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二十三年十二月，拜治書侍御史。時宦者資正使樸不花與宣政使橐驩，內恃皇太子，外結丞相搠思監，驕恣不法，監察御史傅公讓上章暴其過，忤皇太子意，左遷吐蕃宣慰司經歷。它御史連章論諫，皆外除。祖仁上疏皇太子言：「御史糾劾橐驩、不花奸邪等事，此非御史之私言，乃天下之公論，台臣審問尤悉，故以上啟。今殿下未賜詳察，輒加沮抑，擯斥御史，詰責台臣，使奸臣蠹政之情，不得達于君父，則亦過矣。夫天下者祖宗之天下，台諫者祖宗之所建立，以二豎之微，而于天下之重、台諫之言，一切不恤，獨不念祖宗乎！且殿下職分，止於監國撫軍、問安視膳而已，此外予奪賞罰之權，自在君父。今方毓德春宮，而使諫臣結舌，凶人肆志，豈惟君父徒擁虛器，而天下蒼生，亦將奚望！」疏上，皇太子怒，令御史大夫老的沙諭祖仁，以謂「台臣所言雖是，但橐驩等俱無是事，御史糾言不實，已與美除。昔裕宗為皇太子，兼中書令、樞密使，凡軍國重事合奏聞者，乃許上聞，非獨我今日如是也。」祖仁乃覆上疏言：「御史所劾，得于田野之間，殿下所詢，不出宮牆之外，所以全此二人者，止緣不見其奸。昔唐德宗云：‘人言盧杞奸邪，朕殊不覺。’使德宗早覺，杞安得相？是杞之奸邪，當時知之，獨德宗不知爾。今此二人，亦皆奸邪，舉朝知之，在野知之，天下知之，獨殿下未知耳。且裕宗既領軍國重事，理宜先閲其綱。若至台諫封章，自是禦前開拆，假使必皆經由東宮，君父或有差失，諫臣有言，太子將使之聞奏乎，不使之聞奏乎？使之聞奏，則傷其父心，不使聞奏，則陷父于惡，殿下將安所處！如知此說，則今日糾劾之章，不宜阻矣，御史不宜斥矣。斥其人而美其除，不知御史所言，為天下國家乎，為一身官爵乎？斥者去，來者言，言者無窮，而美除有限，殿下又安所處？」祖仁疏既再上，即辭職，而御史下至吏卒皆辭閒。於是皇太子以其事聞，樸不花、橐驩乃皆辭退。而天子令老的沙諭旨祖仁等，祖仁覆上書天子曰：「祖宗以天下傳之陛下，今乃壞亂不可救藥，雖曰天運使然，亦陛下刑賞不明之所致也。且區區二豎，猶不能除，況于大者！願陛下俯從台諫之言，擯斥此二人，不令其以辭退為名，成其奸計，使海內皆知陛下信賞必罰自二人始，則將士孰不效力。天下可全，而有以還祖宗之舊，若猶優柔不斷，則臣寧有餓死於家，誓不與之同朝，牽聯及禍，以待後世正人同罪。」書奏，天子大怒，而是時侍御史李國鳳亦上疏，言此二人必當斥，於是台臣自老的沙以下皆左遷，而祖仁出為甘肅行省參知政事。時天極寒，衣單甚，以弱女托于其友硃毅，即日就道。
明年七月，孛羅帖木兒入中書為丞相，除祖仁山北道肅政廉訪使，召拜國子祭酒，遷樞密副使，累上疏言軍政利害，不報，辭職。除翰林學士，遂拜中書參知政事。是時天下亂已甚，而祖仁性剛直，遇事與時宰論議數不合，乃超授其階榮祿大夫，而仍還翰林為學士，尋遷太常禮儀院使。
