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如果靈魂被看成是一個有機體的實現，就意味著它是生命的本原，是推動生命並把它作為自己的工具來構造的力量。因此，自然的有目的的活動就自然地顯現在生物之中。生物是怎樣開始具有生命的？當時流行的觀點是認為靈魂一旦進入肉體，生物就具有了生命。亞里士多德批駁道：「很清楚，其現實化是肉體的原則，如果沒有肉體便不能存在。例如，沒有腳便不能散步；因而它們不能從外面進入肉體——因為它們既不能獨立地進入（它們是不可分離的），也不能在某個肉體中進入（因為精液是正在進行變化的食物的殘渣）。」（《動物的產生》）靈魂不是進入肉體，兩者又是怎樣結合的呢？他認為靈魂不是生物的部分，不是放入生物中的精神材料，而是一組力量、能力或官能。擁有靈魂就像是擁有一種技藝。技工的技藝並不是他的某一部分，而是使他能夠做有技藝活動的能力。同樣，生物的生命並不是它的一部分，而是使它能夠進行有機活動的能力。
亞里士多德認為生物是分等級的，有些生物有生命，有些生物無生命，它們的區別在於有無靈魂。「有些生物擁有靈魂的全部能力，有些擁有部分，有些只擁有一種力量。我們所指的能力包括營養、知覺、慾望、地點變換、思想。植物只具有一種營養能力。另一些生物既擁有營養能力，也擁有知覺能力。如果有知覺的能力，也就有了慾望的能力。慾望是由情慾、嗜好和願望組成的。所有生物至少具有一種感覺即觸覺。有感官知覺的動物也會體驗到快樂和痛苦、舒適和慘痛。能體驗到這些的動物就擁有情慾（因為情慾是對快樂的慾望）。……除此而外，有些動物還具有位移的能力；另一些生物擁有思想和理智的能力」。（《論靈魂》）這說明靈魂的各種能力或官能構成了一個有等級的系統。
從亞里士多德的論述看，有機物都有靈魂，只是高低不等，植物有的是營養和繁殖，動物還有知覺及行動能力。而人，是這幾種能力與思想的結合，就是說，靈魂分為三種，它們相互關連，以致較高的部分沒有較低的部分就不能存在，較低的部分也不能沒有較高的部分。這三種就是：營養的部分，或稱植物的靈魂；感覺的部分，或稱動物的靈魂；理智的部分，或稱人類的靈魂。
