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阿奎那，不同於他的前輩，他對於亞里士多德哲學確有充分的知識。他的朋友，穆爾貝克人維廉供給他一些希臘文原著的翻譯，而他自己則從事寫一些註釋。在阿奎那以前，人們對於亞里士多德的觀念一直被新柏拉圖主義的附加物所矇蔽而他卻祖述真正的亞里士多德，並厭惡柏拉圖主義，即便是出現在聖奧古斯丁言論中的也不例外。他終於說服教會，使之相信，作為基督教哲學基礎，亞里士多德的體系比柏拉圖體系更為可取，而回教徒，和基督教的阿威羅伊主義者都曾曲解了亞里士多德。依我看來，由亞里士多德《靈魂論》導至阿威羅伊的觀點比導致阿奎那的觀點要自然得多；可是教會自從聖托馬斯之後卻有不同的看法。我可以更進一步說，在許多邏輯和哲學問題上的亞里士多德的觀點，並非定論，而且還已經證明大部分是錯誤的；關於這一點天主教哲學家，和哲學教師們是不許公然宣講的。
聖托馬斯最重要的著作是《異教徒駁議輯要》，寫於公元
1259—
1264年。這書通過和一個尚未皈依基督的假想讀者的辯論來確立其基督教的真理；有人推測這位假想的讀者，是通常被認作精通阿拉伯哲學的那種人。他還寫過一部名叫《神學大全》的書，這書的重要性几乎與前書相等，但它卻不太叫我們感到興趣，因為它的議論不以基督真理為前提者較少。
以下是《異教徒駁議輯要》的一個摘要。
首先讓我們考察一下「智慧」的意義。一個人在某項特定的工作上，例如修建房屋，可能是聰明的；這意味着他通曉達成某種特定目的的方法。但一切特定目的都從屬於宇宙的目的，因而智慧本身是與宇宙的目的相關的。宇宙的目的是知性的善，亦即真理。在這種意義下尋求智慧便是最完善，最崇高，最有益處，和最為愉快的事業。所有這些都靠引據「大哲學家」，即亞里士多德的權威得以證實。
阿奎那說，我的目的是要闡明天主教信仰所宣揚的真理。
但在此，我必須依據自然的理性，因異教徒從不接受經義的權威。可是自然的理性在上帝的事務中卻是缺乏的；它雖能證實信仰中的某些部分，卻不能證實其餘的部分。它能證明上帝的存在和靈魂不死，但不能證明三位一體，道成肉身，和最後的審判。舉凡能論證的，其結果都與基督教信仰一致，而且沒有任何啟示中的事務是和理性相悖謬的。但是把那些能由理性證實的部分信仰和不能證實的部分信仰區別開來卻是重要的。因此這部《輯要》分為四卷，其中的前三卷，除非為了證明啟示與理性求得的結論互相一致時援引啟示以外，一概未對啟示加以援引；只有在第四卷中才論及那些離開啟示就不得而知的事物。
第一步是證明上帝的存在，有些人認為這並不是必要的，因為（他們說）上帝的存在，是自明的。設若我們知道上帝的本質，這個論斷就會是真實的，因為（有如以後所證明）在上帝裡面本質與存在是同一的。但是我們除了極不完備的一點知識外，並不知道上帝的本質。對上帝的本質聰明人比愚昧人知道得多些；而天使卻比二者知道得更多；但是卻沒有一種被造物具有足夠的知識從而能由上帝的本質推論出上帝的存在。由於這種原因本體論的論證遭到了擯斥。
我們必須牢記：能夠證實的宗教真理，同樣可由信仰得知。這些證明是很繁難的，只有那些博學之士才能瞭解；但信仰對於無知者、青年、以及對於從事實際工作無暇學習哲學的人來說也還是必要的。為了這些人，啟示是夠用的了。
有人說人們‧只‧能由信仰得知上帝。他們主張，假如論證的諸原理，有如《分析後篇》所述，是由感覺所產生的經驗而為我們所知，那麼，凡是超越感覺的事物便不能證明了。然而這種持論卻是錯誤的；即使不錯，上帝也還可由他的種種可以感知的作用為人們所認識。
上帝的存在有如在亞里士多德的著作中那樣，是由，非受動的始動者這一論證證明的。世間有些事物只是受動，另外有些事物既能受動又能始動。凡是被推動了的某物都是被某物所推動的，並且，因為不可能漫無止境地往上追溯，所以我們終必會在某一點上逢到一個始動而非受動的某物。這個非受動的始動者就是上帝。也許會有人反對這種論證，因它涉及夙為天主教徒所擯斥的運動永恆性。但這種反對卻是一個錯誤：這種論證建立於運動永恆性的假設上是妥當的，但它卻只是被那對立的假設，即涉及一個起始，也就是一個‧第‧一‧原‧因的假設所增強。
在《神學大全》中，提出五種有關上帝存在的論證。第一，是不受動的始動者的論證正如上述。第二是‧第‧一‧原‧因的論證，同樣基於無限追溯的不可能性。第三，一切必然性必有其最初根源；這和第二個論證大同小異。第四，世界上存在着種種完美的事物，而這些必定淵源於某些至善至美的事物。第五，我們甚至發現很多無生物都在完成一個目的：這個目的必定存在於這些無生事物的外部，因為只有有生事物能有一內在的目的。
