流日壅，淮日益不得出，而瀦蓄日益深，安得不倒流旁溢為泗陵患乎？今議疏淮以安陵，疏黃以導淮者，言人人殊。而謂高堰當決者，臣以為屏翰淮、揚，殆不可少。莫若於其南五十里開周家橋注草子湖，大加開濬，一由金家灣入芒稻河注之江，一由子嬰溝入廣洋湖達之海，則淮水上流半有宣洩矣。於其北十五里開武家墩，注永濟河，由窯灣閘出口直達涇河，從射陽湖入海，則淮水下流半有歸宿矣。此急救祖陵第一義也。」會是時，祖陵積水稍退，一魁以聞，帝大悅，仍諭諸臣急協議宣洩。
於是企程、一魁共議欲分殺黃流以縱淮，別疏海口以導黃。而督漕尚書褚鈇則以江北歲祲，民不堪大役，欲先泄淮而徐議分黃。御史應元折衷其說，言：「導淮勢便而功易，分黃功大而利遠。顧河臣所請亦第六十八萬金，國家亦何靳於此？」御史陳煃嘗令寶應，慮周家橋既開，則以高郵、邵伯為壑，運道、民產、鹽場交受其害，上疏爭之，語甚激，大旨分黃為先，而淮不必深治。且欲多開入海之路，令高、寶諸湖之水皆東，而後周家橋、武家墩之水可注。而淮安知府馬化龍復進分黃五難之說。潁州兵備道李弘道又謂宜開高堰。鈇遂據以上聞。給事中林熙春駁之，言：「淮猶昔日之淮，而河非昔日之河，先是河身未高，而淮尚安流，今則河身既高，而淮受倒灌，此導淮固以為淮，分黃亦以為淮。」工部乃覆奏云：「先議開腰鋪支河以分黃流，以倭儆、災傷停寢，遂貽今日之患。今黃家壩分黃之工若復沮格，淮壅為害，誰職其咎？請令治河諸臣導淮分黃，亟行興舉。」報可。
