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亞里士多德被認為是最有權威性的哲學家，他的思想滲透到一切領域。由於亞里士多德的思想是通過「拉丁阿威羅伊主義」傳入歐洲的，而阿威羅伊側重亞里士多德思想中的唯物主義因素，因而被教會視為異端學說，加以禁止。
1209年巴黎宗教會議作出決定：「任何人不得轉錄、閲讀或以某種形式保存亞里士多德的著作，違者革除教籍。」但教會的禁止未能否定亞里士多德的思想，教會也發現他的思想有可利用之處，所以在後來又規定：從
1366年起，包括羅馬教皇的使節、紅衣主教等僧侶，都必須精讀經教會解釋過的亞里士多德著作，否則，不能得到優等學位。巴黎文教法甚至規定，除聖經外，一切知識均以亞里士多德的書籍為準，他的著作在學校成了僅次於聖經的絶對權威。「
13世紀中葉，亞里士多德更獲得整個知識界高超的優越地位。大學中，他的學說是以七項人文學代替傳統的教育——文法、邏輯、修辭學、音樂、幾何、算術及天文學——更常常成為藝術課程之主要部分。如
1225年巴黎學校人文課程的主要用書就包括《邏輯》、大部分之物理學論述、《天界論》《生滅論》《靈魂論》、大部分之《自然學說》及一些生物學論述，甚至《形而上學》及《倫理學》等。到了聖多瑪斯本身更達到了亞里士多德影響力之最高峰，阿拉伯哲學家們曾企圖表示亞里士多德形而上學如何能與伊斯蘭教信仰相符合，而聖多瑪斯更製造了完全的、完整的、邏輯的且一致的亞里士多德與基督教之綜合，二者均保證了亞里士多德之尊位，將他的許多思想奉為神明，並在教堂中傳道之。①」在整整四個世紀中，亞里士多德的哲學與科學學說實際上以無人挑戰的勢力稱雄西方。
①G.羅伊德：《亞里士多德思想的成長與結構》，（台灣）聯經出版事業公司，第
202-
203頁。
13世紀之後，亞里士多德的學說不再代表最令人信服的哲學與科學，他被視為科學的保守主義者。文藝復興興起後，柏拉圖學說走紅，亞里士多德的思想受到攻擊。科學界新的代表人物培根、伽利略、波義耳等人的科學成就都批判到亞里士多德的思想，儘管他們不是直接針對亞里士多德本人，而是批駁當代亞里士多德學說的宣傳者，但兩者分不開。在哲學上的命運也一樣，
17世紀英國大哲學家霍布斯在其重要著作《利維坦》中說：「我相信，沒有任何一件事比將亞里士多德的形而上學放在自然哲學中更荒謬的了。沒有比他在政治學中提到的政體更令人反對的，也沒有比他的倫理學更無知的了。」
