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初，祖宗時，差役行久生弊，編戶充役者不習其役，又虐使之，多致破產，狹鄉民至有終歲不得息者。王安石相神宗，改為免役，使戶差高下出錢僱役，行法者過取，以為民病。司馬光為相，知免役之害，不知其利，欲復差役，差官置局，軾與其選。軾曰：「差役、免役，各有利害。免役之害，掊斂民財，十室九空，斂聚于上而下有錢荒之患。差役之害，民常在官，不得專力於農，而貪吏猾胥得緣為奸。此二害輕重，蓋略等矣。」光曰：「于君何如？」軾曰：「法相因則事易成，事有漸則民不驚。三代之法，兵農為一，至秦始分為二，及唐中葉，盡變府兵為長征之卒。自爾以來，民不知兵，兵不知農，農出谷帛以養兵，兵出性命以衛農，天下便之。雖聖人復起，不能易也。今免役之法，實大類此。公欲驟罷免役而行差役，正如罷長征而復民兵，蓋未易也。」光不以為然。軾又陳於政事堂，光忿然。軾曰：「昔韓魏公刺陝西義勇，公為諫官，爭之甚力，韓公不樂，公亦不顧。軾昔聞公道其詳，豈今日作相，不許軾盡言耶？」光笑之。尋除翰林學士。
二年，兼侍讀。每進讀至治亂興衰、邪正得失之際，未嘗不反覆開導，覬有所啟悟。哲宗雖恭默不言，輒首肯之。嘗讀祖宗《寶訓》，因及時事，軾歷言：「今賞罰不明，善惡無所勸沮；又黃河勢方北流，而強之使東；夏人入鎮戎，殺掠數萬人，帥臣不以聞。每事如此，恐浸成衰亂之漸。」
軾嘗鎖宿禁中，召入對便殿，宣仁後問曰：「卿前年為何官？」曰：「臣為常州團練副使。」。曰：「今為何官？」曰：「臣今待罪翰林學士。」曰：「何以遽至此？」曰：「遭遇太皇太后、皇帝陛下。」曰：「非也。」曰：「豈大臣論薦乎？」曰：「亦非也。」軾驚曰：「臣雖無狀，不敢自他途以進。」曰：「此先帝意也。先帝每誦卿文章，必嘆曰：‘奇才，奇才！’但未及進用卿耳。」軾不覺哭失聲，宣仁後與哲宗亦泣，左右皆感涕。已而命坐賜茶，徹禦前金蓮燭送歸院。
三年，權知禮部貢舉。會大雪苦寒，士坐庭中，噤未能言。軾寬其禁約，使得盡技。巡鋪內侍每摧辱舉子，且持暖昧單詞，誣以為罪，軾盡奏逐之。
四年，積以論事，為當軸者所恨。軾恐不見容，請外，拜龍圖閣學士、知杭州。未行，諫官言前相蔡確知安州，作詩借郝處俊事以譏太皇太后。大臣議遷之嶺南。軾密疏：「朝廷若薄確之罪，則于皇帝孝治為不足；若深罪確，則于太皇太后仁政為小累。謂宜皇帝敕置獄逮治，太皇太后出手詔赦之，則于仁孝兩得矣。」宣仁後心善軾言而不能用。軾出郊，用前執政恩例，遣內侍賜龍茶、銀合，慰勞甚厚。
既至杭，大旱，饑疫並作。軾請于朝，免本路上供米三之一，復得賜度僧牒，易米以救饑者。明年春，又減價糶常平米，多作饘粥藥劑，遣使挾醫分坊治病，活者甚眾。軾曰：「杭，水陸之會，疫死比他處常多。」乃裒羡緡得二千，復發橐中黃金五十兩，以作病坊，稍畜錢糧待之。
杭本近海，地泉咸苦，居民稀少。唐刺史李泌始引西湖水作六井，民足於水。白居易又浚西湖水入漕河，自河入田，所溉至千頃，民以殷富。湖水多葑，自唐及錢氏，歲輒浚治，宋興，廢之，葑積為田，水無幾矣。漕河失利，取給江潮，舟行市中，潮又多淤，三年一淘，為民大患，六井亦幾于廢。軾見茅山一河專受江潮，鹽橋一河專受湖水，遂浚二河以通漕。復造堰閘，以為湖水畜泄之限，江潮不復入市。以餘力復完六井，又取葑田積湖中，南北徑三十里，為長堤以通行者。吳人種菱，春輒芟除，不遣寸草。且募人種菱湖中，葑不復生。收其利以備修湖，取救荒餘錢萬緡、糧萬石，及請得百僧度牒以募役者。堤成，植芙蓉、楊柳其上，望之如畫圖，杭人名為蘇公堤。
