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元昊介契丹為援，強邀索無厭，宰相晏殊等厭兵，將一切從之。琦陳其不便，條所宜先行者七事：一曰清政本，二曰念邊計，三曰擢材賢，四曰備河北，五曰固河東，六曰收民心，七曰營洛邑。繼又陳救弊八事，欲選將帥，明按察，豐財利，遏僥倖，進能吏，退不才，謹入官，去冗食。謂：「數者之舉，謗必隨之，願委計輔臣，聽其注措。」帝悉嘉納。遂宣撫陝西，討平群盜張海、郭邈山；禁卒羸老不任用者，悉汰之；盡修鄜延城障，須敵悉歸所侵地，乃許和。歸陳西北四策，以為：「今當以和好為權宜，戰守為實務。請繕甲厲兵，營修都城，密定討伐之計。」
時二府合班奏事，琦必盡言，雖事屬中書，亦指陳其實。同列或不悅，帝獨識之，曰：「韓琦性直。」琦與范仲淹、富弼皆以海內人望，同時登用，中外跂想其勛業。仲淹等亦以天下為己任，群小不便之，毀言日聞。仲淹、弼繼罷，琦為辨析，不報。尹洙與劉滬爭城水洛事，琦右洙，朝論不謂然。乃請外，以資政殿學士知揚州，徙鄆州、成德軍、定州。兼安撫使，進大學士，又加觀文殿學士。
初，定州兵狃平貝州功，需賞賚，出怨語，至欲噪城下。琦聞之，以為不治且亂，用軍制勒習，誅其尤無良者。士死攻戰，則賞賻其家，籍其孤嫠繼稟之，威恩並行。又仿古三陣法，日月訓齊之，由是中山兵精勁冠河朔。京師發龍猛卒戍保州，在道為人害，至定，琦悉留不遣，易素教者使之北，又振活饑民數百萬。璽書褒激，鄰道視以為準。
拜武康軍節度使、知并州。承受廖浩然，怙中貴勢貪恣，既誣逐前帥李昭亮，所為益不法，琦奏還之，帝命鞭諸本省。契丹冒占天池廟地，琦召其酋豪，示以曩日彼所求修廟檄，無以對，遂歸我斥地。既又侵耕陽武砦地，琦鑿塹立石以限之。始，潘美鎮河東，患寇鈔，令民悉內徙，而空塞下不耕，於是忻、代、寧化、火山之北多廢壤。琦以為此皆良田，今棄不耕，適足以資敵，將皆為所有矣。遂請距北界十里為禁地，其南則募弓箭手居之，墾田至九千六百頃。久之，求知相州。
嘉祐元年，召為三司使，未至，迎拜樞密使。三年六月，拜同中書門下平章事、集賢殿大學士。六年閏八月，遷昭文館大學士、監修國史，封儀國公。帝既連失三王，自至和中病疾，不能禦殿。中外惴恐，臣下爭以立嗣固根本為言，包拯、范鎮尤激切。積五六歲，依違未之行，言者亦稍怠。至是，琦乘間進曰：「皇嗣者，天下安危之所繫。自昔禍亂之起，皆由策不早定。陛下春秋高，未有建立，何不擇宗室之賢者，以為宗廟社稷計？」帝曰：「後宮將有就館者，姑待之。」已又生女。
一日，琦懷《漢書·孔光傳》以進，曰：「成帝無嗣，立弟之子。彼中材之主，猶能如是，況陛下乎。願以太祖之心為心，則無不可者。」又與曾公亮、張昇、歐陽修極言之。會司馬光、呂誨皆有請，琦進讀二疏，未及有所啟，帝遽曰：「朕有意久矣，誰可者？」琦皇恐對曰：「此非臣輩所可議，當出自聖擇。」帝曰：「宮中嘗養二子，小者甚純，近不慧，大者可也。」琦請其名，帝以宗實告。宗實，英宗舊名也。琦等遂力贊之，議乃定。
英宗居濮王喪，議起知宗正。琦曰：「事若行，不可中止。陛下斷自不疑，乞內中批出。」帝意不欲宮人知，曰：「只中書行足矣。」命下，英宗固辭。帝復問琦，琦對曰：「陛下既知其賢而選之，今不敢遽當，蓋器識遠大，所以為賢也。願固起之。」英宗既終喪，猶堅臥不起。琦言：「宗正之命初出，外人皆知必為皇子，不若遂正其名。」乃下詔立為皇子。明年，英宗嗣位，以琦為仁宗山陵使，加門下侍郎，進封衛國公。
