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二十九年十月，帝終欲祔後太廟，命再議。尚書徐階言不可，給事中楊思忠是階議，余無言者。帝覘知狀。及議疏入，謂：「後正位中宮，禮宜祔享，但遽及廟次，則臣子之情，不唯不敢，實不忍也。宜設位奉先殿。」帝震怒。階、思忠惶恐言：「周建九廟，三昭三穆。國朝廟制，同堂異室，與《周禮》不同。今太廟九室皆滿，若以聖躬論，仁宗當祧，固不待言，但此乃異日聖子神孫之事。臣聞夏人之廟五，商以七，周以九。禮由義起，五可七，七可九，九之外亦可加也。請于太廟及奉先殿各增二室，以祔孝烈，則仁宗可不必祧，孝烈皇后可速正南面之位，陛下亦無預祧以俟之嫌。」帝曰：「臣子之誼，當祧當祔，力請可也。苟禮得其正，何避豫為！」於是階等復會廷臣上言：「唐、虞、夏五廟，其祀皆止四世。周九廟，三昭三穆，然而兄弟相及，亦不能盡足六世。今仁宗為皇上五世祖，以聖躬論，仁宗于禮當祧，孝烈皇后于禮當祔。請祧仁宗，祔孝烈皇后于太廟第九室。」因上祧祔儀注。
已而請忌日祭，帝猶銜前議，報曰：「孝烈繼後，所奉者又入繼之君，忌不祭亦可。」階等請益力，帝曰：「非天子不議禮。後當祔廟，居朕室次，禮官顧謂今日未宜，徒飾說以惑眾聽。」因諭嚴嵩等曰：「禮官從朕言，勉強耳。即不忍祧仁宗，且置後主別廟，將來由臣下議處。忌日令奠一卮酒，不至傷情。」於是禮臣不敢復言，第請如敕行。乃許之。後二年，楊思忠為賀表觸忌，予杖削籍。隆慶初，與孝潔皇后同日上尊謚曰孝烈端順敏惠恭誠祗天衛聖皇后，移主弘孝殿。
孝恪杜太后，穆宗生母也，大興人。嘉靖十年封康嬪。十五年進封妃。三十三年正月薨。是時，穆宗以裕王居邸，禮部尚書歐陽德奏喪儀，請輟朝五日，裕王主喪事，遵高皇帝《孝慈錄》，斬衰三年。帝謂當避君父之尊。大學士嚴嵩言：「高帝命周王橚為孫貴妃服慈母服，斬衰三年。是年，《孝慈錄》成，遂為定製，自後久無是事。及茲當作則垂訓于後。」帝命比賢妃鄭氏故事：輟朝二日。賜謚榮淑，葬金山。穆宗立，上謚曰孝恪淵純慈懿恭順贊天開聖皇太后，遷葬永陵，祀主神霄殿。追封后父林為慶都伯，命其子繼宗嗣。
穆宗孝懿皇后李氏，昌平人。穆宗為裕王，選為妃，生憲懷太子。嘉靖三十七年四月薨。帝以部疏稱薨非制，命改稱故，葬金山。穆宗即位，謚曰孝懿皇后，封后父銘德平伯。神宗即位，上尊謚曰孝懿貞惠順哲恭仁儷天襄聖莊皇后，合葬昭陵，祔太廟。
孝安皇后陳氏，通州人。嘉靖三十七年九月選為裕王繼妃。隆慶元年冊為皇后。後無子多病，居別宮。神宗即位，上尊號曰仁聖皇太后，六年加上貞懿，十年加康靜。初，神宗在東宮，每晨謁奉先殿、朝帝及生母畢，必之後所問安，後聞履聲輒喜。既嗣位，孝事兩宮無間。二十四年七月崩，謚曰孝安貞懿恭純溫惠佐天弘聖皇后，祀奉先殿別室。
孝定李太后，神宗生母也，漷縣人。侍穆宗于裕邸。隆慶元年三月封貴妃。生神宗。即位，上尊號曰慈聖皇太后。舊制：天子立，尊皇后為皇太后，若有生母稱太后者，則加徽號以別之。是時，太監馮保欲媚貴妃，因以並尊風大學士張居正下廷臣議，尊皇后曰仁聖皇太后，貴妃曰慈聖皇太后，始無別矣。仁聖居慈慶宮，慈聖居慈寧宮。居正請太后視帝起居，乃徙居乾清宮。
