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陪他進疆的兩個兒子，于兩旁攙扶老爹，心痛得淚流滿面，低跪于地上對天禱告：若父能早日得赦召還，孩兒願赤腳趟過此溝。林則徐到伊犁後，「體氣衰頽，常患感冒」，「作字不能過二百，看書不能及三十行」。歷史上許多朝臣就是這樣死在被發配之地，這本來也是皇帝的目的之一。林則徐感到一個無形的黑影向他壓來，他在日記中寫道：「深覺時光可惜，暮景可傷!」「頻搔白髮漸衰病，猶剩丹心耐折磨」，他是以心力來抵抗身病啊。
二是脫離戰場的寂寞。林是一步一回頭離開中原的。當他走到酒泉時，聽到清政府簽訂《南京條約》的消息，痛心疾首，深感國事艱難。他在致友人書中說：「自念一身休咎死生，皆可置之度外，惟中原頓遭蹂躪，如火燎原……側身回望，寢饋皆不能安。
」他賦詩感嘆：「小醜跳樑誰殄滅，中原攬轡望澄清。關山萬里殘宵夢，猶聽江東戰鼓聲。」本來封建杜會一切有為的知識分子，都希望能被朝廷重用，能為國家民族做一點事，這是有為臣子的最大願望，是他們人生價值觀的核心。現在剝奪了這個願望就是剝奪了他們的生命，虎落平川，馬放南山，讓他在痛苦和寂寞中毀滅。
玉門關外風物淒涼，人情不再，實在是天設地造的折磨罪臣身心的好場所。你走一天是黃沙，再走一天還是黃沙；你走一天是冰雪，再走一天還是冰雪。不見人，不見村，不見市。這種空虛與寂寞，與把你關在牢中目徒四壁，沒有根本區別。
馬克思說，在其現實性上，人的本質是一切社會關係的總和。把你推到大漠戈壁裡，一下子割斷你的所有關係，你還是人嗎‧嗚呼，人將不人！特別是對一個博學而有思想的人、一個曾經有作為的人、一個有大志于未來的人。
「臘雪頻添鬢影皤，春醪暫借病顏酡。三年飄泊居無定，百歲光陰去已多。」
「新韶明日逐人來，遷客仙時結什回？空有劉光照虛耗，競無神訣賣痴獃。」(《除夕書懷》)
他一人這樣過除夕。
「雪月天山皎夜光，邊聲慣聽唱伊涼。孤村白酒愁無奈，隔院紅裙樂未央。」(《中秋感懷》)
他一個人這樣過中秋。
「嫡居權作探花使。忍輕拋、韶光九十，番風廿四。寒玉未消冰嶺雪，毳幕偏聞花氣。算修了迫城春禊，怨綠愁紅成底事，任花開花謝皆天意。
休問訊，春歸未。」(《金縷曲‧春暮看花》)
他在季節變換中咀嚼着春的寂寞。
當權者實在聰明，他就是隻要讓你在這個環境裡無事可做，消磨掉理想意志，不管你怎樣地怒吼、狂笑、悲歌，那空曠的戈劈瞬間就將這一切吸收得乾乾淨淨，這比有回音的囚室還可怕。任你是怎樣的人傑，在這裡也要成為常人、庸人，失魂落魄。林則徐是一個有經天緯地之才的良臣，是可以作為歷史標點的人物。禁菸的烈火仍在胸中燃燒，南海的濤聲還在耳邊迴響，萬里之外朝野上下還在與英國人做無奈的抗爭，而他只能面對這大漠的寂寞。
兔未死而狗先烹，鳥未盡而弓先藏。「何日穹廬能解脫，寶刀盼上短轅車。」他是一個被捆綁懸于壁上的壯士，心急如焚，而無可用力。
怎麼擺脫這種狀況？最常規的辦法是得過且過，忍氣苟安，爭取朝廷早點召回。特別不能再惹是非，自加其罪。一般還要想方設法討好皇帝，賄賂官員。這時內地林的家人和朋友正在籌措銀兩，準備按清朝法律為他贖罪，林則徐卻斷然拒絶。
他寫信說，「獲咎之由，實與尋常迥異」，「此事定須終止，不可瀆呈」，他明確表示，我沒有任何錯，這樣假罪真贖，是自認其咎，何以面對歷史？他沒有一點私慾，不必向任何人低頭，為了自己抱定的主義，他能容得下一切不公平。他選擇了上對蒼天，下對百姓，我行我志，不改初衷，為國儘力。
林則徐看到這裡荒地遍野，便向伊犁將軍建議屯田固邊，先協助將軍開墾城邊的二十萬畝荒地。墾荒必先興水利，但這裡向無治水習慣與經驗，林帶頭示範，捐出自己的私銀，承修了一段河渠。這被後人稱為「林公渠」的工程，一直使用了一百二十三年，直到
1967年新渠建成才得以退役。就像當年韓愈發配南海之濱帶去中原先進耕作技術一樣，林則徐也將內地的水利、種植技術推廣到清王朝最西北的邊陲。
他還發現並研究了當地人創造的特殊水利工程「坎兒井」，並大力推廣。皇帝本是要用邊地的惡劣環境折磨他，他卻用自己的意志和才能改造了環境；皇帝要用寂寞和悶鬱殺死他，他卻在這亙古荒原上爆出一聲驚雷。
林則徐在伊犁修渠墾荒卓有成效，但就像當年治好黃河一樣，皇帝仍不饒他，又派他到南疆去勘察荒地。北疆雖僻遠，但雨量較多，農業尚可。南疆沙海無垠，天氣燥熱，人煙稀少，語言不通。這無疑又是對林則徐的一場更大更苦的折磨。
對皇帝而言，這是對他的進一步懲罰，而在他，則是在暮年為國為民再盡一點力氣。
1845年
1月
17日，林則徐在三兒聰彞的陪伴下，由伊犁出發，在以後一年內，他南到喀什，東到哈密，勘遍東、南疆域。他經歷了踏冰而行的寒冬和烈日如火的酷暑，走過「車箱顛簸箕中粟」的戈壁，住過茅屋、氈房、地穴，風起時「徹夕怒號」，「氈廬欲拔」，「殊難成眠」，甚至可以吹走人馬車輛。林則徐每到一地，三兒與隨從搭棚造飯，他則立刻伏案辦公，「理公牘至四鼓」，只能靠第二天在車上假寐一會兒，其工作緊張、艱辛如同行軍作戰。
