華盛頓派出一個「三人委員會」，去匹茲堡同起義者舉行談判。談判沒有結果。委員們報告說，起義仍在擴大，並波及到弗吉尼亞、馬里蘭西部地區和賓夕法尼亞的東部。法律已失去威力，地方政府土崩瓦解。
如果沒有軍事力量的「幫助」，要在那裡恢復法律秩序是不可能的。
華盛頓立即簽發了第二項公告，聲稱西部地區的暴亂是由於「那些破壞社會和平與秩序的煽動者」用各種邪說挑起的。所以決心用強硬手段去對付，並準備親自出馬到那裡去恢復秩序。
10月
4日，華盛頓到達阿爾根尼山東麓小鎮卡列斯爾。那裡已調集了兩個州的民兵。
9日上午，華盛頓會見了起義者的代表威廉·芬特萊和戴維·雷迪克，聽取了起義者代表的意見。他們要求政府軍隊不要進入起義地區。
華盛頓告訴他們：政府最迫切的願望是用寬大和仁慈的手段，使這些地區的百姓認識他們的責任，政府一定能夠恢復那裡的秩序而不傷害百姓。當天下午華盛頓再次接見了起義代表。他們提出，如果政府軍隊一定要開進起義地區，就請總統隨軍隊一起進駐。華盛頓答覆說，如果發現有這種必要和時間允許，他可以和軍隊一起行動。
但是華盛頓並沒有隨軍行動。他把軍隊交給漢密爾頓指揮，自己轉回費城去了。漢密爾頓領軍進入賓夕法尼亞閙事地區，一下子抓了好幾百人，企圖從他們身上得到起義領導者的罪證。他聽說在
16英里以外的某地，豎著一根象徵自由精神的自由桿，立即派軍隊去把桿子砍掉。
又聽說有起義者聚眾集會，就派部隊去鎮壓。可是軍隊一到，起義者早已跑散。兩天以後漢密爾頓抓了
20幾名起義者押回費城。兩個被認為犯有重罪的領袖人物被送進監獄。
等到事情冷下來後，華盛頓以他們是「傻瓜」和「瘋子」為理由，免處刑罰加以寬恕了。
漢密爾頓宣稱成功地鎮壓了起義。加強了政府的「力量」。實際上鎮壓行動也削弱了政府在民眾中的威望，且加深了聯邦黨人與共和黨人之間的裂縫。如果國務卿傑斐遜這時還沒有辭職引退的話，他準會讚揚造反有益，阻止這場武力鎮壓的。
華盛頓奉行的中立政策，不斷受到各種挑戰。英國方面採取的一些不明智措施，又激起了美國國內的反英風浪。美英關係的外交危機再次令華盛頓處于艱難境地。到
1794年初，美英兩國之間到了戰爭一觸即發的邊緣。
就在這時候，一些受漢密爾頓支持的議員向總統建議，派一個代表團去英國談判，以謀求緩和關係。總統經過考慮，同意一試。談判代表的人選是兩黨十分敏感的問題。華盛頓故伎重演，儘量使雙方妥協平衡，最後選中了首席大法官約翰·傑伊先生。
傑伊帶去了國會給他的使命：一是建立有利的美英商業關係；二是敦促英國軍隊從美國西北領土上撤走。
11月，雙方就談判內容達成協議，史稱《傑伊條約》。客觀地看，這個條約對此時的美國利多於弊。主要是美國贏得了寶貴的和平，英國人撤除了很有威脅性的軍事據點；當然美方也為此付出了代價。
但在國會討論時，圍繞批准《傑伊條約》，國會議員們只能根據黨派的利益和政治路線投票。「共和」、「聯邦」兩黨都制定了對待《傑伊條約》的方針策略。兩黨進行政治鬥爭的意義，遠遠超過了對待條約本身的爭論，開創了美國兩黨制度的先河。
《傑伊條約》的簽訂和批准，實現了華盛頓千方百計避免美國捲入戰爭的目標。
1796年是華盛頓第二任總統到期的前一年。在鎮壓了威士忌酒農民起義和批准《傑伊條約》之後，美國的政治、社會秩序得到鞏固，聯邦政府的權力和威信得到加強；對外貿易狀況明顯改善；英軍撤出了西北部要塞，邊境趨向穩定，為美國的經濟發展贏得了一個較好的環境。
然而，麻煩事情還沒完。因為對待《傑伊條約》的態度，美國兩黨間的鬥爭愈演愈烈，互相攻訐，煽動群眾，攪得社會是非不分，惟黨派利益為重。華盛頓的內閣三套車駕馭失靈，由左右逢源變成兩面受敵。
因為中立政策和《傑伊條約》，似乎都對聯邦黨有利，於是共和黨人遷怒于總統本人，輿論的矛頭直接指向了他，強加以種種惡名。在報紙上公然罵他是「政治偽君子，一個“政治老糊塗」。他不是「國父」而是「後爹」。還有人直接對他進行人身攻擊，污衊他一貫透支薪金、挪用公款，嘲笑他戴着一副劣質的假牙等等不一而足。
其實他這人一直廉潔奉公，在經濟財務上公私分明。作為總統，他的年薪
25000美元，當這項收入不夠開銷的時候，他還賣掉了一部分農場土地。因為公務在身無暇經營照料家產，農場連年虧損。他常說當總統是在為祖國犧牲個人的利益，此言並非故意作態。
面對某些報紙的惡意誹謗，華盛頓只有一再辯白自己「是一個無黨派人士」。
在任期屆滿前一年，他就着手準備一份告別文告，對任期內的一切作個總結交代。經過數月的反覆推敲修改潤色，在
9月份交給費城的《美國每日新聞報》發表了。接着就有一百多家報紙轉發了這篇重要的告別演說。
這篇演說辭的發表，在全國引起極大震動。政府的要員們也普遍感到惋惜和震驚，甚至有人流淚。大多數報紙對總統主動引退都加以讚美；原來想攻擊他有權力慾的反對派，這一下也就無話可說了。
