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說蔡先生不幸，是因為輝煌的北大隻有他執掌的時候存在。校以人名，這本身並非正常的情況。正常的情況是應當創設一套完整的制度，讓它在創始人離開之後依然能夠按部就班地運轉。但是，中國的環境沒有為蔡元培提供這麼一個條件。
北大離不開蔡元培，是蔡元培的驕傲，也是北大的悲哀。環顧世界各大名校，沒有哪位校長對他所供職的大學產生的如此深刻的影響，也沒有哪所大學像北大一樣如此深刻地依賴一位校長。
一九四九年以後的北大，能夠架構人格平台的校長恐怕只有馬寅初一人——而馬寅初的人格已經不再受到官方的尊重，所以，他更不能夠完成蔡元培先生的使命。在後半個世紀裡，北大既缺乏人格平台，又沒有制度平台來保障，其狀況就可想而知了。到了世紀之交，我們才發現我們最需要的還是蔡元培。而需要蔡元培的北大是可憐的北大，就像瘸子離不開枴杖一樣，只能說明北大仍然沒有制度來保障。
一百年了，北大依然只有蔡元培先生的資源可以吸取，北大沒有創造更豐富更充足的資源供給中國社會，這難道不是一種恥辱嗎？
蔡元培先生在北大期間，北大學生運動開始萌芽。他與學生運動的關係，一直被後人所誤解。許多人把他描述成學生運動的積極支持者，這是對歷史的改寫。蔡元培本人並不支持學生運動，從「五四」運動一開始，他就對群眾的運動的負面作用有清醒的認識，對過度參與政治活動傷害學術研究和大學獨立有清醒的認識。
當時的一名北大學生曹建對「五四」時蔡元培先生的言行有生動的回憶：學生被捕之後，大家聚集在三院禮堂裡，束手無策。忽然聽見腳步聲從外面傳來，眾人仰首張望，原來是蔡元培校長。一群學生害怕受到先生的斥責，另一些學生則歡呼，有的甚至放聲大哭。先生從容走上講台，怡言溫詞地對大家說：「你們今天所做的事情我全都知道了。
我寄以相當的同情。」還沒有說完，全場呼聲雷動。先生接著說：「我是全校之主，我自當盡營救學生之責。關於善後處理事宜也由我辦理，只希望你們聽我一句話就好了。
」這句話是什麼呢？就是「從明天起照常上課」。
而蔡元培先生自己在《我在北京大學的經歷》一文中也寫到：「我對於學生運動，素有一種成見，以為學生在學校裡面，應以求學為第一目的，不應有何等政治的組織。其有年在二十歲以上者，對於組織有特殊興趣者，可以個人資格參加政治團體，不必牽涉學校。所以民國七年夏間，北京各校學生，曾為外交問題，結隊遊行，向總統府請願。當北大學生出發時，我曾阻止他們，他們一定要參與。
我因此引咎辭職，經慰留而罷。」在蔡元培的辭職信中，他批評了北京的政治文化，認為它是一種毒素，會傷害接觸它的每一個人。北大在這種毒素的包圍之下，生存是困難的。
同樣，蔣夢麟先生在《西潮》裡也詳細寫到蔡元培校長的態度：「他說，他從來無意鼓勵學生閙學潮，但是學生們示威遊行，反對接受凡爾賽和約有關山東問題的條款，那是出乎愛國熱情，實在無可厚非。至于北京大學，他認為今後將不易維持紀律，因為學生們很可能為勝利而陶醉。他們既然嘗到權力的滋味，以後他們的慾望恐怕難以滿足了。這就是他對學生運動的態度。
有人說他隨時準備鼓勵學生閙風潮，那是太歪曲事實了。」
蔡元培有一句名言「救國不忘讀書，讀書不忘救國」。然而，兩者之間存在着一定的裂隙，這一裂隙有時小、有時大，隨着中國政治局勢的變化而變化，而並非先生所想象中的理想狀態。兩者孰重孰輕呢？
學生運動與自由主義、個人主義以及為學術而學術的理念之間有相當的矛盾之處。蔡元培先生自己也並沒有完全找到一條真正的中庸之道來。一九三一年，「九一八事變」爆發，學生中掀起了反對日本軍閥侵略的怒潮。當國民黨中央正在南京開會時，學生湧到中央黨部前面。
蔡元培先生挺身而出，向群眾宣講讀書與救國兩不忘的道理，首先得使自己成為抗日建國的有用人才。不料因人聲嘈雜，先生的聲音又不很宏大，再加上許多學生並不認識先生，先生差點被莽撞的學生毆打。先生因此深感學生運動領導權的失墮，為之極其惋惜。
其實，這就是現代大學精神的內在衝突：大學處在社會當中，怎樣做到既獨立於社會，又影響和引導社會？大學不是一個桃花源，大學與社會有着千絲萬縷的聯繫。尤其在近現代中國社會裡，現實環境相當惡劣，空談學術中立無異於緣木求魚。蔡元培提倡的是一種超功利的關懷，這種關懷超乎于任何黨派、團體的利益之上，具有形而上的味道，是由人的與生俱來的對自由的渴望驅動的。這種關懷的實施卻是相當困難的，像蔡元培先生這樣崇高人格的人才可能實踐它，因此，它的操作性就停留在一個很低的層面上。
其他的大學中人，都自覺不自覺地把介入現實與個我利益結合起來，使大學參與社會這一行為本身趨向于功利化。
蔡元培的心目中考慮的問題是：學生怎樣擔當公民義務？不是應不應該參加學生運動，而是以怎樣的心態參加學生運動。