太后教帝頗嚴。帝或不讀書，即召使長跪。每禦講筵入，嘗令效講臣進講于前。遇朝期，五更至帝寢所，呼曰「帝起」，敕左右掖帝坐，取水為盥面，挈之登輦以出。帝事太后惟謹，而諸內臣奉太后旨者，往往挾持太過。帝嘗在西城曲宴被酒，令內侍歌新聲，辭不能，取劍擊之。左右勸解，乃戲割其發。翼日，太后聞，傳語居正具疏切諫，令為帝草罪己禦札。又召帝長跪，數其過。帝涕泣請改乃已。六年，帝大婚，太后將返慈寧宮，敕居正曰：「吾不能視皇帝朝夕，先生親受先帝付託，其朝夕納誨，終先帝憑幾之誼。」三月加尊號曰宣文。十年加明肅。十二年同仁聖太后謁山陵。二十九年加貞壽端獻。三十四年加恭熹。四十二年二月崩，上尊謚曰孝定貞純欽仁端肅弼天祚聖皇太后，合葬昭陵，別祀崇先殿。
後性嚴明。萬曆初政，委任張居正，綜核名實，幾于富強，後之力居多。光宗之未冊立也，給事中姜應麟等疏請被謫，太后聞之弗善。一日，帝入侍，太后問故。帝曰：「彼都人子也。」太后大怒曰：「爾亦都人子！」帝惶恐，伏地不敢起。蓋內廷呼宮人曰「都人」，太后亦由宮人進，故雲。光宗由是得立。群臣請福王之籓，行有日矣，鄭貴妃欲遲之明年，以祝太后誕為解。太后曰：「吾潞王亦可來上壽乎！」貴妃乃不敢留福王。御史曹學程以建言論死。太后憐其母老，言于帝，釋之。後父偉封武清伯。家人嘗有過，命中使出數之，而抵其家人于法。顧好佛，京師內外多置梵剎，動費鉅萬，帝亦助施無算。居正在日，嘗以為言，未能用也。
神宗孝端皇后王氏，餘姚人，生京師。萬曆六年冊立為皇后。性端謹，事孝定太后得其歡心。光宗在東宮，危疑者數矣，調護備至。鄭貴妃顓寵，後不較也。正位中宮者四十二年，以慈孝稱。四十八年四月崩，謚孝端。光宗即位，上尊謚曰孝端貞恪莊惠仁明媲天毓聖顯皇后。會帝崩，熹宗立，始上冊寶，合葬定陵，主祔廟。
與後同日冊封者有昭妃劉氏。天啟、崇禎時，嘗居慈寧宮，掌太后璽。性謹厚，撫愛諸王。莊烈帝禮事之如大母。嘗以歲朝朝見，帝就便坐，俄假寐。太后戒勿驚，命尚衣謹護之。頃之，帝覺，攝衣冠起謝曰：「神祖時海內少事；今苦多難，兩夜省文書，未嘗交睫，在太妃前，困不自持如此。」太妃為之泣下。崇禎十五年薨，年八十有六。
孝靖王太后，光宗生母也。初為慈寧宮宮人。年長矣，帝過慈寧，私幸之，有身。故事：宮中承寵，必有賞賚，文書房內侍記年月及所賜以為驗。時帝諱之，故左右無言者。一日，侍慈聖宴，語及之。帝不應。慈聖命取內起居注示帝，且好語曰：「吾老矣，猶未有孫。果男者，宗社福也。母以子貴，寧分差等耶？」十年四月封恭妃。八月，光宗生，是為皇長子。既而鄭貴妃生皇三子，進封皇貴妃，而恭妃不進封。二十九年冊立皇長子為皇太子，仍不封如故。三十四年，元孫生，加慈聖徽號，始進封皇貴妃。三十九年病革，光宗請旨得往省，宮門猶閉，抉鑰而入。妃目眚，手光宗衣而泣曰：「兒長大如此，我死何恨！」遂薨。大學士葉向高言：「皇太子母妃薨，禮宜從厚。」不報。復請，乃得允。謚溫肅端靖純懿皇貴妃，葬天壽山。
光宗即位，下詔曰：「朕嗣承基緒，撫臨萬方，溯厥慶源，則我生母溫肅端靖純懿皇貴妃恩莫大焉。朕昔在青宮，莫親溫凊，今居禁闥，徒痛桮棬，欲伸罔極之深悰，惟有肇稱乎殷禮。其準皇祖穆宗皇帝尊生母榮淑康妃故事，禮部詳議以聞。」會崩，熹宗即位，上尊謚曰孝靖溫懿敬讓貞慈參天胤聖皇太后，遷葬定陵，祀奉慈殿。後父天瑞，封永寧伯。
