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成帝咸和三年，蘇峻覆亂京都，溫嶠等入伐，立行廟于白石，告先帝先後曰：「逆臣蘇峻，傾覆社稷，毀棄三正，污辱海內。臣亮等手刃戎首，龔行天罰。惟中宗元皇帝、肅祖明皇帝、明穆皇后之靈，降鑒有罪，剿絶其命，翦此群凶，以安宗廟。臣等雖隕首摧軀，猶生之年。」咸康七年五月，始作武悼皇后神主，祔于廟，配饗世祖。成帝崩而康帝承統，以兄弟一世，故不遷京兆，始十一室也。康帝崩，京兆遷入西儲，同謂之祧，如前三祖遷主之禮。故正室猶十一也。穆帝崩而哀帝、海西併為兄弟，無所登降。咸安之初，簡文皇帝上繼元皇帝，世秩登進。於是潁川、京兆二主，復還昭穆之位。至簡文崩，潁川又遷。孝武皇帝太元十六年，改作太廟，殿正室十六間，東西儲各一間，合十八間。棟高八丈四尺，堂基長三十九丈一尺，廣十丈一尺。堂集方石，庭以磚。尊備法駕，遷神主於行廟。征西至京兆四主，及太子太孫，各用其位之儀服。四主不從帝者之儀，是與太康異也。諸主既入廟，設脯醢之奠。及新廟成，帝主還室，又設脯醢之奠。十九年二月，追尊簡文母會稽太妃鄭氏為簡文皇帝宣太后，立廟太廟道西。及孝武崩，京兆又遷，如穆帝之世四祧故事。安帝隆安四年，以孝武母簡文李太后、帝母宣德陳太后祔于宣鄭太后之廟。
元興三年三月，宗廟神主在尋陽，已立新主于太廟，權告義事。四月，輔國將軍何無忌奉送神主還。丙子，百官拜迎于石頭。戊寅，入廟。安帝崩，未及禘，而天祿終焉。
宋武帝初受晉命為宋王，建宗廟于彭城，依魏、晉故事，立一廟。初祠高祖開封府君、曾祖武原府君、皇祖東安府君、皇考處士府君、武敬臧後，從諸侯五廟之禮也。既即尊位，及增祠七世右北平府君、六世相國掾府君為七廟。永初初，追尊皇考處士為孝穆皇帝，皇妣趙氏為穆皇后。三年，孝懿蕭皇后崩，又祔廟。高祖崩，神主升廟，猶從昭穆之序，如魏、晉之制，虛太祖之位也。廟殿亦不改構，又如晉初之因魏也。文帝元嘉初，追尊所生胡婕妤為章皇太后，立廟西晉宣太后地。孝武昭太后、明帝宣太后並祔章太后廟。
晉元帝太興三年正月乙卯，詔曰：「吾雖上繼世祖，然于懷、愍皇帝，皆北面稱臣。今祠太廟，不親執觴酌，而令有司行事，於情禮不安。可依禮更處。」太常華恆議：「今聖上繼武皇帝，宜準漢世祖故事，不親執觴爵。」又曰：「今上承繼武帝，而廟之昭穆，四世而已。前太常賀循、博士傅純以為惠、懷及愍宜別立廟。然臣愚謂廟室當以客主為限，無拘常數。殷世有二祖三宗，若拘七室，則當祭禰而已。推此論之，宜還復豫章、潁川，全祠七廟之禮。」驃騎長史溫嶠議：「凡言兄弟不相入廟，既非禮文。且光武奮劍振起，不策名于孝平，豫神其事，以應九世之讖；又古不共廟，故別立焉。今上以策名而言，殊于光武之事，躬奉烝嘗，于經既正，於情又安矣。太堂恆欲還二府君以全七世，嶠謂是宜。」驃騎將軍王導從嶠議。嶠又曰：「其非子者，可直言皇帝敢告某皇帝。又若以一帝為一世，則不祭禰，反不及庶人。」於是帝從嶠議，悉施用之。孫盛《晉春秋》曰：「《陽秋傳》雲，『臣子一例也』。雖繼君位，不以後尊，降廢前敬。昔魯僖上嗣莊公，以友于長幼而升之，為逆。準之古義，明詔是也。」
穆帝永和二年七月，有司奏：「十月殷祭，京兆府君當遷祧室。昔征西、豫章、潁川三府君毀主，中興之初，權居天府，在廟門之西。咸康中，太常馮懷錶續奉還於西儲夾室，謂之為祧，疑亦非禮。今京兆遷入，是為四世遠祖，長在太祖之上。昔周室太祖世遠，故遷有所歸。今晉廟宣皇為主，而四祖居之，是屈祖就孫也。殷袷在上，是代太祖也。」領司徒蔡謨議：「四府君宜改築別室，若未展者，當入就太廟之室。人莫敢卑其祖，文、武不先不窋。殷祭之日，征西東面，處宣皇之上。其後遷廟之主，藏於征西之祧，祭薦不絶。」護軍將軍馮懷錶議：「《禮》，『無廟者，為壇以祭』。可別立室藏之，至殷禘，則祭于壇也。」輔國將軍譙王司馬無忌等議：「諸儒謂太王王季遷主藏於文、武之祧，如此，府君遷主，宜在宣皇帝廟中。然今無寢室，宜變通而改築。又殷袷太廟，征西東面。」尚書郎孫綽與無忌議同，曰：「太祖雖位始九五，而道以從暢，贊人爵之尊，篤天倫之道，所以成教本而光百代也。」尚書郎徐禪議：「《禮》，『去祧為壇，去壇為鸑，歲袷則祭之』。今四祖遷主，可藏之石室。有禱則祭于壇鸑。」又遣禪至會稽訪處士虞喜。喜答曰：「漢世韋玄成等以毀主瘞于園。魏朝議者云應埋兩階之間。且神主本在太廟，若今別室而祭，則不如永藏。又四君無追號之禮，益明應毀而無祭。」於是撫軍將軍會稽王司馬昱、尚書劉劭等奏：「四祖同居西祧，藏主石室，禘袷乃祭，如先朝舊儀。」時陳留范宣兄子問此禮。宣答曰；「舜廟所祭，皆是庶人。其後世遠而毀，不居舜上，不序昭穆。今四君號猶依本，非以功德致禮也。若依虞主之瘞，則猶藏子孫之所；若依夏主之埋，則又非本廟之階。宜思其變，別築一室，親未盡則禘袷，處宣帝之上；親盡則無緣下就子孫之列。」其後太常劉遐等同蔡謨議。博士張憑議：「或疑陳于太祖者，皆其後毀之主。憑案古義，無別前後之文也。禹不先鯀，則遷主居太祖之上，亦可無疑矣。」
