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八月，鳳祥竄山西，陷平陽，直抵洪洞；竄直隷，踞臨洺關，擾至深州。賴漢英等解南昌圍，入湖北，踞田家鎮之半壁山。九月，踞入楚要隘，水陸併進，陷黃州。其竄深州者，旁擾欒城。十月，竄天津，踞靜海，屯獨流、楊柳青諸鎮。漢陽之寇，分股北竄：一陷孝感、黃陂諸縣，一由應城犯德安府，為防兵所遏，合眾退黃州。秦日綱等陷安徽桐城、舒城，侍郎呂賢基死之。舒城既失，賊遂徑撲廬州，陷之。廬州者，安徽文武大吏之所僑寓以為省治者也。十一月，秀全以揚州、鎮江攻圍急，遣賴漢英等領江西眾，糾合儀徽黨援揚州；又令由安徽寧國灣沚進薄高淳湖，窺伺東壩，圖解鎮江之圍，我軍均擊退之。寇復由三汊河進撲，死戰不退。揚州寇曾立昌突出，與賴漢英同竄瓜洲。
上以寇擾長江，非立水師不能制其死命，乃命在籍侍郎曾國籓練鄉勇、創水師討寇。初，寇圍南昌，城外寇壘僅文孝廟數座，官軍屢攻不能克。郭嵩燾偶獲諜訊之，則寇皆舟居，其壘則環三面築牆而虛其後，專蔽舟楫而已。嵩燾因與江忠源議曰：「東南州縣多阻水，江湖遇風，一日可數百里。官軍率由陸路躡寇，其勢常不及。長江數千里之險獨為敵有。且寇上犯以舟楫，而官軍以營壘禦之，求與一戰而不可得，宜寇勢之日昌也。」忠源即具疏請飭湖南北、四川仿廣東拖罟船式，各造戰艦數千，飭廣東製備砲位以供戰艦之用，並交曾國籓督帶部署，奉旨允行。國籓遂治戰船於衡湘，至是始成。共募水勇四千，分為十營；募陸勇五千，亦分十營。以塔齊布為軍鋒。國籓親統大軍發衡州，水陸夾江而下。
初，鎮江、揚州、儀徵、瓜洲四處寇互相應援，不得破。十二月，琦善以揚州寇退，瓜洲勢孤，督軍攻復儀徵，乘勝追抵瓜洲。楊秀清遣胡以晃率黨十餘萬攻廬州，巡撫江忠源晝夜抵禦，以眾寡不敵，城陷，死之。四年正月，黃州寇張燈高會，總督吳文鎔出其不意襲之，會大雪罷戰。越數日，秀清分兵設伏山崗，命其黨率城軍撲營，文鎔拒戰，伏起火發，十三營皆潰，文鎔死之。賊乘勝遂陷漢陽。二月，揚州軍進剿瓜洲，總兵瞿騰龍陣亡。寇遣偽將孫寅山陷太平府，踞為巢。自瓜洲結壘屬於江，以達金陵，往來不絶。秀清復遣石祥禎會漢、黃寇黨溯江直上，陷嶽州，溯流至銅官渚，逼近長沙。曾國籓邀之靖港，而寇已由間道襲湘潭，副將塔齊布率兵千三百同水師血戰五晝夜，斃寇數萬。論者謂微此戰，寇溯湘源以達粵，直下金陵，首尾一江相貫注，大局不可支矣。
是月，參贊大臣僧格林沁攻克獨流寇巢，靜海寇復竄踞阜城。僧格林沁攻毀堆村、連村、林家場三處寇壘，擒殺偽指揮、監軍以下一百餘人，悉遁入城。秀全念河北不能支，遣皖黨由豐豆工偷渡黃河，竄山東金鄉，進撲臨清州，冀抒阜城之困。三月，寇以地雷陷城，尋為我軍攻復，竄冠縣、鄆城，復據曹縣，築木城拒守。四月，勝保破其巢，追至漫口支河，逼溺水，偽丞相曾立昌、許宗揚皆溺死。偽副丞相陳世保已先於冠縣燒斃，悉數殲除。踞阜城者即於是日全股南竄入連鎮。僧格林沁及勝保會軍合剿破之，誅林鳳祥；復破之高唐州馮官屯，生擒李開芳，磔之京市。河北肅清，是後不復北犯，我軍遂無後顧憂。
初，長江為寇往來道，荊州當四路之沖，至省道梗，特召荊州將軍官文統軍討寇。時沔陽、安陸、荊門、監利、京山、天門均陷，進窺荊州。雲南普洱營遊擊王國才奉調至，一戰敗之，重鎮始安。並克複監利、宜昌，寇遁洞庭湖，合股犯常德府。先是李侍賢常與陳玉成、李秀成謀解金陵圍，犯江西、福建。偽啟王梁成先犯陝西，後與撚合，欲犯湖南、河南，而陳玉成志在武昌、漢陽，乃領一隊入梁子湖達武昌，渡江分犯，以全力圖武昌，六月，陷之，並踞漢陽。巡撫青麟自縊不死，棄城走，尋正法。秀全以秦日綱留守武昌，授玉成偽殿右十八指揮；還陷田家鎮，破廣濟、黃梅，連陷九江，升偽殿右三十檢點。
