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大司馬吳漢，方自宛城往略南陽，忽報檀鄉賊與五校賊會合，寇掠魏郡清河。光武帝召漢還師，自督諸將至內黃，進擊五校賊，大破賊眾，收降至五萬餘人。適值吳漢領兵來會，乃將軍事付漢，折回都中。漢與檀鄉賊連戰數次，無不獲勝，斬馘數萬，降服數萬。
先是檀鄉賊徒，統是刁子都餘黨，刁子都見前文。子都為部曲所殺，餘眾轉走檀鄉，後糾集他處盜匪，號為檀鄉賊，共計得十餘萬名。及為吳漢所敗，或死或降，所餘無幾，遁入西山，再推賊目黎伯卿為渠帥。伯卿負嵎數月，仍被吳漢搗破，竄死崖谷間，河右復安。
光武帝接得捷書，親往慰撫，增封吳漢采邑，由舞陽侯晉封廣平侯。此外隨漢同征，尚有建義大將軍朱祐，大將軍杜茂，執金吾賈復，揚化將軍堅鐔，偏將軍王霸，騎都尉劉隆馬武陰識等，亦各有功績，俱得獎敘。朱祐字仲先，南陽宛人，曾從劉氏起義，轉戰有年。杜茂字諸公，南陽冠軍人，自光武帝出徇河北，投入麾下，效力戎行。
堅鐔字子伋，潁川襄城人，嘗為郡縣掾吏，頗有幹才，或向帝前推薦，方得召用，積功為揚化將軍。惟劉隆字元伯，本與光武帝同宗，乃父名禮，前與安眾侯劉崇討莽，並皆敗死，隆年尚幼，幸得免禍，後來遊學長安，劉玄召為騎都尉，隆見玄不能成事，託詞迎取家眷，轉至河內從光武帝，光武帝使仍舊職，加封列侯。四人俱列二十八將中，故特提敘。至若賈復王霸馬武履歷，已見前文，不復追敘。
獨陰識為陰貴人兄，受封陰鄉侯，光武帝因他從軍有功，擬加封邑。識叩頭固讓道：「臣托屬掖庭，累加爵土，不可以示天下，幸勿加恩！」光武帝見他意誠，乃不復加封。識小心謹慎，未嘗以貴戚自驕，就是出征有功，亦謙退不伐，因此為士論所稱。卻是難得。
光武帝慰勞已畢，復遣漢還定南陽，連下涅陽酈穰新野諸城。復與偏將軍馮異，北擊五樓五幡諸殘賊，所向皆捷。偏大司徒鄧禹，入關撫民，又經赤眉還寇長安，屢戰不利，竟從長安退至高陵，兵士饑困，幾難成軍。於是光武帝另費躊躇，不得不改遣他將，往討赤眉。
赤眉前次出關西行，意欲入隴，回應前回。隴右方為隗囂所據，遣將楊廣統率鋭卒，迎頭截擊。殺得赤眉七零八落，慌忙回走，所掠財物，拋棄殆盡。道出陽城山谷中，適遇大雪，凍死多人，屍骸滿道，沒奈何再返長安。
他想長安內外，十室九空，無從再掠，且長安已由鄧禹守住，料不易入，不如往發漢朝陵寢，或可劫取遺藏，免致落空。乃一哄而往，闖入園陵，守陵吏民，逃得精光，赤眉得任意掘墳。最注意的是后妃各塚，連棺槨盡被劈開，有幾槨用玉匣為殮，屍皆未爛，面目如生。查漢制收殮後屍，自腰以下，用玉為札，長一尺，闊二寸半，垂至兩足，用黃金縷綴系，叫做玉匣，屍骸得借寶玉精華，歷久不朽。
誰知這種奢華的制度，反使各女屍身後不安，當時短命致死，顏色未衰，卻被赤眉賊觸動淫心，竟把她剝去衣服，赤條條的臥在地上，侮辱一番。這也可謂生死交。更可怪的是呂後遺骸，全然不變，面色反比生時嬌嫩，至此也竟受污。待到污辱以後，屍才變色，這難道是生前淫妒，應該受此惡報麼？呂後死時，年已將邁，乃遭此報，定是天道惡淫，故孔聖謂喪欲速朽。
獨霸陵為文帝遺塚，文帝素尚儉德，如所幸慎夫人等，衣不曳地，想來總沒有什麼厚殮，故赤眉不去發掘，幸得保全。更有杜陵為宣帝墓所，卻由漢中豪帥延岑，引眾居守，赤眉不敢過犯，安然如故。延岑系南陽人，也是一個綠林流亞，起兵漢中，殺敗漢中王劉嘉，據境稱雄。劉嘉向關中乞師，劉玄尚未敗沒，特遣部將李寶，領兵往會，與嘉並擊延岑。
岑寡不敵眾，乃由漢中北出散關，進屯杜陵。他雖往來剽掠，跡同盜賊，但與赤眉相比，尚覺得稍有紀律，差勝一籌。鄧禹聞赤眉發掘陵寢，亟令將士往擊，反為赤眉所敗，傷亡甚眾。禹乃督兵自出，行至雲陽，又接長安警耗，被赤眉乘虛搗入，長安失守，累得禹無路可歸。
會聞赤眉將逄安，往攻延岑，也想伺隙進襲。好容易到了長安城下，正要麾兵攻撲，偏又來了赤眉將謝祿，一場交戰，禹又敗走，不得已退至高陵。軍中隨帶糧食，本屬有限，漸漸的食盡囊空，勢難久持，因特奏報洛陽，急求接濟。光武帝籌畫再四，已知鄧禹兵敝，不堪再用。
此時惟有偏將軍馮異，智勇兼優，可代禹任，乃特召異入見，囑令西征。異拜命出都，光武帝親送至河南，賜異車馬寶劍，並面囑道：「三輔人民，迭遭變亂，生靈塗炭，無所依訴，今遣卿討賊，並非欲卿略地屠城，期在平定安集，救民疾苦。朕看諸將亦多健鬥，往往未善撫循，獨卿平日能馭吏士，所以委卿重任，卿此行須除暴安良，勿負朕望！」保民而王，莫之能禦。異頓首受教，拜別車駕，向西進發。
途中宣佈威德，民皆畏服，群盜多降。光武帝還居洛陽，連接馮異軍書，知異威愛並用，定能勝任，乃決計召還鄧禹，專任馮異。會得鄧禹奏稱，劉玄舊將廖湛，聯合赤眉，並攻漢中，漢中王劉嘉，出谷迎戰，大破寇眾，陣斬廖湛，嘉因軍士乏食，就谷雲陽，正好乘便招撫云云。光武帝準禹所請，令禹傳詔諭嘉，禹當然照行。
