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秋七月癸酉，燕王棣舉兵反，殺布政使張昺、都司謝貴。長史葛誠、指揮盧振、教授余逢辰死之。參政郭資、副使墨麟、僉事呂震等降于燕。指揮馬宣走薊州，僉瑱走居庸。宋忠趨北平，聞變退保懷來。通州、遵化、密雲相繼降燕。丙子，燕兵陷薊州，馬宣戰死。己卯，燕兵陷居庸關。甲申，陷懷來，宋忠、俞瑱被執死，都指揮彭聚、孫泰力戰死，永平指揮使郭亮等叛降燕。壬辰，谷王橞自宣府奔京師。長興侯耿炳文為征虜大將軍，駙馬都尉李堅、都督甯忠為左、右副將軍，帥師討燕。祭告天地宗廟社稷，削燕屬籍。詔曰：「邦家不造，骨肉周親屢謀僭逆。去年，周庶人橚僭為不軌，辭連燕、齊、湘三王。朕以親親故，止正橚罪。今年齊王榑謀逆，又與棣、柏同謀，柏伏罪自焚死，榑已廢為庶人。朕以棣于親最近，未忍窮治其事。今乃稱兵構亂，圖危宗社，獲罪天地祖宗，義不容赦。是用簡發大兵，往致厥罰。咨爾中外臣民軍士，各懷忠守義，與國同心，掃茲逆氛，永安至治。」尋命安陸侯吳傑，江陰侯吳高，都督耿瓛，都指揮盛庸、潘忠、楊松、顧成、徐凱、李友、陳暉、平安，分道併進。置平燕布政使司于真定，尚書暴昭掌司事。
八月己酉，耿炳文兵次真定，徐凱屯河間，潘忠、楊松屯鄚州。壬子，燕兵陷雄縣，潘忠、楊松戰于月漾橋，被執。鄚州陷。壬戌，耿炳文及燕兵戰于滹沱河北，敗績，李堅、甯忠、顧成被執，炳文退保真定。燕兵攻之不克，引去。召遼王植、寧王權歸京師，權不至，詔削護衛。丁卯，曹國公李景隆為征虜大將軍，代耿炳文。九月戊辰，吳高、耿瓛、楊文帥遼東兵，圍永平。戊寅，景隆兵次河間，燕兵援永平，吳高退保山海關。
冬十月，燕兵自劉家口間道襲陷大寧，守將硃鑒死之。總兵官劉真、都督陳亨援大寧，亨叛降燕。燕以寧王權及朵顏三衛卒歸北平。辛亥，李景隆重圍北平，燕兵還救。十一月辛未，李景隆及燕兵戰于鄭村壩，敗績，奔德州，諸軍盡潰。燕王棣再上書於朝。帝為罷齊泰、黃子澄官，仍留京師。
二年春正月丙寅朔，詔天下來朝官勿賀。丁卯，釋奠于先師孔子。二月，燕兵陷蔚州，進攻大同。李景隆自德州赴援，燕兵還北平。保定知府雒僉叛降燕。甲子，復以都察院為御史府。均江、浙田賦。詔曰：「國家有惟正之供，江、浙賦獨重，而蘇、松官田悉準私稅，用懲一時，豈可為定則。今悉與減免，畝毋逾一斗。蘇、松人仍得官戶部。」三月丙寅朔，日有食之。賜胡廣等進士及第、出身有差。
夏四月己未，李景隆及燕兵戰于白溝河，敗之。明日復戰，敗績，都督瞿能、越巂侯俞淵、指揮滕聚等皆戰死，景隆奔德州。五月辛未，奔濟南。燕兵陷德州，遂攻濟南。庚辰，景隆敗績于城下，南走。參政鐵鉉、都督盛庸悉力禦之。六月己酉，遣尚寶丞李得成諭燕罷兵。
秋八月癸巳，承天門災，詔求直言。戊申，盛庸、鐵鉉擊敗燕兵，濟南圍解，復德州。九月，詔錄洪武中功臣罪廢者後。辛未，封盛庸歷城侯，擢鐵鉉山東布政使，參贊軍務，尋進兵部尚書。以庸為平燕將軍，都督陳暉、平安副之。庸屯德州，平安及吳傑屯定州，徐凱屯滄州。
冬十月，召李景隆還，赦不誅。庚申，燕兵襲滄州，徐凱被執。十二月甲午，燕兵犯濟寧，薄東昌。乙卯，盛庸擊敗之。斬其將張玉。丙辰，復戰，又敗之，燕兵走館陶。庸軍勢大振，檄諸屯軍合擊燕，絶其歸路。