楊秀清雖在軍，而金陵之事一決於己，驛騎絡繹，多稽時日。向榮軍孝陵衛，稱江南勁旅，秀清憂之，既克武昌，遂馳還金陵，命石達開代守武漢。官文自荊州下剿，克沔陽。初，寇欲先取長沙，踞上遊為破竹之勢，而韋志俊略湘潭不得志，退踞嶽州，築壘毀橋，意圖久抗。我軍水師設伏誘敗之，七月，復嶽州。寇由城陵磯來犯，我軍分五路迎擊，斃偽丞相汪得勝等二人，獲船七十六，殲賊千餘人。塔齊佈陣斬悍酋偽丞相曾天養。閏七月，寇奔城陵磯，塔齊布策馬率湘勇直入，毀營十三，斃二千人。陸軍既勝，曾國籓飭李孟群率水師追剿，荊河東、西兩岸寇壘悉夷。自此由荊入川，由嶽州入湘，門戶始固。初，武昌失陷，上以楊霈代總督，台勇克京山、安陸，復天門，生擒孔昭文等正法。餘皆下竄，踞沔陽州仙桃鎮。是月破其巢，並收復下遊孝感、黃州、麻城諸縣。寇悉竄黃州。
時金陵寇分股嘯聚於太平府，與鎮江遙為應援。向榮分兵四隊擊之，斃其偽國宗韋得玲、偽檢點陳贄見、偽將軍李長有、偽總制吳春和，遂復府城。楊秀清自率戰，圍軍不利，三路皆潰；退入城，謂韋昌輝等曰：「江南大營不走，吾輩無安枕日矣！現其勢方鋭，不可敵也。當乘其罷徐圖之。」金陵寇以乏糧，驅婦女之老而無色者出城，聽其自散。盡取年十五以上、五十以下之婦女，指配給眾，不從則殺之，守志者多自盡，死者萬計。八月，總督楊霈收復黃州府屬蘄水、廣濟、羅田諸縣。曾國籓自克嶽州後，議乘勝東下，先與塔齊布會攻崇陽，克之，生擒偽丞相金之亨等十一人。惟廖二逃竄，複句結餘黨，重失縣城。國籓親督水陸諸軍攻武昌、漢陽。寇守城之法，不守陴而守險，洪山、花園兩路皆精鋭所在。大軍自螺山下剿，楊載福等率水師，羅澤南率陸師，三路同進，連克寇壘，焚燬敵船數千。李孟群、塔齊布進薄武昌，寇宵遁。楊昌泗亦攻漢陽，克之。黃州府城、武昌縣均收復。九月，提督和春敗寇廬江，擒偽監軍任大綱等十七名。
下遊知官軍分路進剿，乃由田家鎮糾黨六千餘，一由興國分抄大冶以拒武昌軍，一踞興國以拒金牛軍。羅澤南馳至興國，敗之，克州城。塔齊布赴大冶，擊斃千餘。彭玉麟、楊載福抵蘄州，燒寇船九十餘艘。十月，楚軍攻半壁山，寇置橫江鐵鎖四道，攔以木牌，遍列槍砲。楊載福等率水師至田家鎮，會陸師進攻，乘風縱火，破其壘，燔舟一萬有奇。陳玉成棄蘄州竄陷廣濟，聯合秦日綱、羅大綱等分扼要隘。塔齊布渡江追之，收復廣濟。寇退踞黃梅，黃梅為湖北、江西、安徽三省總匯之區。寇死拒，以萬餘守小池口抗水師，以數萬拒大河埔，以萬餘紮北城外，又以數千遊弋聯絡之。塔齊布與羅澤南登山下擊兜殺，陳玉成縋城而逸，遂克黃梅。玉成自請罪，而秀成反加偽勛號曰成天裕。
時撚匪蜂起，粵寇與之聯合，或令分擾，或令前驅，以牽制我軍。秀成由廬州踞舒城，並扼桐城大、小二關，阻我南路之師。二關為安慶通衢，屢復屢失。京堂袁甲三檄參將劉玉豹、舉人臧紆青等戰奪兩關，斬其目吳鳳珠等十二名，進抵桐城。廬江寇糾安慶黨來援，我軍兜戮殆盡，而潛山援寇復至，臧紆青歿於陣。
十一月，國籓進軍九江。玉成自黃梅敗後，復糾安慶新到之眾踞孔壠驛、小池口，與對岸九江相句連。李孟群七戰七捷。塔齊布與羅澤南等由北岸進至濯港，進攻孔壠驛，破土城，縱火焚街市，寇無得脫者。小池口寇聞之，亦遁。乃調陸軍攻九江，水師乘勝攻湖口，大綱趨救，大戰梅家洲，毀小河簰船、沙洲橋壘。十二月，蕭捷三率水師馳入鄱陽湖內，追至大姑塘。石達開聯船為卡斷其後，捷三不能返，遂與外江水師隔絶。達開潛以小舟馳襲國籓坐船，國籓跳入羅澤南營以免。大軍之攻九江也，敗寇收合潰散，分三道東陷黃梅。值歲除，潛至廣濟，火楊霈大營，霈突圍出，不敢入武昌，走保德安。
