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這是一部在經院哲學時代可能被稱為「實在論的」著作；這就是說，它象柏拉圖的著作一樣，主張諸共相是在諸殊相以先。他在「自然」中不僅包括有；而且包括非有。自然的整體被劃分為四類：（
1）創造者而非被創造者，（
2）創造者同時又是被創造者，（
3）被創造者但非創造者，（
4）既為非創造者又為非被創造者。第一類顯然是上帝。第二類是存在於上帝之中的（柏拉圖主義的）諸理念。第三類是時間與空間中的事物。第四類令人驚訝，仍是上帝，並非作為創世主，而是作為一切事物的終極和目的。從上帝流溢出來的一切事物都努力爭取復歸於上帝；因此所有這些事物的終極和他們的開始是同一的。一和多之間的橋樑是邏各斯。
他把不同的諸事物，例如，那些不屬於睿智世界的有形體的事物，和罪——因為罪意味着神性典型的喪失——都包括在非有的領域之中。唯有創造者而非被創造者具有本質的存在；它是一切事物的本質。上帝是事物的開始、中繼、和終極。上帝的本質是人類、以至天使所無從知道的。在某種意味上，他甚至連他自己也無從知道：「上帝自身也不知道他是什麼，因為他不是一個什麼；在某種意義上來講他對於他自己和對於每一個智者都是不可理解的。」在諸事物的存在中可以看到上帝的存在；在諸事物的秩序中看到他的智慧；在諸事物的運動中看到他的生命。他的存在是聖父，他的智慧是聖子，他的生命是聖靈。然而狄奧尼修斯所說沒有一種名稱可以用來確言上帝的說法卻是正確的。有一種所謂肯定的神學，在這種種神學中人們把上帝說成是真理、善、本質，等等，但這些肯定只不過是象徵性的真實而已，因為所有這些述語都有一個對立語，而上帝是沒有對立語的。
創造者同時又是被創造者這一級事物包括諸第一原因，或諸原型，或柏拉圖主義的諸理念。這些第一原因的總合便是邏各斯。諸理念的世界是永恆的，和被創造的。在聖靈的影響下，這些第一原因產生了個別事物的世界，但起物質性卻是虛幻的。當提及上帝從「無」中創造萬物時，在上帝超越所有知識的意味上，這個「無」應該被理解為上帝本身。
創世是一個永遠的過程：一切有限事物的實體都是上帝。
被造物並不是一個與上帝有區別的存在。被造物存在於上帝之中，而上帝以一種不可言喻的方式在被造物中顯示他自己。
“聖三位一體熱愛在我們心裡的以及在它本身中的它自己；
它看它自己並推動它自己。”
罪的根源在於自由：罪的發生是因為人們轉向自己而不趨向上帝。惡的根源並不在上帝之中，因為在上帝裡面沒有惡的概念。惡是非有而且它沒有根源，因為假如它有根源，它將變為必然的了。惡是善的缺乏。
邏各斯乃是將多帶回一將人帶回上帝的原理；因此它是世界的救主。通過與上帝的結合人身中導致這一結合的部分亦將變為神聖。
在否認個別事物具有實體性這一點上，約翰與亞里士多德派的意見是不一致的。他稱柏拉圖為哲學界的泰斗。然而他關於存在的分類中的前三類都是間接起源於亞里士多德的創動而非被動者，創動及被動者，被動而非創動者。在約翰體系中其第四類，既為非創造者又為非被創造者，則來自狄奧尼修斯，一切事物復歸於上帝的說法。
從以上的概述中來看，約翰‧司各脫的非正統教義性是顯而易見的。否認被創造物具有實體性的他的泛神論，是與基督教義相違背的。他對於從「無」中創造萬物的解釋也不是任何一個審慎的神學家所能接受的。他的三位一體說和普羅提諾的說法極其類似，他在這一點上雖試圖維護自己，但他的說法卻未能保持三位的同等性。這些異端顯示了約翰的精神獨立性，這在公元九世紀裡是令人驚異的。他的新柏拉圖主義的見解有如在公元四、五世紀希臘諸教父中間一樣，在當時的愛爾蘭可能是很普遍的。假如我們對於公元五世紀至九世紀期間的愛爾蘭基督教知道得更多一些，也許我們發現約翰並不那末令人驚異。另一方面也許他所持異端的大部分是出於偽狄奧尼修斯的影響。狄奧尼修斯曾被認為與聖保羅有過聯繫，而被人誤認為正統教派。
他認為創世沒有時間的這種見解，當然也屬於異端，這就迫使他說創世記中的記載屬於寓言的性質。天國和亞當的墮落是不該按字面解釋的。有如所有泛神論者，他在罪惡的解釋方面感到困難。他認為人類最初是沒有罪的，當人沒有罪的時候，他沒有性的區別。這種說法當然與聖經中所說：
「上帝造男造女」的說法有所牴觸，按照約翰的說法人類之被分為男性和女性只是由於罪的結果。女性體現着男性感官的並墮落的本性。在最後，性的區別將重複歸於消失，那時我們便會有純粹靈性的軀體。罪存在於被誤導的意志，在於假定本來並非善的事物為善。罪的懲罰是當然的；它在於發現罪惡慾望的虛妄性。然而懲罰卻不是永遠的。有如歐利根，約翰認為甚至魔鬼最後也將得救，然而他們得救的時日卻比其他人較晚。
約翰翻譯的偽狄奧尼修斯對中世紀思想發生過巨大的影響。然而他的巨著自然區分論卻影響不大。這本書屢次被斥為異端，公元
1225年教皇霍諾留斯終於下令焚燬該書的所有抄本。不過所幸這個命令並未得到有效的執行。
第九章
公元十一世紀的教會改革