二十七年，大明兵已取山東，而朝廷方疑擴廓帖木兒有不臣之心，專立撫軍院，總兵馬以備之。祖仁乃與翰林學士承旨王時、待制黃哻、編修黃肅伏闕上書言：「近者南軍侵陷全齊，不逾月而逼畿甸，朝廷雖命丞相也速出師，軍馬數少，勢力孤危，而中原諸軍，左牽右掣，調度失宜，京城四面，茫無屏蔽，宗社安危，正在今日。臣愚等以為馭天下之勢，當論其輕重強弱，遠近先後，不宜膠于一偏，狃于故轍。前日南軍僻在一方，而擴廓帖木兒近在肘腋，勢將竊持國柄，故宜先於致討，則南軍遠而輕，而擴廓帖木兒近而重也。今擴廓帖木兒勢已窮蹙，而南軍突至，勢將不利於宗社，故宜先於救難，則擴廓帖木兒弱而輕，南軍近而重也。陛下寬仁涵育，皇太子賢明英斷，當此之時，宜審其輕重強弱，改弦更張，而撫軍諸官，亦宜以公天下為心，審時制宜。今擴廓帖木兒黨與離散，豈能復振，若止分撥一軍逼襲，必就擒獲，其餘彼中見調一應軍馬，令其倍道東行，勤王赴難，與也速等聲勢相援，仍遣重臣，分道宣諭催督，庶幾得宜。如復膠于前說，動以言者為擴廓帖木兒遊說，而鉗天下之口，不幸猝有意外之變，朝廷亦不得聞，而天下之事去矣。」書上，不報。十二月，祖仁又上書皇太子，言：「近日降詔，削河南軍馬之權，雖所當然，然此項軍馬，終為南軍之所忌。設使其有悖逆之心，朝廷以忠臣待之，其心愧沮，將何所施。今未有所見，遽以此名加之，彼若甘心以就此名，其害有不可言者。朝廷苟善用之，豈無所助。然人皆知之而不敢言者，誠恐誣以受財遊說罪名，無所昭雪也。況聞擴廓帖木兒屢上書疏，明其心曲，是其心未絶于朝廷，以待朝廷之開悟。當今為朝廷計者，不過戰、守、遷三事。以言乎戰，則資其掎角之勢；以言乎守，則望其勤王之師；以言乎遷，則假其籓衛之力。極力勉厲使行，猶恐遲晚，豈可使數萬之師，棄置於一方。當此危急之秋，宗社存亡，僅在旦夕，不幸一日有唐玄宗倉卒之出，則是以祖宗百年之宗社，朝廷委而棄之，此時雖欲碎首殺身，何濟於事！故今不復避忌，惟以宗社存亡為重，奉疏以聞。」疏上，亦不報。
二十八年秋，大明兵進壓近郊，有旨命祖仁及同僉太常禮儀院事王遜志等載太廟神主，從皇太子北行。祖仁等乃奏曰：「天子有大事出，則載主以行，從皇太子，非禮也。」帝然之，還守太廟以俟命。俄而天子北奔，祖仁守神主，不果從。八月二日，京城破，將出健德門，為亂軍所害，時年五十五。
祖仁一目眇，貌寢，身短瘠，而語音清亮，議論偉然，負氣剛正，似不可犯者。其學博而精，自天文、地理、律歷、兵乘、術數、百家之說，皆通其要。為文簡質，而詩清麗，世多稱傳之。
王遜志，字文敏，惲之曾孫也。以廕授侍儀司通事舍人，歷隰州判官、大寧縣尹，擢陝西行台監察御史，累遷僉漢中、河西、山北三道肅政廉訪司事，入為工部員外郎，遷禮部郎中，拜監察御史。劾詹事不蘭奚、平章宜童皆逆臣子孫，當屏諸遐裔。除太府少監，出為江西廉訪副使，召僉太常禮儀院事。京城不守，公卿爭出降，遜志獨家居，衣冠而坐。其友中政院判官王翼來告曰：「新朝寬大，不惟不死，且仍與官，盍出詣官自言狀。」遜志艴然斥之曰：「君既自不忠，又誘人為不義耶！」因戒其子曰；「汝謹繼吾宗。」即自投井中死。
○成遵
