一段時間的虛情假意的休戰不過是為了商討更有效的指責和除掉這位大主教的計謀。一個在提奧菲盧斯授意和遙控下的人數眾多的東部高級教士大會，不管是非曲直，公然肯定過去的判決仍然有效；於是一支野蠻人的部隊開進了該城，以鎮壓人民的反抗情緒。在一個復活節之夜，浸禮會的領導機構遭到了那些士兵的粗暴破壞，他們嚇壞了那些羞怯的赤身露體正進行洗禮的人，並由於他們的介入完全破壞了基督教禮拜活動的神秘性。阿爾薩基烏斯當即佔據了聖索菲亞大教堂和該教區的主教寶座。正統基督教徒們只得撤退到君士坦丁堡的一些浴場，後來又撤到了野外，這時卻仍然受到兵士、主教和行政官員們的追捕和凌辱。克里索斯托姆第二次，也是最後一次被放逐的那不幸的一天，大教堂、元老院及其附近的建築都燃起了大火；這場大災難，有人認為是被迫害的教派在忍無可忍中所為，此說雖無證據，卻頗有可能性。
西塞羅可能因自己自願流放而維持住了共和國的和平自認為有功；但克里索斯托姆的服從卻是一個基督教徒和一個臣民不可推卸的責任。執拗的皇后拒不接受他謙恭的請求，希望讓他到庫濟庫斯或尼科米底亞定居，卻決定以小亞美尼亞塔爾蘇斯山陵中遙遠、荒涼的庫庫蘇斯鎮作為他的流放地。暗中希望這位大主教在那夏季的炎熱中穿越小亞細亞幾個省份的
70天艱難、危險的旅程，其間還會不斷受到充滿敵意的伊索里亞人和更對他有刻骨仇恨的僧人們的憤怒襲擊的威脅，必將置他于死地。但是克里索斯托姆安全到達了他將被拘禁的地方；而且他在庫庫蘇斯和附近的阿拉比蘇斯所度過的
3年是他一生中最後的，也是最光輝的
3年。由於他的不在位和所受迫害，他的品格被神化；人們不再記得他任職期間的失誤；而只是異口同聲讚揚他的才智與美德：整個基督教世界都以敬仰的心情注視着那塔爾蘇斯山區的一塊沙漠地帶。
不幸的遭遇更激勵了這位大主教的頭腦，使他思想活躍，他在那與世隔絶的地方一直與最遙遠的省份保持着嚴肅認真的、頻繁的書信來往；規勸那些作為他的忠實的追隨者的各地會眾堅持自己的信念；敦促拆毀腓尼基的神廟，消除在塞普路斯島上的異端；把自己管轄的教區範圍擴展到波斯和西徐亞教會；通過自己的特權與羅馬教皇及霍諾留皇帝進行談判；並大膽地從一個不公正的宗教會議一直上訴到最高權力機關，自由的全國性會議。這位非同一般的流放犯仍保持清醒的頭腦；但他的被拘禁的身體卻只能聽任那些繼續濫用阿爾卡狄烏斯的名義和權威的壓迫者們肆意報復。一道命令要求立即將克里索斯托姆遷往皮提烏斯最邊遠的沙漠地帶去：他的看守們忠實地執行了那無比殘酷的命令，致使他在尚未到達黑海岸邊之前，在本都的科馬納去世，享年
60歲。後來的一代人全都公開承認他的清白和功德。
東部的大主教們，應該以他們的前任曾與克里索斯托姆為敵而感到羞愧，都被堅決致力於為那崇高的名字恢復榮譽的羅馬教皇逐漸免去了職務。
他的遺骨，在他死去
3年後，在君士坦丁堡的教士和人民的懇求下，被從那荒涼的墓地遷移到了都城。提奧多西皇帝一直趕到卡爾西頓去迎接他的遺骨；他俯伏在棺木上，以他有罪的父母，阿爾卡狄烏斯和葉夫多基亞的名義，請求得到這位受害的聖徒的寬恕。
阿爾卡狄烏斯之死及小提奧多西的繼位然而我們也有理由懷疑，從阿爾卡狄烏斯身上是否也有什麼罪惡的污點遺傳給他的繼承人了。
