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關於聖體的合與分問題在基督教內部的紛爭也在正統基督教學者們之間愈演愈烈了；而這個形而上學的論爭大多逐步擴大以致在希臘教會和拉丁教會之間形成公開的永久性的分裂之勢。由於一次特別宗教會議的明智（這次會議由於使用了阿塔納西烏斯的名義和他親自參加而具有宗教大會的權威性），所有那些一時不小心誤入歧途的主教們，只要簡單地在尼斯信條上簽個字，就可以並不需正式承認過去的錯誤，也不對他們原來所持的學術意見加以深究，便可以恢復教內活動。埃及大主教的建議早已使高盧和西班牙，意大利和希臘的教士們對接受這種健康的措施有所準備了；同時，儘管還有一些強硬派堅決反對，對於一個共同的敵人的恐懼，卻增進了基督教內部的和平和協調。
這位埃及大主教憑着他的高明的手段和努力，在皇帝的敵對性的敕令對局勢進行干預以前，已設法使和平局面更為穩定下來。
一直厭惡基督教徒的尤利安把他的發自內心的特有憎恨全不客氣地加在阿塔納西烏斯的頭上。完全為了他的緣故，他隨意作出了一種至少是與他過去發佈的宣言相牴觸的區分。他堅持說他曾下令從流放地召回的加利利人並不能依靠那次普遍的寬恕便全可以恢復原來在教會的領導職位了；他對一個曾由多位皇帝判刑的罪犯，竟敢無視法律的尊嚴，不等得到君主的命令便狂妄地擅自登上亞歷山大里亞大主教最高寶座的行徑感到震驚。作為對這一莫須有的罪名的懲罰，他再次將阿塔納西烏斯逐出該城；並由於自己想到他這一正義舉動必然會得到他的虔誠的臣民們的擁護而甚為高興。然而，人民接連提出的強烈要求很快就使他明白了，亞歷山大里亞的大部分人都是基督教徒；而大部分基督教徒都是堅決和這位受盡苦難的大主教的事業連繫在一起的。
但弄明白了他們的真實思想並沒有使他收回成命，卻是反使他變本加厲把他流放阿塔納西烏斯的命令擴大為適用於整個埃及。廣大人民群眾的宗教熱情使得尤利安變得更加一意孤行：他對於讓一位敢作敢為並深得人心的領導人來作為一個已經十分混亂的城市的首領可能產生的危險十分驚恐，他的那些憤怒的言詞不免露出他對阿塔納西烏斯的勇氣和能力的真實看法。
這道命令，由於埃及的省長埃克狄烏斯的謹慎或疏忽，一直拖延着，直到一次嚴厲的斥責使他從迷糊中清醒過來。
尤利安說，“儘管你在其它一些問題上也沒有及時向我報告情況，至少你有責任告訴我，你在對待眾神的敵人阿塔納西烏斯的問題上改採取的態度。我早已把我的意圖告訴過你。我以塞拉皮斯的名義起誓，如果在
12月裡阿塔納西烏斯還不曾離開亞歷山大里亞，不，還不曾離開埃及，我將對你的政府的官員罰款
100磅黃金。我的脾氣你是知道的，我不輕易責罵人，但更不輕易饒恕人。
”為了強調問題的嚴重性，這封書信的最後還加上了皇帝親筆寫的一段附言，“這種對眾神的輕慢態度使我非常悲傷和氣憤，沒有什麼能比我看到，也沒有什麼能比我聽到阿塔納西烏斯被趕出整個埃及更使我感到快慰的了。
這個可厭的惡棍，在我的統治下有幾位身份極高的婦女接受了洗禮，這都是他進行宗教迫害的結果。”他並沒有明確命令將阿塔納西烏斯處死，但埃及省長很清楚，在執行這位盛怒的君主的命令時，過比不及對他來說安全得多。這位大主教謹慎地隱退到大沙漠中的幾座修道院裡去；靠他一貫的機智巧妙地避開了敵人設下的圈套；勝利地活下去直到他看到皇帝的死，這皇帝曾用最惡毒的語言宣稱，他相信所有加利利派的毒箭都集中于阿塔納西烏斯一身。