琦既輔立英宗，門人親客，或從容語及定策事，琦必正色曰：「此仁宗聖德神斷，為天下計，皇太后內助之力，臣子何與焉。」英宗暴得疾，太后垂簾聽政。帝疾甚，舉措或改常度，遇宦官尤少恩。左右多不悅者，乃共為讒間，兩宮遂成隙。琦與歐陽修奏事簾前，太后嗚咽流涕，具道所以。琦曰：「此病固爾，病已，必不然。子疾，母可不容之乎？」修亦委曲進言，太后意稍和，久之而罷。後數日，琦獨見上，上曰：「太后待我無恩。」琦對曰：「自古聖帝明王，不為少矣。然獨稱舜為大孝，豈其餘盡不孝耶？父母慈愛而子孝，此常事不足道；惟父母不慈，而子不失孝，乃為可稱。但恐陛下事之未至爾，父母豈有不慈者哉。」帝大感悟。及疾愈，琦請乘輿因禱雨具素服以出，人情乃安。太后還政，拜琦右仆射，封魏國公。
夏人寇大順，琦議停歲賜，絶和市，遣使問罪。樞密使文彥博難之，或舉寶元、康定事，琦曰：「諒祚，狂童也，非有元昊智計，而邊備過當時遠甚。亟詰之，必服。」既而諒祚上表謝，帝顧琦曰：「一如所料。」帝寢疾，琦入問起居，言曰：「陛下久不視朝，願早建儲，以安社稷。」帝頷之，即召學士草制，立潁王。
神宗立，拜司空兼侍中，為英宗山陵使。琦執政三世，或病其專。御史中丞王陶劾琦不赴文德殿押班為跋扈。琦請去，帝為黜陶。永厚陵復土，琦不復入中書，堅辭位。除鎮安武勝軍節度使、司徒兼侍中、判相州。入對，帝泣曰：「侍中必欲去，今日已降制矣。」賜興道坊宅一區，擢其子忠彥秘閣校理。琦辭兩鎮，乃但領淮南。
會種諤擅取綏州，西邊俶擾，改判永興軍，經略陝西。琦言：「邊臣肆意妄作，棄約基亂，願召二府亟決之。」琦入辭，曾公亮等方奏事，乞與琦同議。帝召之，琦曰：「臣前日備員政府，所當共議。今日，藩臣也，不敢預聞。」又言：「王陶指臣為跋扈，今陛下乃舉陝西兵柄授臣，復有劾臣如陶者，則臣赤族矣。」帝曰：「侍中猶未知朕意邪？」琦初言綏州不當取，已而夏人誘殺楊定，琦復言，賊既如此，綏今不可棄。」樞密院以初議詰之，琦具論其故，卒存之。
熙寧元年七月，復請相州以歸。河北地震、河決，徒判大名府，充安撫使，得便宜從事。王安石用事，出常平使者散青苗錢。琦亟言之。帝袖其疏以示宰臣，曰：「琦真忠臣，雖在外，不忘王室。朕始謂可以利民，今乃害民如此。且坊郭安得青苗，而亦強與之乎？」安石勃然進曰：「苟從其欲，雖坊郭何害。」明日，稱疾不出。當是時，新法幾罷，安石復出，持前議益堅。琦又懇奏，安石下之條例司，令其屬疏駁，刊石頒天下。琦申辨愈切，不克從。於是請解四路安撫使，止領一路，安石欲沮琦，即從之。六年，還判相州。
契丹來求代北地，帝手詔訪琦，琦奏言：
臣觀近年以來，朝廷舉事，似不以大敵為恤。彼見形生疑，必謂我有圖復燕南意，故引先發制人之說，造為釁端。所以致疑，其事有七：高麗臣屬北方，久絶朝貢，乃因商舶誘之使來，契丹知之，必謂將以圖我。一也。強取吐蕃之地以建熙河，契丹聞之，必謂行將及我。二也。遍植榆柳于西山，冀其成長以制蕃騎。三也。創團保甲。四也。諸州築城鑿池。五也。置都作院，頒弓刀新式，大作戰車。六也。置河北三十七將。七也。契丹素為敵國，因事起疑，不得不然。
