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在他之前之後，北大的校長走馬燈似地輪轉了多少人，個個是英才俊傑，但是隻要一提起北大校長，讓人首先想起的就是蔡元培校長，也只有蔡元培校長。正如編輯《追憶蔡元培》一書的北大學子鄭勇所說：「未名湖畔叢樹幽林間，蔡元培塑像謙和地獨守一片淨土，引領着每次瞻拜每次肅然起敬的目光；而在北大昔日的歷史傳統和今日的格局氣象中，蔡元培更內化為一種象徵與啟示。無論歲月的塵埃如何起落飛揚，黯淡了多少偶像的色彩，無論時間的流水如何一去不返，動搖了多少權威的根基，既非權威、亦非偶像的蔡先生卻不減風神依舊，因為有後來者『以口為碑，以心為碑，以文為碑』
林語堂《想念蔡元培先生》。」
耐人尋味的是，北大校慶期間，几乎所有的紀念蔡元培的活動都由民間發起：北大紐約校友會鄭重通過決議，建議將蔡元培先生暫居香港的陵墓遷回北大；也有校友建議將北大紅樓的孑民紀念館定為國家文物重點保護；有北大畢業生創辦的北京國林風圖書中心舉辦蔡元培專題講座……而最隆重的則是北大師生自編自演的話劇《蔡元培》。
這是真正意義上的民間的活動。由幾位退休的老教授發起，無數的同學匯聚起來。從一年以前他們就開始了艱辛的奔波，幾經周折，終於上演了。最後一場表演，由於種種原因，禮堂的燈光道具都被迫撤除，本來演出就此終止，但是同學們還是堅持着演完了最後一場。
那一場是演得所有演出中最成功的一場。而話劇中有一幕打動的無數人的心弦，那一幕是驚心動魄的一幕——在那最艱難的時刻，蔡元培先生身心交瘁，獨自坐在黑暗中，自言自語說道：「誰又理解我呢？」
是的，誰理解他呢？
一九一七年一月四日，隆冬的北京，大雪紛飛，黃沙撲面。一輛四輪馬車駛進北京大學的校門，徐徐穿過校園內的馬路。這時，早有兩排工友恭恭敬敬地站在兩側，向這位剛剛被任命為北大校長的傳奇人物鞠躬致敬。新校長緩緩地走下馬車，他摘下了禮帽，向這些雜工們鞠躬回禮。
在場的許多人都驚獃了：這在北大是從所未有過的事情。北大是一所等級森嚴的官辦大學，校長是內閣大臣的待遇，從來就不把工友放在眼裡。今天的新校長怎麼了？
像蔡元培這樣地位崇高的人向身份卑微的工友行禮，在當時的北大乃至中國都是罕見的現象。這不是一件小事，北大的新生由此細節開始。蔡元培希望通過這一行為開風氣之先，使得這所聲名狼藉的國立大學煥發生機。此後，他每天進學校時，都要向站在大門旁邊的工友們鞠躬致敬。
久而久之，這成了他的習慣。他的這一行為，是對北大官氣的一個反撥，是一面如何做人的旗幟。他首先從自己做起。
蔡元培辦北大，將北大作為自己的孩子來看待，北大是他生命的一部分，北大是他的一個輝煌的文化理想。從此，北大與蔡元培如同血肉般聯繫在一起。
一九一七年十二月十七日，北大慶祝二十週年校慶的時候，一位音樂家在校慶大會上唱出了一首熱情洋溢的歌曲：「春明起講台，春風盡異才，滄海動風雷，弦誦無妨礙。到如今費多少桃李栽培，喜此時幸遇先生蔡，從頭細算，匆匆歲月，已是廿年來。」上任不到一年的蔡元培，就已經將自己融化到了北大裡面。他的繼任者們，有許多人在追隨他，但心有餘而力不足；而更多的人則是把辦學校當作陞官的一個途徑，不僅不是獻身于北大，而且成為北大的吸血鬼，把北大當作工具來供自己驅使。
蔡元培之前的北大，可以說是一片烏煙瘴氣，「學生對於專任教員，不甚歡迎，較為認真的，且被反對；對於行政司法界官吏兼任的，特別歡迎。雖時時請假，年年發舊講義，也不討厭。因有師生關係，畢業時仍可為奧援。所以學生於講堂上領受講義及當學期學年考試時要求題目範圍特別預備外，對於學術並沒有何等興會。
」針對這樣的情況，蔡元培首先確立北大的辦學方針：究竟什麼是「大學」？大學培養的是什麼樣的人才？他清醒地意識到，如果這兩個問題不解決，其他細枝末節的問題就無從談起。
什麼是大學？蔡元培理想的大學是他在德國觀察到的大學，即擁有獨立地位的、追求純粹學問的一個思想與知識的生產、交流和傳播的機構。早在一百年以前，德國著名教育家洪堡就提出：「學術應該是自由的、純粹的，是不應該包含任何功利主義思想的。」洪堡尤其反對大學教育的功能只是為了就業，他認為大學是「對各學科進行研究的機構」。蔡元培力圖引進德國的教育理念，糾正中國自古以來就根深蒂固的「仕而優則學，學而優則仕」的教育模式，他就像與風車作戰的堂‧吉訶德，懷着單純的理想、無私的心靈和堅貞的信念出發了。
他的夢想在北大隻是得到了部分的實現，但一所真正意義上的現代大學，在他捧起的雙手中慢慢成形了。
大學的靈魂是「兼容并包」。蔡元培執掌北大的時代，差不多實現了「和而不同」。
蔣夢麟先生在《苦難與風流》中寫道，蔡元培時代的北大「保守派、維新派和激進派，都同樣有機會爭一日之短長。背後拖着長辮，心裡眷戀帝制的老先生與思想激進的新人物並坐討論，同席笑談。」