杭僧淨源，舊居海濱，與舶客交通，舶至高麗，交譽之。元豐末，其王子義天來朝，因往拜焉。至是，淨源死，其徒竊持其像，附舶往告。義天亦使其徒來祭，因持其國母二金塔，雲祝兩宮壽。軾不納，奏之曰：「高麗久不入貢，失賜予厚利，意欲求朝，未測吾所以待之厚薄，故因祭亡僧而行祝壽之禮。若受而不答，將生怨心；受而厚賜之，正墮其計。今宜勿與知，從州郡自以理卻之。彼庸僧猾商，為國生事，漸不可長，宜痛加懲創。」朝廷皆從之。未幾，貢使果至，舊例，使所至吳越七州，費二萬四千餘緡。軾乃令諸州量事裁損，民獲交易之利，無復侵撓之害矣。
浙江潮自海門東來，勢如雷霆，而浮山峙于江中，與漁浦諸山犬牙相錯，洄洑激射，歲敗公私船不可勝計。軾議自浙江上流地名石門，並山而東，鑿為漕河，引浙江及溪谷諸水二十餘里以達于江。又並山為岸，不能十里以達龍山大慈浦，自浦北折抵小嶺，鑿嶺六十五丈以達嶺東古河，浚古河數里達于龍山漕河，以避浮山之險，人以為便。奏聞，有惡軾者，力沮之，功以故不成。
軾復言：「三吳之水，瀦為太湖，太湖之水，溢為松江以入海。海日兩潮，潮濁而江清，潮水常欲淤塞江路，而江水清駛，隨輒滌去，海口常通，則吳中少水患。昔蘇州以東，公私船皆以篙行，無陸輓者。自慶歷以來，松江大築輓路，建長橋以阨塞江路，故今三吳多水，欲鑿輓路、為十橋，以迅江勢」。亦不果用，人皆以為恨。軾二十年間再蒞杭，有德於民，家有畫像，飲食必祝。又作生祠以報。
六年，召為吏部尚書，未至。以弟轍除右丞，改翰林承旨。轍辭右丞，欲與兄同備從官，不聽。軾在翰林數月，復以讒請外，乃以龍圖閣學士出知潁州。先是，開封諸縣多水患，吏不究本末，決其陂澤，注之惠民河，河不能勝，致陳亦多水。又將鑿鄧艾溝與潁河並，且鑿黃堆欲注之於淮。軾始至潁，遣吏以水平準之，淮之漲水高於新溝幾一丈，若鑿黃堆，淮水顧流潁地為患。軾言于朝，從之。
郡有宿賊尹遇等，數劫殺人，又殺捕盜吏兵。朝廷以名捕不獲，被殺家復懼其害，匿不敢言。軾召汝陰尉李直方曰：「君能禽此，當力言于朝，乞行優賞；不獲，亦以不職奏免君矣。」直方有母且老，與母訣而後行。乃緝知盜所，分捕其黨與，手戟刺遇，獲之。朝廷以小不應格，推賞不及。軾請以己之年勞，當改朝散郎階，為直方賞，不從。其後吏部為軾當遷，以符會其考，軾謂已許直方，又不報。
七年，徙揚州。舊發運司主東南漕法，聽操舟者私載物貨，征商不得留難。故操舟者輒富厚，以官舟為家，補其敝漏，且周船伕之乏，故所載率皆速達無虞。近歲一切禁而不許，故舟弊人困，多盜所載以濟饑寒，公私皆病。軾請複舊，從之。未閲歲，以兵部尚書召兼侍讀。
是歲，哲宗親祀南郊，軾為鹵簿使，導駕入太廟。有赭繖犢車並青蓋犢車十餘爭道，不避儀仗。軾使禦營巡檢使問之，乃皇后及大長公主。時御史中丞李之純為儀仗使，軾曰：「中丞職當肅政，不可不以聞之。」純不敢言，軾于車中奏之。哲宗遣使賫疏馳白太皇太后，明日，詔整肅儀衛，自皇后而下皆毋得迎謁。尋遷禮部兼端明殿、翰林侍讀兩學士，為禮部尚書。高麗遣使請書，朝廷以故事盡許之。軾曰：「漢東平王請諸子及《太史公書》，猶不肯予。今高麗所請，有甚于此，其可予乎？」不聽。