這裡，我儘力忠實地敘述了尤利安試圖採用的，不使自己蒙受進行迫害的罪責或惡名，但能收迫害實效的整套如意算盤。但是，如果那就是那種必置對手于死地的宗教狂熱精神毒害了一位仁德的君王的心和意識，那我們同時也必須承認，基督教徒所遭受到的真正苦難是由於人的激情和宗教狂熱所造成的。
最原始的傳播福音的使徒所具有的溫良、恭順的美德對他們的後繼者來說，只是一種值得讚頌的品德，而並非效法的榜樣。現在已掌管帝國的行政和宗教管理機構達
40餘年之久的執政的基督教徒，已染上了在順境中常會滋生的狂傲的惡習，並習慣于相信，只有聖徒才有資格統治世界。
懷有敵意的尤利安決定剝奪掉君士坦丁的仁厚慷慨給與一些教士的特權，他們便立即大叫遭受到了最殘酷的迫害；而對崇拜偶像者和異端傳播者的廣泛寬容卻被正統基督教教派看作是可悲的不能容忍的事。對於暴力活動，雖然行政官員們已不再縱容，但帶有宗教狂熱的人民卻仍在繼續進行。
在佩西努斯，塞貝勒的祭壇几乎是當着皇帝的面被推翻了；在卡帕多西亞的愷撒里亞城，異教徒們僅剩的幾處作禮拜的場所，命運之神神殿也被憤怒的群眾在騷亂中搗毀。在這種種情況之下，一位關心眾神榮譽的皇帝也還沒有想到要干預正常的司法程序，而當他發現那些理應並實際受到縱火犯的懲罰的宗教狂熱分子卻被尊為殉教烈士時，他實在感到難以忍受了。
尤利安治下的基督教臣民都清楚地知道他們的君王一心和他們為敵；而他們也更止不住擔心，他們的政府不論出現何種情況都可以成為對他們不滿和懷疑的理由。在正常的司法活動中，在整個人口中所占比例如此之大的基督教教徒自然必有人常被判刑；但他們的更為寬容的弟兄們卻對問題的是非曲直不加深究，認定他們無罪，承認他們的要求，並把法官的嚴厲判決說成是出於惡毒偏見和宗教迫害。眼前的這些雖似已難以忍受的苦難被說成不過是一場即將到來的大災難來臨前的小小的序幕。基督教教徒們把尤利安看成是一個凶殘而狡猾的暴君，他把他將進行的報復行動，等待從波斯戰場上得勝歸來後再動手。他們想著，一旦他打敗了羅馬的國外的敵人凱旋歸來，他就將拋棄那令人厭煩的偽裝，各大競技場上將會流淌着隱士和主教的鮮血；那些仍然公開堅持自己信仰的基督教教徒將被剝奪掉一切人身權利和社會權利。一切可以用來損傷這位背教者的名聲的惡言惡語將被他的充滿恐懼和憎恨的反對者到處傳播，並全都信以為真；他們的考慮不周的喧閙聲完全激怒了一位從職責上講他們應當尊敬，從利益上講他們應儘力討好的君王。他們仍公開叫嚷，他們能用以反對這位暴君的武器只有祈禱和眼淚，他們已將這位暴君的頭交給了正義的被激怒的上天去處置。但他們卻同時懷着陰鬱的決心暗示說，他們的順從已不再是懦弱的表現；在這人的品德尚不夠完善的情況下，依原則而產生的人的耐心，完全可以在長期受迫害中耗盡。我們無法斷定，尤利安使自己的理性和人道主義精神在何種程度上屈從於他自己的宗教狂熱；但是，只要認真想一想基督教會強大的精神力量，我們就必將深深相信，不等這位皇帝能夠完全消滅基督教教會，他便必將使他的國家捲入可怕的內戰之中。
第二十四章約維安的當選。尤利安之死及其反響。
在與波斯的交戰中，尤利安取得一定的勝利。然而他卻被迫撤退，在底格里斯河對岸的一次關鍵性戰役中，他身受重傷。他于
363年
6月
26日去世。