三年春正月辛酉朔，凝命神寶成，告天地宗廟，禦奉天殿受朝賀。乙丑，吳傑、平安邀擊燕兵于深州，不利。辛未，大祀天地于南郊。丁丑，享太廟，告東昌捷。復齊泰、黃子澄官。三月辛巳，盛庸敗燕兵于夾河，斬其將譚淵。再戰不利，都指揮莊得、楚智等力戰死。壬午，復戰，敗績，庸走德州。丁亥，都督何福援德州。癸巳，貶齊泰、黃子澄、諭燕罷兵。閏月己亥，吳傑、平安及燕戰于藁城，敗績，還保真定。燕兵掠真定、順德廣平、大名。棣上書讀召還諸將息兵，遣大理少卿薛岩報之。是月，《禮制》成，頒行天下。
夏五月甲寅，盛庸以兵扼燕餉道，不克。棣復遣使上書，下其使于獄。六月壬申，燕將李遠寇沛縣，焚糧艘。壬午，都督袁宇邀擊之，敗績。
秋七月己丑，燕兵掠彰德。丁酉，平安自真定攻北平。壬寅，大同守將房昭帥兵由紫荊關趨保定，駐易州西水寨。九月甲辰，平安及燕將劉江戰于北平，敗績，還保真定。
冬十月丁巳，真定諸將遣兵援房昭，及燕王戰于齊眉山，敗績。十一月壬辰，遼東總兵官楊文攻永平，及劉江戰于昌黎，敗績。己亥，平安敗燕將李彬于楊村。十二月癸亥，燕兵焚真定軍儲。詔中官奉使侵暴吏民者，所在有司系治。是月，駙馬都尉梅殷鎮淮安。《太祖實錄》成。
四年春正月甲申，召故周王橚于蒙化，居之京師。燕兵連陷東阿、東平、汶上、兗州、濟陽，東平吏目鄭華，濟陽教諭王省皆死之。甲申，魏國公徐輝祖帥師援山東。燕兵陷沛縣，知縣顏伯瑋、主簿唐子清、典史黃謙死之。癸丑，薄徐州。二月甲寅，都督何福及陳暉、平安軍濟寧，盛庸軍淮上。己卯，更定品官勛階。三月，燕兵攻宿州，平安追及于淝河，斬其將王真，遇伏敗績，宿州陷。
夏四月丁卯，何福、平安敗燕兵于小河，斬其將陳文。甲戌，徐輝祖等敗燕兵于齊眉山，斬其將李斌，燕兵懼，謀北歸。會帝聞訛言，謂燕兵已北，召輝祖還，何福軍亦孤。庚辰，諸將及燕兵大戰于靈璧，敗績，陳暉、平安、禮部侍郎陳性善、大理寺卿彭與明皆被執。五月癸未，楊文帥遼東兵赴濟南，潰于直沾。己丑，盛庸軍潰于淮上，燕兵渡淮，趨揚州。指揮王禮等叛降燕，御史王彬、指揮崇剛死之。辛丑，燕兵至六合，諸軍迎戰，敗績。壬寅，詔天下勤王，遣御史大夫練子寧、侍郎黃觀、修撰王叔英分道徵兵。召齊泰、黃子澄還。蘇州知府姚善、寧波知府王璡、徽州知府陳彥回、樂平知縣張彥方各起兵入衛。甲辰，遣慶成郡主如燕師，議割地罷兵。
六月癸丑，盛庸帥舟師敗燕兵于浦子口，復戰不利。都督僉事陳瑄以舟師叛附於燕。乙卯，燕兵渡江，盛庸戰于高資港，敗績。戊午，鎮江守將童俊叛降燕。庚申，燕兵至龍潭。辛酉，命諸王分守都城，遣李景隆及兵部尚書茹瑺、都督王佐如燕軍，申前約。壬戌，復遣谷王橞、安王楹往。皆不聽。甲子，遣使齊蠟書四出，促勤王兵。乙丑，燕兵犯金川門，左都督徐增壽謀內應，伏誅。谷王橞及李景隆叛，納燕兵，都城陷。宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍于火中，越八日壬申葬之。
或雲帝由地道出亡。正統五年。有僧自雲南至廣西，詭稱建文皇帝。恩恩知府岑瑛聞于朝。按問，乃鈞州人楊行祥，年已九十餘，下獄，閲四月死。同謀僧十二人，皆戍遼東。自後滇、黔、巴、蜀間，相傳有帝為僧時往來跡。正德、萬曆、崇禎間，諸臣請續封帝后，及加廟謚，皆下部議，不果行。大清乾隆元年，詔廷臣集議，追諡曰恭閔惠皇帝。