葉夫多基亞是一個年輕貌美的女人，她放縱自己的情慾而又厭惡自己的丈夫：約翰伯爵至少和這位皇后過從甚密；公眾都認為他才是小提奧多西的真正的父親。不過，這兒子的出生卻被虔誠的丈夫看作是對他本人，他的家庭和東部世界的一件無比幸運和榮耀的事：這位幼小的皇子被破格授予愷撒和奧古斯都的稱號。此後不到
4年，正處于青春年華的葉夫多基亞被一次流產奪去了性命；而她的意外去世粉碎了一位神聖主教的預言，他在那普遍歡慶的日子裡曾大膽預言她將目睹自己傑出的兒子長久而昌盛的統治。正統基督教民歡呼上天公正無私，為她對克里索斯托姆的無端迫害報了冤仇；而皇帝也許是對傲慢而貪婪的葉夫多基亞的死唯一真正感到悲痛的人。
這一家庭的不幸對他的打擊更甚于那東部的公眾災難——伊索里亞匪幫猖狂地在從本都到巴基斯坦一帶騷擾，他們的消遙法外表明了政府的軟弱；此還有地震、火災、饑荒和蝗蟲災害，不滿的人民群眾同樣都歸之於君王的無能。最後，在阿爾卡狄烏斯
31歲之際，在他統治了（如果我們可以濫用這個詞的話）
13年
3個月零
15天之後，他終於死於君士坦丁堡的皇宮之中。
我們無法概括他的人品；因為在一個充滿豐富史料的時期，一直都無法弄清哪一件行動確屬偉大的老提奧多西的兒子所為。
歷史學家普羅科皮烏斯倒真曾以一絲人類的機智，或上天的智慧之光照亮垂死的皇帝的心。
阿爾卡狄烏斯開始一想到他的才不過
7歲的兒子的困難處境，他那十分危險的少年氣盛，以及虎視眈眈的波斯君王耶茲德格爾德，就不免憂心忡忡。但他並不曾以分享至高領導權的辦法以誘使這個懷有野心的臣民歸順，卻是大膽地求助于一個國王的寬宏大量，通過一份莊嚴的遺囑，把東部的統治權直接交到耶茲德格爾德手中。
皇家衛隊以前所未有的忠誠接受並完成了這一光榮使命；於是幼小的提奧多西受到了波斯的武力和議會的保護。這是普羅科皮烏斯所作的一段獨特的描述；儘管阿加提阿斯曾表示不同意他的論斷，嘲笑一位基督教徒皇帝不該如此糊塗，雖很幸運，卻十分冒失地將自己的兒子和統治權放心交託給一個信仰不明的陌生人，一個敵對者，一個異教徒，但對這話的真實性卻並未表示異議。在事隔
150年後，這一政治問題有可能會在查士丁尼的宮廷中加以辯論；但一位審慎的歷史學家，在沒有弄清阿爾卡狄烏斯的遺囑是否真實之前，便不會去研究它是否恰當。由於這是在世界歷史中絶無僅有的一個例子，我們有理由要求，必須得到當代人對它積極、一致的證實才能作準。這段使我們感到可疑的新奇事件必然也曾引起他們的注意；而他們的普遍沉默實際已徹底否定了後代的虛構的傳說。
如果羅馬法律學有關私有財產的某些格言也可以適用於公共事務的治理，那便應該判定讓雷諾留皇帝至少在他的侄兒未滿
14歲以前一直照管着他。但是，霍諾留的軟弱無能以及他統治時期頻繁的災難卻使他難以履行這責無旁貸的職責；而這兩個王國，不論在利害關係上還是在感情上，又是如此彼此隔離，以致君士坦丁堡更願意聽命于波斯，而不願聽命于意大利宮廷。在一位以外表的男子氣概掩蓋其無能的君主的統治下，一些下流的寵臣可能正暗中爭奪宮廷中的帝國，並對那些順從的省份發佈聽他們指揮並遭他們厭惡的君主的命令。
一個孩子既不能以皇家的名義使他的大臣們獲得地位，他們便必然會自己設法得到並行使着獨立的權威。那些在阿爾卡狄烏斯去世前被任命的政府和軍隊的高級官員於是形成了一種可能使他們想到自由共和國的寡頭政治；而東部帝國的政府卻幸運地落入省長安特彌烏斯手中。
