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此外我要提到的，另一個流行頗廣的異端便是瓦勒都教派，他們是彼得‧瓦勒都的信徒。瓦勒都是一個狂信者，他在公元
1170年，發動了一次遵守基督律令的十字軍。他把所有財產都周濟了窮人，並且創立了一個社團名為「里昂窮人」，厲行安貧樂道的生活。最初他們還得到了教皇的嘉許，但由於他們對僧侶的不道德斥責的有些過分，終於在公元
1184年遭到維羅納宗教會議的譴責。此後他們決定凡是善良的人都有資格傳道講經；他們自行指派傳教士並廢除了天主教祭司所行的禮拜儀式。他們傳佈到倫巴底後，又擴展到波希米亞，並在這裡給赫斯教派鋪平了道路。阿勒比占西斯派遭受迫害時他們也受到了影響，他們中間很多人逃往丕德蒙特。密爾頓時代中他們在丕德蒙特遭受迫害時，曾激起詩人寫出「噢，上帝，為遭受屠戮的眾聖徒復仇吧」這首十四行詩。至今在偏僻的阿爾卑斯山谷和美國還有該派的信徒。
所有這些異端都曾引起了教會的驚恐，於是教會採用了強力的手段來進行鎮壓。尹諾森三世認為異端教徒合該處以極刑，因為他們犯了背叛基督的罪。公元
1209年他號召法蘭西王發起一次十字軍以討伐阿勒比占西斯教派。作戰之慘暴令人難以置信；特別是在攻克卡爾卡松納之後，曾進行過一次駭人聽聞的大屠殺。搜索異端原是主教們的工作，但這對另有其他職責的人來說是過于煩重的，於是格雷高裡九世在公元
1233年設立了宗教裁判所，來接辦主教的這項工作。公元
1254年以後，凡由宗教裁判所起訴的人都不准有辯護人。
並且一經定罪，財產即被沒收——在法蘭西則歸於國王。當查明被告確屬有罪時，便把他交給俗界當局同時並附以祈禱說願他的生命獲得赦免；但如俗界當權者未將犯人燒死，那末，他們自己也可能遭到宗教裁判所的傳詢。宗教裁判所不但處理一般的異端案件，而且審問妖術和魔法。在西班牙，宗教裁判所的主要活動是針對著秘密的猶太教徒。這項工作大半是由多米尼克教團和弗蘭西斯教團的僧侶來擔任。這種裁判制度從未滲入斯堪的納維亞和英格蘭。然而英格蘭人卻毫不猶豫地利用它以懲戒聖女貞德。總之宗教裁判所是很成功的；一開頭，它就把阿勒比占西斯派徹底肅清了。
天主教會，在十三紀初葉，曾一度處于叛亂的危境之中，按其可怕的程度，並不比公元十六世紀時的叛亂稍有遜色。叛亂之得以避過，大半應歸功于托鉢僧團之興起；聖弗蘭西斯和聖多米尼克，為維護正統教義所做出的貢獻甚至比最有力的教皇還要多些。
阿西西人聖弗蘭西斯（公元
1181或公元
1182—
1226年）是歷史上最可愛的人物之一。他生於一個小康之家，少年時代並未曾厭棄通常的宴樂。有一天當他騎馬路過一個痲瘋患者的時候，他忽然為了一陣憐憫心感動得跳下馬來，和那患者親吻起來。嗣後不久，他決意放棄所有屬世的財物，並獻身于傳道和慈善事業。他父親，是一個相當有地位的商人，聞聽之下，大發雷霆，但終亦不能制止他。不久他集聚了一夥追隨者，人人立誓過清貧的生活。起初，教會以懷疑的眼光注視這一運動，因為這運動過分象「里昂的窮人。」聖弗蘭西斯遣往遠方去的第一批傳教士，竟被當作異端，因為他們的確力行清貧，不（象修道僧那樣）僅在口頭宣誓，從不認真對待。但尹諾森三世卻足夠精明地看出如把這個運動保留在正統教義範圍以內，它將是很有價值的。因此，在公元
1209年或
1210年他便承認了這個新教團。教皇格雷高裡九世是聖弗蘭西斯的私人朋友，他始終不渝地贊助他，但同時也強加給他一些戒律，而這些戒律和這位聖者狂熱無政府主義的內心衝動是有所牴觸的。聖弗蘭西斯希望以可能的最嚴格的方式來解釋清貧誓約；他反對他的信徒占用房產或教會。他們須以行乞為生，除碰到受人款待之外不許有住所。公元
1219年，聖弗蘭西斯到東方去遊歷並在蘇丹王前講道，王待之以禮，但未改變自己的回教信仰。他回來時發現弗蘭西斯教團僧侶為他們自己修了一所房屋；他為此深感痛苦，但教皇卻勸導他或迫使他作出讓步。他死後，教皇追諡他為聖者，但卻放寬了清貧戒律的尺度。
論聖潔也有和弗蘭西斯不相上下的人，然而他那樂天的態度、博愛的精神和詩人的才華卻使他超然立於其他聖者之上。他的善良，就象是渾然天成的一般，從來沒有什麼斧鑿的痕跡。他愛眾生，這不僅表現在他作一個基督徒，和一個慈善家，而且在作為一個詩人上面。在他臨死之前寫的太陽頌几乎象是出自伊克納頓，——太陽的膜拜者的手筆，但也不盡然如此——儘管不甚明顯，賦予這首頌詩性格的還是基督教。他自覺對痲瘋患者負有責任，這全是為了他們，而不是為了他自己；他不象大多數基督教聖徒，他關心別人的幸福多於他自身的得救。他從未表示過任何優越感，即使是對那些最卑賤的和最奸惡的人也不例外。普拉諾人托馬斯說，他在眾聖徒中是一個超聖徒；在眾罪人中他是他們中的一個。
