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新教徒的成功最初一日千里，主要因羅耀拉創立耶穌會才受了挫折。羅耀拉原先當過軍人，他的教團是照軍隊榜樣建立的；對總會長必須無條件服從，每一個耶穌會員應當認為自己正從事對異端的戰鬥。早在土倫特宗教會議時，耶穌會人就開始有聲勢。他們有紀律、精明強幹、徹底獻身於事業、善於宣傳。他們的神學正是新教神學的反面；他們否定聖奧古斯丁的教義中為新教徒所強調的那些成分。他們信自由意志，反對豫定說。得救不是僅仗信仰做到的，而靠信仰和功德雙方面。耶穌會人憑佈道熱忱，特別在遠東博得了威信。他們作聽神工的神父受到歡迎，因為（假使巴斯卡爾的話可信）他們除對異端外，比別種教士寬厚慈悲。他們傾注全力辦教育，因而牢牢把握住青年人的心。他們所施的教育在不夾纏着神學的時候，總是無可他求的良好教育。後文要講，他們傳授給笛卡爾的大量數學知識是他在別處學不到的。在政治上，他們是團結而有紀律的單一整體，不避危險，不辭勞苦；他們敦促舊教君主進行殘酷迫害，尾隨着勝利者西班牙軍的戰塵，甚至在享有了將近一個世紀思想自由的意大利，再樹立起異端審判所的恐怖氣氛。
宗教改革和反宗教改革在知識界中的後果，起初純是不良的，但是終局卻是有益的。通過三十年戰爭，人人深信無論新教徒或舊教徒，哪一方也不能獲全勝；統一教義這個中世紀的願望必須放棄，這於是擴大了甚至在種種根本問題上人的獨立思考的自由。不同國家的宗教信條各異，因此便有可能靠僑居外國逃脫迫害。有才能的人由於厭惡神學中的爭鬥，越來越把注意力轉到現世學問，特別轉到數學和自然科學上。一部分由於這些原因，雖然路德興起後的十六世紀在哲學上是個不毛時期，十七世紀卻擁有最偉大人物的名字，標示出希臘時代以來最可注目的進展。這進展由科學開端，下一章就來討論。
第六章
科學的興盛
近代世界與先前各世紀的區別，几乎每一點都能歸源於科學，科學在十七世紀收到了極奇偉壯麗的成功。意大利文藝復興時期雖然不是中古光景，可是也沒有近代氣象；倒比較類似希臘的全盛年代。十六世紀耽溺在神學裡面，中古風比馬基雅弗利的世界還重。按思想見解講，近代從十七世紀開始。文藝復興時期的意大利人，沒一個會讓柏拉圖或亞里士多德感覺不可解；路德會嚇壞托馬斯‧阿奎那，但是阿奎那要理解路德總不是難事。論十七世紀，那就不同了：柏拉圖和亞里士多德、阿奎那和奧卡姆，對牛頓會根本摸不着頭腦。
科學帶來的新概念對近代哲學發生了深刻的影響。笛卡爾在某個意義上可說是近代哲學的始祖，他本人就是十七世紀科學的一個創造者。為了能夠理解近代哲學發源時期的精神氣氛，必須先就天文學和物理學的方法與成果談一談。
在創立科學方面，有四個不同凡響的偉人，即哥白尼、開普勒、伽利略和牛頓。其中哥白尼是屬於十六世紀的人，不過他在生前並沒有什麼威望。
哥白尼（
1473—
1543）是一位波蘭教士，抱著真純無瑕的正統信仰。他在年輕的時候旅居意大利，接受了一些文藝復興氣氛的熏陶。
1500年，他在羅馬獲得數學講師或教授的職位，但是
1503年就回故國，作弗勞恩堡大教堂的僧侶會員。
他的時光有一大部分好像花在抗擊德意志人和改革幣制上面，但是他利用餘暇致力於天文學。他很早就已經相信太陽處在宇宙中央，而地球則作雙重運動，即每日間的自轉和一年一度的繞日迴轉。儘管他也讓大家知道他個人的意見，但由於害怕教會的譴責，他遲遲沒有公開發表。他的主要著作《天體迴轉論》（DeRevolutionibusOrbiumCBlestium）是在他逝世那年（
1543）出版的，附有他的朋友奧羡德寫的一篇序，序裡講太陽中心說無非是當作一個假說提出來的。哥白尼對這點聲明究竟有幾分認可固然不確實知道，但他自己在書的正文中也作了一些類似的聲明，所以這問題不大關緊要。這本書題獻給教皇，在伽利略時代以前逃過了天主教會的正式斷罪。哥白尼生存時代的教會，和土倫特宗教會議、耶穌會人以及復活的異端審判所發揮出作用後的教會相比，算是比較寬大的。
哥白尼的著作的氣氛並不是近代氣氛，也許倒不如說它是一種畢達哥拉斯哲學的氣氛。一切天體運動必是等速圓周運動，這在他認為是公理；而且他也像希臘人一樣，聽任自己為審美上的動機所左右。在他的體系中仍舊有「周轉圓」，只不過其中心是太陽，或說得確切一點，鄰近太陽。太陽不恰在中央，這件事破壞了他的學說的單純性。哥白尼雖然對畢達哥拉斯的理論有耳聞，他似乎並不知道亞里士達克的太陽中心說，但是他的理論當中沒有絲毫東西是希臘的天文學家所不可能想到的。他的成就的重要處在於將地球攆下了幾何學位置獨尊的寶座。從長遠說，這一來基督教神學中賦予人類在宇宙間的重要地位便難以歸到人身上了。但是他的學說所產生的這種後果，哥白尼是不會承認的；他的正統信仰很真誠，他反對認為他的學說與聖經牴觸的看法。
